戚繼光就任總督京營戎政後，朱翊鈞會同內閣、兵部，決定重新整訓京營。
雖然文官不希望皇帝掌握兵權，可在拱衛京畿安全上，雙方還是能夠達成一致。
更重要的是，這是京師。
京師以外，皇帝可以不管，但京師，皇帝不可能不管，這個很難阻攔。
庚戌之變後，嘉靖皇帝隨即整頓京營。
己巳之變後，崇禎皇帝立刻著手組建勇衛營。
朱翊鈞雖然沒有遇到這麼大的危機，但憑借徹底實控緬甸等地樹立的權威，以及前番京營公然欺君，並在取得內閣和兵部的支持後，得以整訓京營。
文官中也是有真心為國為民之人，這些人是真的希望這個國家強盛。
不過朱翊鈞也做了部分妥協，那就是按舊例，以給事中、禦史各一人，巡閱京營。
政治本身就是妥協的藝術。
而且有文官監督，在一定程度上也有利於鞭勉那些腐化墮落的勳貴。
議定之後，朱翊鈞隨即下旨，九邊各調精兵五百、精壯一千入京聽用。
調中都司留守司，大寧、山東、河南三都司，馬步官軍入京。
大寧都司並沒有被裁撤，隻是被遷移到了保定。
在京衛、上直衛的士卒也儘皆抽調至京營。
這些也是京營一直以來的主要兵源。
同時，將隨戚繼光從征緬甸並奉詔入京的六千南兵，也編入京營。
這六千南兵，不僅僅是充實京營，更重要的是替戚繼光鎮場子。
隆慶年間戚繼光在薊州練兵，為什麼要調三千浙兵至薊州，就是替戚繼光鎮場子的。
不然，戚繼光憑什麼讓那些老兵油子聽自己的。
原有京營士兵，則加以甄彆，剔除老弱。
另外再派人到各地募兵。
在各地兵馬入京之後，朱翊鈞又著手對京營的編製做了調整。
原來的京營有三十個營，五軍、神樞、神機，每營十個，統稱三大營，以五軍營人數最多。
這三十個營中，人數最多的，七千，有兩個。其次六千，有四個。剩下的都是三千人。
原本五軍營還有一個大將，統兵一萬，管副、參、遊、佐等將官。但因權柄太大，後被裁撤。
這麼做的好處就是，兵力分散，真要出什麼事，也起不了大亂子。
壞處就是，各營之間沒有向心力，無法撐起大規模作戰。
而在地方上，一營的兵力，一般在三千左右，還不如京營呢。
為了避免這種弊端，朱翊鈞便對原有編製做了調整。
朱翊鈞也不是隨意調整，而是在綜合考量之後才做的決定。
京營原有的編製。
何良臣采用的軍隊編製。
戚繼光采用的軍隊編製。
袁世凱天津小站練兵所采用的兵製。
後世的軍政雙主官製。
朱翊鈞是各取所長，做了如下調整。
京營士兵分三種，常備兵，續備兵，後備兵。
常備兵用於作戰。
續備兵充當預備役。
後備兵則再次之，同時負責輜重等事，類似於輔兵。
常備兵以十人為一隊，設隊長一人統之。
五隊為一旗，共五十人，設旗總一人統之。
兩旗為一連，共一百人，設百總一人統之，試百總一人佐之。
五連為一司，共五百人，設把總一人統之，副把總一人佐之。
兩司為一團，共一千人，設千總一人統之，副千總一人佐之。
三團為一旅，共三千人，設遊擊將軍一人統之，佐擊將軍一人佐之。
五旅為一鎮，共一萬五千人，設主將一人統之，副將一人佐之、參將一人佐之。
五軍、神樞、神機，為常備兵，每營統轄四鎮，互不統屬，共計十八萬人。
同時，設政訓官。
每鎮設督軍一人，每旅設督察一人，每團設監察一人，每司設教導一人，每連設指導一人，負責監軍。
政訓官從內廷、禁軍、錦衣衛、各地世襲衛所軍官中選拔。
續備兵分五鎮，編製與常備兵相同，隻是每鎮兵額一萬，分為續備第一鎮、續備第二鎮、續備第三鎮、續備第四鎮、續備第五鎮，不設主將，設副將統之，參將佐之，同時設政訓官監軍。
後備兵與續備兵相同。
朱翊鈞也沒指望這十八萬常備兵全都練出來，就是廣撒網，能多練出一個來也是好的。