木葉二十九年。
隨著二代火影千手扉間將火影之位傳給猿飛日斬後，獨自斷後，為猿飛日斬幾人爭取逃離時間，已經足足過去了十三年！
初始時，猿飛日斬的火影之位並不穩固，來自各大家族的壓力，尤其是宇智波一族的壓迫，讓猿飛日斬的火影之位岌岌可危！
眼看猿飛日斬就要被趕下火影之位時，初代火影的妻子漩渦水戶站出來力挺猿飛日斬，聯合諸多家族家主，支持猿飛日斬，這場內亂風波才暫時消弭於無形之中!
其後iu，猿飛日斬為了穩固自己的火影之位，加上一些陰暗的事情他不好出手，於是，讓他的好基友，同樣眼饞火影之位的團藏組建獨立於暗部之外的根部。
並且通過各種手段，尋找木葉各大家族，讓他們派遣弟子前往根部，交給團藏訓練！
而團藏也沒讓猿飛日斬失望，通過獨特的訓練方法，成功訓練出了一批精銳忍者大軍出來，專門用於刺探情報，暗殺，完成各種猿飛日斬不方便做的任務！
經過十三年的發展，根部已經發展成為一個龐然大物，就連猿飛日斬都不知道根部之中，隱藏了多少高手！
也是在這個時候，團藏心中的野心逐漸暴露了出來，時常跟猿飛日斬爭奪忍者學校中的天才學子！
不過，兩人的爭鬥，僅僅隻是在暗處，沒有徹底展現在表麵上，加上猿飛日斬的三個弟子，綱手，自來也和大蛇丸逐漸成長起來，所以，團藏暫時還奈何不得猿飛日斬！
忍者學校，二年a班。
此刻，一個額頭被帽子遮蔽，一對灰白色雙眼，神情冷漠的少年坐在自己的座位上，看似認真聽著講台上的老師唾沫橫飛的教學，實則，少年的心思根本不在老師的教學中！
對於少年來說，這些忍者學校的知識，早在他入學的時候，少年就通過他那龐大的精神力和舉一反三的思維全部學會了！
之所以他沒有選擇提前畢業，不過是不想自己表現的太過突出罷了！
少年名叫日向葉楓，他是木葉兩大豪族之一，日向家族分家的一個普通的成員!
他跟其他的日向分家一般，在三歲的時候，就被家族打上籠中鳥，從此成為一隻籠中的鳥兒。
對此，少年並沒有跟其他的分家一般，感到惶恐不安，對宗家極為仇視！
這一切都是因為，少年知道，他做這些沒有任何用處，不僅擺脫不了自己的命運，反而還會讓自己在日向家過的更加艱難！
而且，這在其餘分家眼中，感到無比可怕，一生都無法接觸的籠中鳥咒印，對日向葉楓來說，這確是磨礪他成長的磨刀石！
因為，日向葉楓並不是這個世界的本土人士！
日向葉楓前世乃是紅旗下的五好青年，從小因為受到爺爺的影響，對於那些武俠中，飛簷走壁，行俠仗義的大俠影響，葉楓生來有一股任俠之氣！
對於那些武俠電視劇，葉楓也是不厭其煩的觀看無數遍。
長大後，葉楓原本憑借優異的成績和體魄，考進了gf大學，可正在入學的途中，遇到一起持槍搶劫的事情！
作為新時代的五好青年，眼看那匪徒即將失控，葉楓哪裡還忍得住，當即衝上去，以換人質為目的，迅速的靠近匪徒。
最後，在跟匪徒爭鬥的時候，葉楓不慎中槍，雖然成功解救了人質，可葉楓也失去了寶貴的生命！
原本葉楓以為自己就此死去，可是，當葉楓睜開眼時，卻發現自己出現在一個頗具日式風格的宅院之中！