“煉金術”這一詞源於古代希脂語，本意其實與黃金無關，而是指“向神聖的轉化過程”。
簡單來說，煉金術的終極目標是追求“完美”。
貴重雜質少性質穩定的黃金被認為是金屬的完美形態，而人類的完美形態則是——永生。
煉金術就是要讓普通之物朝完美的方向轉化，而這種轉化的催化劑，就是賢者之石。
所以傳說中的大煉金術師尼可·勒梅說煉金術真正在“煉”的並非黃金，而是賢者之石。
若有人成功把普通金屬變成了黃金，就說明賢者之石已完成，永生也就近在眼前了。
而這位尼可·勒梅就是那顆傳說中能將一切金屬變成黃金，還能用來提煉可以長生不老的萬靈藥的魔法石的製造者。
尼可·勒梅不是小說的原創人物，而是真實存在於14世紀的歐洲的煉金術師，算算時間，如果尼可·勒梅現在還活著的話，應該已經六百多歲了。
兔川在時鐘的齒輪的軸承裡發現一封信，是建造這座黃昏公館的宇佐見家主留下來的。
信中的大致內容是說，那位宇佐見家主是一位煉金術師，他想用煉金術複活自己的妻子，也就是烏丸蓮耶的姐姐，但是他失敗了。
信裡還寫出了人體煉成術是絕對的禁忌，作為複活妻子的代價，他付出了自己和兒女的生命。
因此，為了防止自己的後代誤入歧途，他一把火燒掉了所有有關煉金術的資料，隻給後代留下這座黃昏公館，和那顆未完成的賢者之石。
最後，他在信的結尾寫道，隻有他的後代才能看到這封信上的文字，他很高興自己還有血脈留存於世。
兔川把賢者之石放在一旁……還是放在口袋裡比較保險。
兔川拿起時鐘的表盤仔細觀察，果然看到了畫在表盤的背麵的煉金陣，隻要按照暗號撥動指針就能激發賢者之石，便能啟動這個的煉金陣將一切金屬變成黃金。
而且不止如此，兔川發現黃昏公館的牆磚不是普通紅磚，而是用不知名金屬礦製成的金屬磚，磚塊裡混了辰砂，就是朱砂，也是用來提取水銀的硫化汞，所以牆磚才會呈現出磚紅色。
因此，賢者之石不僅將時鐘變成了黃金，還將黃昏公館裡所有的金屬，包括黃昏公館本身都變成了黃金。
這本該是一場聲勢浩大雄渾壯麗的煉金工程，但賢者之石卻沒想到，它竟然在這個深山老林遇到了一生之敵——柯南！
如此一來，柯南的柯學光環的製約了賢者之石的能力，但基德的存在又壓製住一部分柯學光環，所以當柯南啟動機關後什麼沒有出現，就掉地上一個裝作賢者之石的黃金時鐘。
當時，賢者之石一定害怕極了！
而當柯南徹底離開黃昏公館後，賢者之石才後知後覺地完成黃昏公館的黃金煉成儀式。
不過既然兔川來了，兔川可不會讓以上這些事情發生。
俗話說得好財不外露，黃金公館的秘密自己偷著樂就行了，兔川可不想張揚出去。
兔川讓萩原研二去外麵買些砂紙回來，他打算改造一下這個時鐘，什麼煉金術啊，要什麼黃金公館啊，到時候給那群偵探們留一個黃金時鐘就得了。
兔川又指揮白鴉去找來紙筆，然後兔川把表盤背麵的煉金陣描寫在紙上，畫了一個一模一樣的小小煉金陣，緊接著用砂紙把表盤背麵的煉金陣打磨拋光。仟仟尛哾
兔川看著光滑如初的表盤，滿意地點點頭那個煉金陣。
緊接著兔川把自己拆掉的時鐘一個零件接一個零件地組裝回去，除了那顆賢者之石。
然後兔川把時鐘放在紙上的小小煉金陣上，又拿出那顆賢者之石。
話說來都來了，不如試試？