順治三年（隆武二年、1646年）五月。
大清征南大將軍貝勒博洛乘虛突破錢塘江，紹興、杭州、義烏、金華等城相繼失守。
南明宗室樂安郡王、楚親王、晉平郡王在金華殉國。
魯王則在石浦守將張名振護衛下自台州出海到達舟山。
張煌言隨即趕回鄞縣故裡，與老父、繼母、妻兒子女訣彆，追隨魯王一行至舟山。
但舟山總兵、隆武帝所封肅虜侯黃斌卿卻拒絕接納，魯王隻得逃往福建長垣。
不久，魯王去廈門，張名振留舟山待機。
張煌言與張名振待局勢稍定後，重返浙東與舟山地區，組織招募義軍。
而張煌言被魯王加授右僉都禦史之官職。
順治四年（永曆元年、1647年）。
清蘇鬆提督吳勝兆欲在蘇州反正，起事前聯絡定西侯張名振支持。
張煌言勸張名振援吳勝兆，張名振遂命張煌言為監軍，徐孚遠副之。
於四月六日自岑江（即浙江舟山岑港）出發。
不料四月十三日在崇明島外遇風暴而大敗。
總督浙直水師戶部左侍郎沈廷揚、總兵蔡聰（黃斌卿之妻舅）等將領十餘人上岸後被清軍俘獲，於七月三日就義。
而張煌言也因颶風吹翻船舶，陷入清軍之手七天，找到機會逃出到了海上。
在途經黃岩時，又被追趕的清軍包圍並以箭射之。
張煌言率領數騎突出包圍，自此他更加努力練習騎射。
並在浙東招募集結義軍於上虞縣平岡寨屯田拒守。
其時，當地的多個山寨經常劫掠民眾，唯獨張煌言與王翊讓他們的部下不要擾民，深得民眾擁護。
順治八年（永曆五年、1651年）七月。
清將張天祿出崇安（今福建武夷山市）分水關，馬進寶出台州海門，閩浙總督陳錦全軍出定海，分路進攻舟山。
張名振、張煌言等奉魯王入海出兵吳淞，牽製清軍主力。
大學士張肯堂、安洋將軍劉世勳、蕩北伯阮進、左都督張名揚等留守。
此役舟山軍民死難者達18000人，合葬定海城北龍峰山下。
事後，清將自承“我軍南下，江陰、涇縣、舟山三城，最不易攻。”
順治十年（永曆七年、1653年）八月。
張名振和監軍兵部侍郎張煌言帶領五六百艘戰船向北進發，來到長江口的崇明一帶沙洲。
崇明城中的清軍兵力有限，不敢出戰，被圍長達八個月。
明軍以崇明和附近沙洲為基地，如清方一分檔案中所說
“築圩耕種，近城十裡之外，賊眾充斥。百姓菜色相望，饑饉難支。為我用者懨懨待斃，為賊用者欣欣向榮。”
崇明產米之鄉皆在平洋山前東、西阜沙，今被賊踞。
順治十一年（永曆八年、1654年），張軍三次進入長江作戰，這就是有名的三入長江之役。
順治十二年（永曆九年、1655年），張名振與張煌言合兵三入長江，抵燕子磯，因兵力單弱，無功而返。
乃會同鄭成功部甘輝、陳六禦等收複舟山，張名振縞素入城，遍覓母屍，哀動三軍。
本章完