崇禎七年元月，《大明時報》開年第一版刊登文章，引用王陽明的“知行合一”“致良知”等觀點炮轟程朱理學中的“存天理，滅人欲”的思想，徹底否定朱子的聖人之學！一石激起千層浪，關於儒學的論戰至此拉開帷幕。
之後論戰規模越來越大，理學家，心學家紛紛被拉入戰局，隨著時間的推移，越來越多的人被卷入其中，論戰逐漸演變成罵戰，各家開始了相互潑臟水。
隨著事情越鬨越大，宮內也傳出天子認為滅人欲的觀點大為不妥的說法，緊接著袁樞公開出來站台支持《大明時報》的論斷，並引述《論語》中的事例驗證自己的觀點，打著複興孔子學說的旗號，開始宣揚新儒學。比如“實踐是檢驗真理的唯一標準”，“孔子仗劍周遊列國，書生不應手無縛雞之力”，等等…
反對程朱理學者包括眾多皇莊學院的學生紛紛聚集到新儒學派的旗下，將支持程朱理學之人以及支持其論斷的士子稱為舊儒學派，逐漸的，新儒學派係的打擊範圍越來越大，孔子的一些學說也開始遭到否定，修正儒學的聲音越來越大。雙方越吵越激烈，逐漸形成了南北對立的局麵。
這期間湧現出了一個英雄人物顧炎武。顧炎武在科考中屢屢受挫，心中早已經把八股取士給恨上了天。在發現新儒學派的主張與他的思想高度契合之後，他感覺他找到了人生目標，從此義無反顧的加入到新儒學派之中，對南方的舊儒學派瘋狂口誅筆伐，成為了傳播新儒學的急先鋒，其提出的“天下興亡，匹夫有責”的主張，得到了很多人的力挺。
意氣風發的顧炎武，公開喊出了“打破士紳特權”，“孔氏已然腐朽，已經無法作為天下讀書人的領袖！”這一口號，號召天下讀書人自強不息，走出屬於自己的道！袁樞一看，人才啊，這貨竟然說出了自己不敢說的話啊…於是立馬將這個情況彙報給了朱由檢，朱由檢了解完情況，也感歎了一聲，人才啊…立馬將其升為《大明時報》的主筆之一，並讓徐光啟向其發出邀請，請其出山擔任順天府境內皇莊學院的教授，並親自授予顧炎武博士身份…
隨著新儒學派在《大明時報》上逐漸占據優勢，舊儒學派發現自己的很多文章都被《大明時報》拒載，這特麼明顯是在拉偏架啊，於是南方士子在複社的支持之下，於南京成立了《金陵時報》，企圖與《大明時報》分庭抗禮。然而《大明時報》時至今日已然深入人心，新成立的《金陵時報》無論是在價格上還是影響力上都無法與《大明時報》抗衡…
眼看著火越燒越大，身在山東曲阜的衍聖公府發現已經無法置身事外了，於是便親自下場肉搏，孔衍植直接發聲將新儒學打上異端的標簽，號召天下讀書人反對新儒學，意圖將袁樞為代表的新儒學徹底摁死，結果事與願違，孔衍植這一下場就再沒出來了…
袁樞緊接著操控《大明時報》，將早已準備好的山東孔氏的黑料給一一爆了出來，並公開發文稱，如今的孔氏不過是聖人後裔，且惡行昭昭，完全是在給至聖先師孔子抹黑，如此德行根本不配代表聖人傳承，並且主張天下人隻要能真正做到為生民立命，為天地立心，為往聖繼絕學，為萬世開太平者皆可成聖！緊接著，施鳯來，袁可立等帝黨紛紛發聲支持…
這一下波瀾更甚，隨著施鳯來等人的露頭，朝中眾官員也陸續下場力挺衍聖公，並且上書攻訐施鳯來等人離經叛道，是為異端！而施鳯來等帝黨自然不服，開始反向攻訐。至此，這一場文學界的大論戰開始波及到政界，大規模黨爭開啟了…
與此同時，新成立的廉政公署也完成了部署，其人員在內衛鎮撫司的基礎上組成，基本由退役軍將，內衛和皇莊學院畢業生組成，最高長官稱為督察使，官居正一品，其完全獨立，隻對皇帝負責。第一任督察使誰都沒想到，竟然是被閒置已久的滾刀肉毛文龍！而原本內定為督察使的李二，則是成了廉政公署的二把手。新上任的督察使毛文龍為了展現能力，上來就把三法司給一鍋端了…
大量的刑部，大理寺，都察院官員被查，將正在進行黨爭的朝臣們打了個措手不及，不過大家倒也不怕，為啥呢？刑不上大夫啊…
可是萬萬沒想到，當一眾趾高氣昂的官員進了廉政公署之後，毛文龍這個滾刀肉壓根不和他們講道理，直接逮著幾個囂張跋扈的就開始過刑，那慘叫聲比詔獄還慘。後麵就簡單多了，有了前麵那幾個倒黴蛋珠玉在前，其他人紛紛選擇了從心，那罪行不用問，自己就說出來了…
朱由檢得知消息之後“雷霆震怒”，直接下令將刑部與大理寺合並，重新招募組建新的三法司，專司刑名！誓要徹查到底。皇莊學院中律法科的學生被大量征用，填充進了新組建的三法司，緊接著，就是廉政公署移交證據，三法司審判，定罪，抄家，追繳贓款，流放遼東一條龍服務，一場反腐風暴開始了…
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花開兩朵，各表一枝。先有國丈周奎被查，後有三法司被一鍋端，大量的官員排著隊被流放遼東，朝中各武勳，官員頓感大事不妙，心想著，這小皇帝連自家老丈人都下手了，他們算個屁啊…再加上如今的大論戰和黨爭之下，朝堂中充斥著他們眼中的異端，眼見著風向不對，大量的官員開始申請調往南方，調不動的便提出辭呈，準備攜款潛逃…
另一麵，大論戰之下，各地士子紛紛上書朝廷，要求朱由檢取締新儒學，並將離經叛道的新儒學派定為邪教。眼看著朝廷無動於衷，各地世家大族開始暗中串聯，鼓動士子拒絕出仕，拒絕繳納賦稅，妄圖以此逼迫皇帝妥協。畢竟你那麼大的國土，若是沒了人幫你治理，咱看你怎麼玩的轉？
清明時節雨紛紛，路上行人欲斷魂。就在大明百姓忙著燒紙之時，大明政界的大地震開始了。順天府地界上，一批批的官員被押解由順天府北上，打頭的就那個整天在宮門前撒潑哭嚎的大明國丈周奎，那是流放遼東的隊伍。另一邊，大量的官員掛冠解綬，由順天府南下，那是卷鋪蓋潛逃的隊伍。還有一個就是洪承疇率領的原滿桂部，正在由薊州南下，那是準備鎮壓民亂的隊伍。
鑒於大量官員的離職，導致朝廷官位空缺嚴重，朱由檢再發政令。
第一，精兵簡政，命第一軍至第六軍抓緊操練軍隊，提升軍隊戰鬥力。精簡政府機構，提高工作效率。
第二，取消吏員不得升遷的製度，將底層吏員納入官員體係和監察體係，定為十品。隻要有能力，最低級的吏員也可以一步步成為朝廷一品大員，封疆大吏。
第三，清查田畝，完善魚鱗冊，隱匿田畝，抗拒清查者以重罪論處。
第四，廢除戶籍世襲製度，將農戶，軍戶，匠戶等統一編為大明公民，從此以後，凡大明公民，可在大明境內自由擇業，參加科考，不再有身份限製。
第五，力行新政，攤丁入畝，士紳一體納糧，征收商稅。
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