在1502年之前不久，最後一位流亡的拜占庭王位聲索者安德烈亞斯·帕拉奧洛戈斯（andreaspaiolos）將他的頭銜及王室和帝國權利出售給費迪南德。
然而，由於交易的可疑性，這些權利從未被使用。
伊莎貝拉去世後的費迪南德。
伊莎貝拉於1504年10月12日立下遺囑，為她於同年11月26日的去世做準備。
在遺囑中，她明確了卡斯蒂利亞王位的繼承順序，將其留給女兒喬安娜，然後是喬安娜的兒子查理（查理五世）。
伊莎貝拉對喬安娜的統治能力表示懷疑，對喬安娜的丈夫菲利普大公也不太信任。
費迪南德在妻子去世後迅速行動，繼續參與卡斯蒂利亞的事務。
在妻子去世當天，他正式放棄了卡斯蒂利亞國王的頭銜，而成為該王國的總督，以此作為攝政的方式。
菲利普認為他的妻子精神正常，適合統治。
費迪南德和菲利普之間達成了妥協，使費迪南德在卡斯蒂利亞繼續發揮作用。
費迪南德在喬安娜因丈夫在尼德蘭的事務缺席期間擔任了她的攝政。
他試圖永久保留攝政的權利，但遭到了卡斯蒂利亞貴族的拒絕，最終被喬安娜的丈夫取代。
在1506年的《維拉法菲拉條約》（treatyofvilfáfi）中，費迪南德不僅將卡斯蒂利亞的統治權讓給菲利普，還放棄了對印度群島的統治權，扣留了“印度王國”一半的收入。
喬安娜和菲利普立即在他們的頭銜中添加了印度群島、海洋島嶼和大陸的王國。
然而，由於菲利普的去世，《維拉法菲拉條約》並沒有持續太久。
費迪南德重新擔任卡斯蒂利亞的攝政，成為“印度之主”（lordofthedies）。
失去配偶的費迪南德在1505年7月與法國結盟，並娶了傑爾梅娜·德·福伊（raeoffoix），進一步鞏固了與法國的聯盟。
她是費迪南德的異母姐妹納瓦爾女王埃萊諾爾的孫女，同時也是法國國王路易十二的侄女。
如果費迪南德與傑爾梅娜的兒子赫爾曼王子（john,prceofgirona）於1509年5月3日出生後幸存下來，“阿拉貢王國的王冠無疑會與卡斯蒂利亞分離”，並使他的孫子查理失去阿拉貢的王冠。
然而，這位嬰兒王子在出生數小時後去世，被安葬在卡斯蒂利亞和萊昂王國的巴利亞多利德的聖保羅修道院，後來遷至加泰羅尼亞（阿拉貢王冠）的波布萊特修道院（pobletonastery），這是阿拉貢國王的傳統葬地。
費迪南德在卡斯蒂利亞沒有法律地位，托羅國會承認喬安娜及其子女為繼承人，費迪南德於1506年7月離開卡斯蒂利亞。
菲利普於1506年9月的去世使卡斯蒂利亞陷入危機。
喬安娜被認為精神不穩定，而喬安娜和菲利普的兒子查理，未來的皇帝查理五世（charlesv），隻有六歲。
王國的大臣和卡迪納爾弗朗西斯科·希梅內斯·德·西斯內羅斯（francisjiénezdecisneros）被任命為攝政，上層貴族重新恢複了權力。
費迪南德帶領軍隊對抗皮德羅·費爾南德斯·德·科爾多瓦·帕切科（pedrofernándezderdobaypache），即科爾多瓦的普裡埃戈侯爵，因為他通過武力奪取了該地區的控製權。
到1508年，費迪南德已經取得勝利，戰爭再次在意大利爆發，這次是對威尼斯共和國的戰爭，所有對意大利半島有利益的其他大國，包括路易十二、費迪南德二世、馬克西米利安和教皇朱利烏斯二世聯合組成了坎布雷聯盟（leagueofcanadello）中戰勝了威尼斯，但坎布雷聯盟很快瓦解，因為教皇和費迪南德二世對法國的意圖產生了懷疑。
相反，“聖聯盟”（holyleague）成立，所有大國聯合起來對抗路易十二和法國。
在1511年11月，費迪南德與他的女婿英格蘭國王亨利八世（henryviiiofengnd）簽署了《威斯敏斯特條約》（treatyofestster），承諾聯合起來對抗納瓦爾（navarre）和法國，以便為1512年7月的西班牙入侵納瓦爾做準備。
自1492年格拉納達淪陷以來，他多年來一直策劃奪取巴斯克王國的王位，該王國由納瓦爾女王凱瑟琳和納瓦爾國王約翰三世統治，同時也是比利牛斯山北部和加斯科尼的大片領土的領主。
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費迪南德首先將納瓦爾並入阿拉貢統治，但在卡斯蒂利亞貴族的壓力下，後來又並入卡斯蒂利亞。
聖聯盟在意大利也取得了一些的成功，驅逐了法國人，恢複了米蘭的斯福爾紮公爵（sforzadukes），並於1513年簽署和平條約。
然則，法國在兩年後成功重新奪回米蘭。
費迪南德於1516年1月23日在卡斯蒂利亞和萊昂王國的馬德裡哈雷霍（alejo）去世。
他被安葬在格拉納達的皇家教堂（cilreal），他的妻子伊莎貝拉、女兒喬安娜和女婿菲利普也安息在此。
遺產與繼承。
在費迪南德和伊莎貝拉統治期間，西班牙通過婚姻與葡萄牙、哈布斯堡的奧地利和勃艮第尋求聯盟。
他們的長女伊莎貝拉嫁給了葡萄牙的曼努埃爾一世，他們的長子霍安與奧地利的瑪格麗特結婚。
然而，這些子女的去世，以及伊莎貝拉的去世，改變了繼承計劃，迫使費迪南德將卡斯蒂利亞的政府讓給霍布斯堡家族的菲利普，即他的次女喬安娜的丈夫。
在1502年，阿拉貢國會的成員在薩拉戈薩聚集，瓦倫西亞王國和加泰羅尼亞公國的議會在巴塞羅那也宣誓效忠於他們的女兒喬安娜作為繼承人，但薩拉戈薩的大主教阿隆索·德·阿拉貢堅決表示這項誓言無效，並沒有改變繼承法，隻有通過國會和國王的正式立法才能改變。
因此，當費迪南德於1516年1月23日去世時，他的女兒喬安娜繼承了阿拉貢王冠，而他的孫子查理成為總督（攝政）。
然而，弗拉芒人希望查理能繼承王室頭銜，這得到了他的外祖父神聖羅馬皇帝馬克西米利安一世和教皇利奧十世的支持。
因此，在費迪南德二世於1516年3月14日的葬禮後，查理一世被宣布為卡斯蒂利亞和阿拉貢的國王，與他的母親共同統治。
後續曆史在前文查理五世中有說明。
伊莎貝拉和費迪南德的曆史說完了。
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