在武鬥島逗留的小智一行人聽喬伊小姐說大吾先生在石之洞窟挖掘石頭，一行人便決定去趟石之洞窟。
小智剛到洞口就對眾人道“那三個笨蛋在。”
小剛吐槽道“他們是不是在我們的身上裝了定位器啊！怎麼我們去哪裡他們就能跟到哪裡呢？”
小勝道“可是大吾先生就在裡麵啊？我們總不可能不進去吧！”小勝還是期待的，但聽到火箭隊三人在，又覺得很討厭的感覺，總之很複雜。
小智提議道“走另外一條路吧！這樣也能避開這些家夥！”
“讚成！”小剛三人很是讚成。
石之洞窟內的道路很是複雜，也不是隻有一個入口，所以小智一行人成功的繞開了火箭隊三人來到了洞窟之中，小剛還在岔路口貼上了標記，以免迷路。
小勝和小遙都是第一次進行洞穴探險，一路上都很期待的樣子。
走著走著突然地麵震動不已，很大一群的可可多拉似乎很生氣的向小智等人湧來，地麵就突然裂開了，小智他們掉到了石之洞窟的下一層，更糟糕的是一行人被衝散開了。
小智從泥土中將自己拔出來並找到了皮卡丘和小剛，小智道“小剛你沒事吧！”
小剛道“還好！那群可可多拉是怎麼回事啊？”
小智道“看剛才的樣子應該是被什麼打擾而生氣的樣子。隻是現在不是說這個的時候，我們好像和小勝與小遙走散了！”
小剛道“先找他們吧！”
兩人一路喊，一路找。石之洞窟跟之前小智說的一樣，道路很多，很是複雜，靠著波導之力都暫時沒有收獲。小智和小剛這邊在找到小遙姐弟前先遇到了小次郎。
小次郎看到小智與小剛很驚訝，道“小鬼頭，你們怎麼也掉下來了！話說，你們是什麼時候進來的？”
小智正色道“因為可可多拉，小次郎我問你，可可多拉們生氣跟你們有沒有關係？”
小次郎心虛道“當當然沒有了！”
小智道“實話！”
小次郎道“好吧，其實是我們挖陷阱的時候不小心挖到了可可多拉的巢穴才會如此的。”
小剛道“你們真是成事不足敗事有餘！”
小智道“看在你說了實話的份上，我們不計較了，這個給你。”小智將一張卡片給了小次郎。
小次郎道“這是什麼？”
小智道“你們上次幫忙抓捕阿隆的酬勞，十萬塊夠你們用一段時間了。”
小次郎拿著銀行卡感動道“小鬼頭你真是”
小智道“打住！你們做了好事我當然要獎勵你們，要抓皮卡丘就要被打飛，上次我說的資助你們飯錢的事情並不是在開玩笑的。小次郎，我一直想問你，你回家當大少爺不好嗎？怎麼願意出來過著這樣的算得上是流浪的生活。”
小次郎歎了一口氣，道“我未婚妻魯美嘉的事情你們都知道了，在家的話規矩禮儀各式各樣的課程壓得我喘不過氣來。雖然火箭隊的生活居無定所，但是我們是真的開心也是真的自由啊！”
小剛道“還有這樣的內幕啊！我們最開始隻是認為你爸媽的控製欲太強，你才離家出走的。”
小次郎道“也有這方麵的原因啦！”
小智三人與皮卡丘，繼續往前走，竟然遇到了一隻可可多拉，可可多拉身後的青年就是芳緣地區的前冠軍大吾先生。
小智問道“您就是大吾先生嗎？”
大吾道“對，你就是小智吧！”大吾看到小智帶著皮卡丘想了起來。
小智道“大吾先生很高興見到你。”
大吾道“我也很高興能見到你！早就聽說了你的名字，又聽我父親說了在卡那茲市的事情，早就想見見你了！”
大吾問道“小智你們怎麼會在這裡呢？”
小次郎往後縮了縮，小剛替他們解釋道“剛才遇到了一群生氣的可可多拉就掉到這裡了。”
大吾道“這樣啊！對了小智我有個東西想讓你幫我看看。”大吾從口袋中拿出了一顆超級進化石。
大吾解釋道“這是我不久前發現的，但我沒有進化鑰石所以就”