馬賽通過充當內陸高盧與羅馬商品和葡萄酒之間的橋梁而繁榮（馬薩利亞在公元前500年開始穩定出口葡萄酒）。
在布匿戰爭期間，漢尼拔（hannibal）越過城市以北的阿爾卑斯山。
公元前123年，馬薩利亞麵臨比圖伊圖斯（bituit）領導的阿洛布羅吉（allo
os）和阿爾韋爾尼（arverni）的入侵。
它與羅馬結盟，獲得保護——公元前121年，克維圖斯·法比烏斯·馬克西穆斯（qfabindoitiahenobarb）指揮的羅馬軍團在溫達裡烏姆（vdaliu）擊敗了高盧人——以交換讓出一條經過其領土的土地，用於修建通往西班牙的多米提亞大道（viadoitia）。
因此，城市得以維持稍長的獨立性，儘管羅馬人圍繞它組織了他們的跨阿爾卑斯高盧省（transalpegaul），並於公元前118年在納爾博馬爾提烏斯（narboarti，現代的納博訥）建立了一個殖民地，隨後與馬薩利亞在經濟上形成了競爭。
在凱撒（julicaesar）與龐培（popey）和大部分元老院的戰爭中，馬薩利亞與流亡政府結盟。
在公元前49年4月關閉城門以抵擋凱撒前往西班牙，城市被圍困。
儘管有盧修斯·多米提烏斯·阿亥諾巴爾（ldoitiahenobarb）的增援，馬薩利亞的艦隊被擊敗，城市在九月淪陷。
儘管保持了名義上的自治，但失去了貿易帝國，基本上被羅馬統治。
時任流亡者的政治家提圖斯·安尼烏斯·米洛（titanniilo）開玩笑說，隻要能吃到馬賽美味的紅鱈魚，誰還會懷念羅馬呢？
馬賽很好地適應了其在羅馬的地位。
原希臘定居點的大部分考古遺跡被後來的羅馬建築所取代。
在羅馬時代，城市由15名從600名參議員中選出的“首席”組成的董事會進行控製。
其中三人擁有優越的地位和執行權力的實質。
城市的法律等方麵禁止女性飲酒，並允許參議員投票幫助他人自殺。
正是在這個時期，基督教首次在馬賽出現，港口上方的地下墓穴和關於羅馬殉道者的記錄都是證據。
根據普羅旺斯（provence）傳統，瑪麗·瑪達琳（dalen）與她的兄弟拉撒路（zar）一起在馬賽傳教。
馬賽的教區於1948年升格為馬賽大主教區（archdioceseofarseille）。
在公元8世紀之前，馬賽並未受到羅馬帝國衰退的影響，因為它依然享受著持續的繁榮，這可能得益於其繼承自法科埃亞人（phoceans）的高效防禦牆。
即便在5世紀，城市淪為西哥特人（visiths）統治之後，馬賽依然成為一個重要的基督教智力中心，湧現出約翰·卡西安（johncassian）、薩爾維安（salvian）和西多尼烏斯·阿波利納裡斯（sidoniollaris）等人。
進入6世紀，馬賽迎來了黃金時代，成為地中海地區的主要商業中心。
直到7世紀，城市仍繼續維持晚古代的繁榮，法科埃亞和羅馬的基礎設施（如廣場和浴場）仍在使用。
736年，馬賽在當地統治者莫朗圖斯公爵（auront）的邀請下被烏馬雅德阿拉伯軍隊占領，作為對抗敵人查理·馬特爾（charlesartel）的盟友。
739年，馬特爾的軍隊因馬賽拒絕了馬特爾任命的總督而突然懲罰了這座城市。
此後，馬賽在經曆了150年的希臘人和撒拉遜人（saracens）襲擊後，在10世紀之前未能再度發展。
在10世紀，馬賽在普羅旺斯伯爵的統治下重新獲得了大部分財富和貿易權力。
在1212年至1218年間，城市事實上由聖靈兄弟會（nfraternityoftheholyspirit）管理。
普羅旺斯伯爵允許由一名領事治理的馬賽享有很大的自治權，直到雷蒙·貝倫格四世（rayarivofprovence）的統治。
馬賽最初抵製他對控製權的主張，但在1243年承認了他的宗主權。
在他去世後，他的女兒普羅旺斯的比阿特麗斯（beatriceofprovence）於1246年嫁給了法國國王路易九世（louisixoffrance）的兄弟阿爾薩斯的查爾斯一世（charlesiofanjou），使他成為伯爵。
查爾斯繼續推行他嶽父的行政改革，這再次引發了不滿。
1248年，馬賽在當地兩位貴族巴拉爾·德·博（barralofbaux）和博尼法斯·德·卡斯特蘭（bonifaceofcastelne）的領導下反叛，而查爾斯此時正在參與第七次十字軍東征。
查爾斯於1250年返回，並於1252年迫使馬賽投降。
1262年，馬賽在博尼法斯·德·卡斯特蘭和巴拉爾·德·博的表兄雨果·德·博（huguesdesbaux）的帶領下再次起義，巴拉爾·德·博保持忠誠並協助鎮壓動亂。
查爾斯於1263年鎮壓了這場叛亂。
貿易繁榮，馬賽未再給他帶來麻煩。
1348年，城市遭受了可怕的黑死病襲擊，直到1361年該病間歇性地持續蔓延。
作為一個主要港口，馬賽被認為是法國最早接觸到這一流行病的地方，約有15,000人在這一經濟繁榮時期人口為25,000的城市中喪生。
1423年，城市又一次遭到阿拉貢人（aranese）的洗劫和掠奪，財富進一步下降。
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