1514年9月，賽依德正式稱汗，定都葉爾羌，建立了葉爾羌汗國。
隨著東察合台汗國的衰微，葉爾羌汗國的勢力滲入伊犁河穀和巴爾喀什湖一帶。
1516年，滿速爾汗向賽依德稱臣。
之後，賽依德相繼征服了巴達克山和帕米爾高原南部的瓦罕地區，並一度深入到今巴基斯坦俾路支地區。
隨後賽依德領兵進攻克什米爾，突入克什米爾腹地，並逼近克什米爾都城，但不久遭到當地軍民的反抗。
1533年，賽依德撤軍，病死在返回葉爾羌的途中，汗位的繼承權引發統治階級內部紛爭。
汗國宰相陰謀篡權未遂，被賽依德汗的長子拉失德處死。
1533年，拉失德成為葉爾羌汗國的第二代汗。他是一個對文化活動相當重視的君主，葉爾羌汗國進入了文化繁榮期。
他在位期間，其妻子阿瑪尼沙罕開始組編《木卡姆》，為後人留下了寶貴的文化財富。
1570年，熱西德死後，其子阿不都克裡木繼位。
當東察合台汗國的沙汗戰死後，阿不都克裡木趁機出兵占領吐魯番、哈密等東部地區，重新統一西域。
穆罕默德之後，其子艾合買提有過短時間執政。
拉失德的九子阿不杜熱依木進軍葉爾羌企圖稱汗，但在阿克蘇遭到打擊。
1594年，阿不杜熱依木在吐魯番建立政權統轄東起哈密西至賽拉米（今拜城）之間的塔裡木盆地的北緣地區。
並一度越過天山，使準噶爾盆地以東的七個小汗國臣服於他。
葉爾羌汗國開始分裂。之後，葉爾羌汗國的統治權又回到拉失德汗諸子手中。
新可汗是阿不都裡提夫。葉爾羌汗國的衰敗自此開始。他死後，其婿穆罕默德繼位。
1627年，吐魯番統治者阿不杜熱依木之子阿不杜拉繼位。
乘其兄弟爭奪吐魯番統治權之機，阿不杜拉帶領葉爾羌汗國軍隊出兵吐魯番，再次統一了葉爾羌汗國，並使哈密市臣服。
他任命胞弟蘇裡唐為吐魯番阿奇木，直接行政管轄吐魯番市。接著，他出兵伊犁河穀。
在鞏乃斯草原擊敗了準噶爾汗國軍隊，重新控製伊犁河穀和巴爾喀什湖一帶。
經過一係列戰爭，葉爾羌汗國再次統一塔什乾和費爾乾。葉爾羌汗國大體恢複到賽依德時期的疆域。
1655年，阿不杜拉與清朝建立聯係。第二年，阿不杜拉向清朝稱臣，並遣使入貢。
1665年阿不杜拉朝覲歸途中在印度德裡死去。
1665年，阿不杜拉長子堯勒瓦斯繼承汗位，兩年後，堯勒瓦斯被謀殺，其弟司馬依繼位。
此時，葉爾羌汗國的統治範圍急劇縮小。塔什乾、費爾乾等帕米爾以西地區脫離了葉爾羌汗國。
在伊犁河穀和巴爾喀什湖一帶準噶爾汗國取代了葉爾羌汗國的統治。
司馬依的統治勉強維持了十二年。
1680年伊善教派的白山派首領和準噶爾可汗推翻了司馬依的統治。賽依德家族的葉爾羌汗國結束了。
葉爾羌汗國從1514年建立，曆經6代、11位汗主政，到1680年被準噶爾部滅亡，存在了166年。
葉爾羌汗國的首都在現在的莎車，鼎盛時期的疆域包括吐魯番、哈密、塔裡木盆地。
汗國版圖的東方是嘉峪關、南方是西藏、西南是克什米爾、西方與烏茲彆克布哈拉汗國為鄰，與烏茲彆克以費爾乾納穀地為界，北方以天山為界，與東察合台吐魯番汗國相鄰
本章完