在經曆了與多個使徒的艱苦戰鬥後，大雄他們雖暫時擊退了敵人，但內心的不安如同陰霾般籠罩著他們。回到nerv總部，日常訓練仍在繼續，可大家都能感覺到一種無形的壓力。
這日，在訓練間隙，大雄獨自在走廊上走著，眼神有些空洞。他腦海中不斷浮現出戰鬥中那些驚險的瞬間，對自己能力的懷疑又一次湧上心頭。
“大雄？你怎麼一個人在這兒？”綾波麗的聲音從身後傳來。
大雄回頭，看到綾波麗，勉強擠出一絲微笑“綾波麗姐姐，我在想之前的戰鬥，我還是覺得自己不夠強大，不知道下次還能不能保護大家。”
綾波麗走到大雄身邊，看著他說“恐懼和不安是正常的，但你不能讓它們支配你。每一次戰鬥，你都在成長，這就是你的力量。”
大雄微微點頭，剛想說話，突然警報聲再次響起。兩人對視一眼，急忙朝著指揮室跑去。
指揮室內，氣氛緊張得幾乎凝固。碇司令臉色嚴峻地盯著大屏幕，上麵顯示出城市邊緣的一片古老遺跡區域出現了超強能量波動，而且這次的能量波動頻率極高，仿佛在向周圍釋放一種無形的壓迫力。
“駕駛員們，準備出擊！這次的能量反應極其異常，可能是我們從未遇到過的使徒類型，務必小心！”碇司令大聲下令。
大雄、哆啦a夢、胖虎和靜香迅速集合，與其他正式駕駛員一同衝向eva機體。在飛向目標區域的途中，大家都沒有說話，凝重的氛圍籠罩著他們。
當他們到達古老遺跡上空時，看到的是一幅令人毛骨悚然的畫麵。
一個巨大的、形似古老樹形的使徒矗立在遺跡中心，它的樹乾上刻滿了神秘的符文，這些符文閃爍著詭異的光芒，樹枝如巨大的觸手般在空中舞動，每一次擺動都伴隨著強大的能量波動。
更令人震驚的是，在使徒周圍，有許多虛幻的靈魂影像在飄蕩，這些靈魂影像發出痛苦的哀嚎，仿佛在被使徒折磨。
“這……這是什麼使徒？感覺好邪惡！”靜香顫抖著聲音說道。
哆啦a夢用探測器掃描後，嚴肅地說“情況很糟糕，這個使徒似乎在吸收這些靈魂的能量，而且它散發的能量場正在乾擾我們的探測，很難確定它的弱點。”
胖虎握緊拳頭“不管它是什麼，我們不能眼睜睜看著它這樣作惡，上吧！”
說著，胖虎操控eva機體朝著樹形使徒衝去，然而，當他接近使徒一定範圍時，那些虛幻的靈魂影像突然如潮水般湧向他的機體，不斷衝擊著，讓他的機體操作變得困難起來。
“啊！這些靈魂在攻擊我！”胖虎驚呼。
大雄和哆啦a夢急忙趕去支援，他們試圖用武器驅散那些靈魂影像，但這些影像仿佛無窮無儘，而且每當他們攻擊，靈魂影像就會更加瘋狂地反撲。
“這樣不行，我們得想辦法突破這些靈魂的防線！”大雄焦急地說。
就在這時，真嗣通過通訊器說“大家注意，我發現這些靈魂影像似乎是被使徒樹乾上的符文控製的，我們得想辦法破壞那些符文！”
聽了真嗣的話，哆啦a夢眼睛一亮“我有辦法了！”他從四次元口袋裡掏出一個特殊的能量中和器，“這個可以中和符文的能量，我們找機會把它安裝在樹乾上。”
於是，大雄、哆啦a夢和胖虎開始配合行動，他們一邊躲避靈魂影像的攻擊，一邊尋找接近樹乾的機會。
而靜香、真嗣和明日香則在遠處吸引樹形使徒的注意力，讓它的樹枝攻擊集中在他們這邊，為大雄他們創造機會。
經過一番艱難的周旋，大雄他們終於找到了一個破綻，哆啦a夢趁機將能量中和器安裝在了樹乾上。瞬間，樹乾上的符文光芒閃爍不定，那些靈魂影像也開始變得混亂起來。
“好機會！攻擊樹乾！”大雄喊道。
三人集中火力朝著樹乾發動攻擊，樹形使徒發出一陣憤怒的咆哮，樹枝瘋狂地揮舞起來。