這天的早晨，小智一行人正在沙灘上進行晨練。
小剛道“哎？大家看那邊！”
小智三人抬起了頭，順著小剛所指的方向看去，隻見一個人穿著人字拖鞋，白大褂加短褲的裝扮，整個人貼在崖壁上。
小智道“這不是小田卷博士嗎？”
小智沒有看錯，小田卷博士本來就是那種注重野外研究的博士，所以在這裡看到小田卷博士，小智也不意外。
小田卷博士趴在崖壁上，是要觀察野生長翅鷗的巢。
“原來裡麵的結構是這樣的啊！”一隻長翅鷗回家卻見到一個人正在擺弄自己的巢，生氣的用喙猛啄小田卷博士。
“比雕去救小田卷博士！”
比雕接住了下落的小田卷博士，小智一行人才趕到，幸好趕上了！
小田卷博士道“這隻比雕是小智的嗎？又被你救了一次！”
小智道“小田卷博士你沒事就好！”
眾人坐在海邊的石頭上聊起了天，小田卷博士道“小剛，你能平安與小智會合真是太好了！”
小剛道“當時多謝您的照顧了！對了，小田卷博士來武鬥島做什麼呢？”
小田卷博士道“其實我一直有個心願，想要觀察武鬥島的寶可夢。比如說，你們看這個附近的長翅鷗的像這個樣子在陡峭的懸崖上築巢。”
小遙道“可是小田卷博士像你這樣爬上去也太冒險了吧！”
小勝打斷小遙的話“姐姐，你到底在說什麼啊！在野外研究寶可夢的領域裡，小田卷博士可是個大名人！他這個人好厲害的！為了見寶可夢一麵，天大的困難也不怕。不管什麼地方都敢去探險！”
小遙道“是這樣嗎？”
小田卷博士笑道“謝謝，很榮幸能得到小勝這麼棒的誇獎。小智你們怎麼還在武鬥島，我還以為你們都差不多通過凱那市了！”
小智道“武鬥島很適合做修行，最主要的原因還是小遙，小遙想要參加凱那市即將舉辦的華麗大賽。”
小田卷博士道“小遙想成為協調訓練家嗎？這挺適合小遙的。你爸媽要是知道也會開心的。”
小遙害羞道“我也還在練習啦！多虧了小智他們的幫忙，現在終於有點成果了。”
一架有火岩隊標誌的紅色直升機，降落在懸崖頂，直升機上下來一群身穿紅色製服的人，他們都是火岩隊的人。與此同時，海麵上出現了一艘水艦隊的潛水艇。火岩隊與水艦隊都陸續進入了武鬥島。
小智一行人尋找今天能做休息的地方，他們在一個山洞前石頭上看見了一個低落的男孩，小勝上前問道“你是武鬥島的人嗎？你為什麼會在這裡呢？”
男孩紅著眼睛道“我叫和輝，大哥哥你是寶可夢訓練家吧，能不能請你就回我的土居忍士。”和輝看向了小智與皮卡丘。
眾人上前都聽到了和輝的話，小遙道“你的土居忍士是不是被一男一女還有一隻會說話的喵喵抓了？”
和輝道“就是他們。”
小勝道“怎麼又是那三個笨蛋啊！”
小智道“和輝，你放心，我們會幫你把你的土居忍士救回來。”
與此同時的和輝建立的秘密基地中，火箭隊三人打了一個大大的噴嚏。突然，秘密基地的門被人撞開，就是身穿火岩隊製服的人，火箭隊三人打不過他們派出的大狼犬，隻能先逃了！
小智一行人跟著和輝來到他的秘密基地前，隻見門是開著的，而裡麵被破壞的很徹底，還有一條不知道延伸到哪裡的隧道。小智道“先等等，裡麵不太對！”
小剛問道“小智怎麼了嗎？”
小智道“有危險的感覺！”
和輝擔心道“我的土居忍士會不會有事啊！”
小智道“放心，大家都跟在我的後麵。”
小智領頭，走了一會兒就來到了一個空間很大的地方，這裡矗立著一個巨大的石頭雕刻成的建築前。小智示意大家放輕聲音，躲在了一塊巨大石頭的後麵。
他們能清晰聽到一個男人的聲音“原來是在這個地方！喚醒的小廟！好，各隊開始做確認衝入的準備！”