1937年11月18日，大本營以軍令第1號命令公布了《大本營令》。大本營於20日設置完畢。11月24日召開了第一次大本營禦前會議，通過了對中國的作戰計劃預案。
對侵華日軍當局與大本營存在的這一矛盾，大本營終於屈服於侵華日軍當局的意圖，11月24日以“大陸第5號”命令“廢除以‘臨命’第600號指示的華中方麵軍作戰地境”界限。
大本營並預告“華中方麵軍”參謀長“本部有堅強決心攻占南京。”
“華中方麵軍”當日即製定了《第二期作戰計劃大綱》，進行攻占南京的準備。
12月1日，大本營正式下達“大陸第8號”命令，命“華中方麵軍司令官與海軍協同，攻占敵國首都南京”。
同時下達了“華中方麵軍”戰鬥序列令。
12月2日，大本營免去鬆井石根大將在“上海派遣軍”的兼職，任命朝香宮鳩彥王中將繼任“上海派遣軍”司令官。
對於日本軍國主義侵略中國的狼子野心，早在1932年1月28日的上海事變中就已給國人以警醒。
從那時起，中國方麵在開始擬製國防計劃的同時就考慮首都的防守問題。
中國參謀本部判斷，一旦中日戰爭再度在滬爆發，日軍必將在其航空兵掩護下，以陸軍沿京滬鐵路、海軍溯長江向南京進攻。
1932年12月，在參謀本部內成立了城塞組，由參謀次長賀耀祖兼任主任。
城塞組在德國顧問指導下，開始整修長江沿岸的江陰、鎮江、江寧等各要塞，並準備在南京以東構築國防工事。
但由於當時國民政府主要致力於“安內”，所以隨著《淞滬停戰協定》的生效，擬訂的防禦計劃未能貫徹執行，擬築的國防工事亦未能完成。
1935年夏，華北事變發生，接著又出現一場使華北脫離中央的所謂“華北自治運動”，使國民政府對日本的蠶食侵略政策有了深一步的認識，開始積極地進行抗戰的準備工作。
1936年2月蔣介石令張治中負責在京滬間主要防禦方向上構築了吳福線和錫澄線兩道國防工事線，組成南京外衛線防禦陣地。
而在南京地區，則構築了外圍和複廓兩道陣地
沿大勝關、牛首山、方山、淳化鎮、青龍山、棲霞山至烏龍山要塞之線為內衛線的外圍陣地。
以南京城垣為內廓，環城以雨花台、孝陵衛、紫金山至幕府山要塞炮台之線為外廓。以上構成複廓陣地。
在城內北極閣、清涼山等高地則築成堅固的核心據點。
當淞滬戰場日軍大批增援部隊由張華浜、川沙強行登陸後，麵對日軍由守勢作戰轉為強大攻勢作戰的情況，中國大本營不得不認真考慮首都的防禦問題。
1937年9月2日，中國大本營一方麵責成軍事委員會執行部與南京警備司令部迅速修整南京地區工事及製訂防禦計劃；一方麵責成第三戰區派軍修整、加強吳福線、錫澄線工事，以備淞滬作戰部隊在“萬不得已時，則退守後方既設陣地，作韌強之抵抗”，以“鞏固首都。”
日軍在杭州灣登陸後，統帥部感到事態嚴重，開始重視南京的防守問題。
11月中旬，蔣介石在南京連續召開了三次高級幕僚會議。
而在次日晚的第三次會議上蔣介石明確表示同意唐生智的建議，決定“短期固守”，預期守1至2個月。
固守南京的方針確定之後，統帥部采取了一係列的戰略、戰役措施。
11月20日，唐生智發布戒嚴令，南京地區進入戰時狀態。