對戶部官員的清理，並沒有影響到順天府的稅製改革。
因為對順天府這一小塊地方的征稅，本來就不需要多少官員。
事實上，在清理掉那些隻知貪腐的無能官吏後，順天府征稅的事情，向前推進了一大截。
司農寺卿郭允厚，更是把有產稅的征稅情況向皇帝奏報，並且和內府監一起製定了十一稅的政策，請求皇帝裁定：
“十一稅的征收，按理說是每畝征收十分之一。”
“但是各畝產量不一，需要劃下標準。”
“臣和內府監王公公商議，按照之前對軍田征收正糧的辦法，對永業田和爵田征收十一稅。”
朱由檢聞言詢問道：
“之前對軍田是如何征收正糧的？”
“和畝產的十分之一相差幾何？”
郭允厚當即回道：
“每軍受田五十畝為一分，最初畝稅一鬥。”
“後來定下軍田一分正糧十二石，餘糧為本衛所官軍俸糧。”
“五十畝十二石正糧，每畝都是二鬥四升。”
“當前大明田地畝產兩石多，每畝二鬥四升，正好接近十一稅。”
說著自己的理由，郭允厚又補充道：
“實際征收之時，按田地肥瘠不同各有差彆。”
“按原本辦法征收正糧改動最小，不用另外區彆肥田瘦田，可以按以前的辦法征稅。”
“而且隻繳正糧不繳餘糧，已經是陛下的德政。”
“軍戶得知之後，必念陛下恩德。”
朱由檢聽著郭允厚的理由，對他這種圖省事的做法很是不滿，詢問道：
“二百多年下來，土地肥瘦是否有變化？”
“原本的荒地是不是變成了水澆地？”
“原本的水澆地是不是因為河流乾涸變成了旱地？”
“這些卿都查過嗎？”
郭允厚訥訥不敢言，事實上他就是圖省事，想著按以前的辦法征稅。
但是朱由檢卻不答應，他要的是清理二百多年的積弊，把整個大明重塑一遍，才好輕裝上陣。
否則就會有李自成之類的人物完成這個任務，把整個大明打爛，重新分配土地建立新朝。
所以郭允厚的做法固然簡單，也能保證十一稅的征收，但是朱由檢卻不取，他下令道：
“所有衛所的土地，都要丈量後重新分配。”
“儘量以十五畝、三十畝這樣的麵積集中分配，同時還要保障每個軍戶軍士至少有十五畝水澆地，剩下的水澆地才留給軍官分配。”
“十一稅的征收，暫且定為二鬥。每年夏糧一鬥，秋糧同樣一鬥。”
“如果是一年一熟或兩年三熟的地方，兩稅要相應減少。”
“土地劃分為上中下三等，中田、下田要相應降低，受災時另外減稅。”
“順天府和北直隸試行這個政策，看成效再決定是否向其它地方推行。”
說著，朱由檢又想起了一件事，盯著郭允厚道：
“朕之前定的標準尺，相比以前的尺長了一些吧？”
“為何郭卿覺得，能沿用以前的田冊？”
郭允厚聽聞此言，一時冷汗涔涔。
事實上他知道學堂丈量時用的是標準尺，隻是為了圖省事，故意忽略了這一點。
沒想到皇帝專門點了出來，拿這一點責問他。
這讓他實在無言以對，隻能跪地請罪。
朱由檢對他這種耍滑頭很是不滿意，但是郭允厚已經算是戶部留下的官員中願意做事的。所以他也隻能在嗬斥之後，勒令他好好做事。
不過作為製衡，他讓秦士文率領邊防部官員，參與衛所改製。衛所土地分配、把土地不足的衛所遷移到荒地去開荒，都需要邊防部參與。
而且朱由檢還規定了，衛所的軍籍黃冊要和地方黃冊一樣每十年重造一次，每隔三十年還要大造一次。
把逃亡、絕戶的軍戶土地重新分配，並且給世襲官職有變化的軍官和軍士重新分配土地。
同時還要嚴查土地侵占、名實不一等情況，確保從軍的士兵，實際擁有土地——
他知道有些人家一定會私下裡分地，把朝廷分配的軍田實際分一些給不從軍的兒子。
這是需要明令禁止的，因為朝廷分配軍田是為了供養士兵，一直分下去就沒人願意從軍了。
所以朱由檢讓郭允厚確定，衛所的軍田屬於朝廷。軍官和軍士的永業田，更確切地說是擁有土地的永佃權——