在椪柑島和小智等人相遇，給正美的哥哥阿功展示過水晶大岩蛇後，小夜和鳴依再次踏上了蜜月旅行。
期間還和小智在冰天王科拿的故鄉，分彆和科拿進行了一次交流對戰。再次遇到小智時，已經是橘子群島的聯盟大會決賽了。
小夜和鳴依坐在觀眾席上，觀看著小智和橘子群島的首席訓練家勇次的對戰。
小智真的成長了很多，皮卡丘拿下了百變怪，水箭龜非常容易的打敗了大岩蛇，噴火龍拿下了妙蛙花。最終，小智竟然以三比零的優勢進入了中場休息的階段。
趁著中場休息的半個小時，小智跑去和小夜聊了幾句。
這一年多的經曆，讓這個傻東西多少明白了小夜的苦心。
（小夜看，之前一起旅行的時候我天天零封他，到現在他還得感謝咱呢。）
小智在橘子群島聯盟大會的最後決戰很快就開始了，以妙蛙花打掉對方的電擊獸，拉普拉斯和耿鬼互換後。
最後的決戰來了！
身為橘子群島的首席訓練家，勇次最強大的寶可夢是一隻快龍。
自從快龍上場之後，局勢就有了些許逆轉。快龍一路打敗了小智的關東地區禦三家，最後才和同樣絲血的皮卡丘互換掉了。就此，小智以五隻寶可夢贏下了勇次的全隊，拿到了人生之中第一個最高級的榮譽。
勝利者杯，小智高舉著那純金的獎杯，和勇次一同合照。此刻，小智正式成為了橘子群島的榮譽訓練家。
橘子群島某處海域最深處，一個漩渦慢慢的生成，一雙猩紅的眸子亮了起來。
海域的亞空間中，銀發的少年盤膝坐在那凶獸頭頂，兩者的眼眸同樣一片猩紅。
“祂的使者啊，不要讓我失望，不要辜負了爾等‘墮天神’之名號。”黃泉惡意的笑著，隨意的丟出數枚漆黑的寶石，頓時那旋渦中隱藏的惡神更加拚命的掙紮了起來，封印祂的結界逐漸出現了裂紋。（p－357－墮天神yyds，好扣愛扣。開局一把狙，決算p，俺是扣哥！）
深海，一隻銀色的大鳥探出了海麵。
祂憂心忡忡的注視著‘海之魔’所在的位置，神眸裡滿是擔憂。
‘命運的齒輪開始轉動了嗎……海之魔露基亞，墮天之神……’洛奇亞痛苦的閉上了眼眸，‘至少，也要護住這漩渦列島上生活的芸芸眾生，以‘海之神’的名義……’
尾巴一甩，海之神洛奇亞失去了蹤影，天空之上一個神級攝影師緩緩飛過。祂在冥冥之中感應到了自己又來工作了，當即就從天青山扛著攝像機趕赴了漩渦列島。
看到小智打贏勝利者杯後，小夜和鳴依就像幾人告彆，再次踏上了蜜月旅行。這次的目的地是和橘子群島處於同一片海域的漩渦列島，據說曾經漩渦列島是一整座島嶼，因為古時候某些事，被海之神洛奇亞憤怒之下以專屬神技‘空中爆破’切成了四座。
而小智三人也再次踏上了尋找拉普拉斯族群的旅程，這段時間的經曆讓拉普拉斯對他們已經沒有了抵觸，雖然還是想回歸族群就是了。嘛，畢竟是一個小孩子，突然就因為天災人禍離開了父母，想家很正常。
（族群居無定所？拉普拉斯有爸爸媽媽在的地方，就是家。棲息地隻是暫時生活的地方，並不是真正的家。）
雲層中一座龐大的空中要塞緩慢飛行著，筆直的向著漩渦列島所在的地方前進。從世界各地收集稀有物品以及寶可夢的謎之收藏家吉爾露太坐在王座上，緩緩搖晃著手中的紅酒杯。在他這座飛行宮殿的收藏室中，束縛著無數稀有的寶可夢，和很多稀世珍寶一同展覽著。
“火箭隊的那些蠢貨，根本不懂三聖鳥的美麗。”吉爾露太不屑的說道，目光卻緊緊盯著監控下沉睡的三合一三聖鳥。自從被超夢捏炸了一隻畸形三聖鳥之後，顯然火箭隊的瘋狂科學家們看到了希望。
畢竟，連最重要的超夢計劃那家夥都能對抗一二，要不是生命力的問題，說不定超夢就被三合一三聖鳥拿下了。
‘希望你不會讓我失望，醜陋的畸形怪物。’吉爾露太暗自想到，之所以他會花掉數百億聯盟幣還搭上天大的人情買來這隻三合一三聖鳥，就是為了捕捉到真正的神明，擁有神職的那三隻三聖鳥。
（羊駝？你已有取死之道！）
神戰都序幕已然拉起，首先出場的就是還在飛行路上的劇場版專用攝影師——生命之水、幸運之神、氣流之神的城都地區主神，擁有超神獸之位格的鳳王！
等攝影師正式就位之後，領銜主演們也將要堂堂登場！
首先是這次神戰中正義的一方，黑毛蟲裂空座將以逐漸恢複的半殘之軀，通過原始回歸勉強拿回超神獸的戰力作為主攻手。目前剛升級為一級神不久還能繼續變強的超夢將作為祂的助手，成為這次神戰的主力軍。
而正方選手還有銀色大鳥洛奇亞，祂擁有著洋流之神、海之神的尊稱，將儘全力打擊反派一方的惡神們。
相對的，反派一方出戰的選手有墮世神阿爾謬斯的忠實狗腿子，身為墮天神的海之魔露基亞。祂同樣是超神獸級彆的位格，是反派的主力選手。此外還有強行摻乎神戰的吉爾露太所帶來的三合一三聖鳥，這隻畸形的雜毛鳥隱隱超越了一級神，雖然生命力依舊是個大問題就是了。
至於神職三傻鳥，火神、雷神、冰神這幾個憨貨就隻能在雙方之間反複跳躍了。
除了這些神明們以外，還有很多普通的寶可夢也會出演本次正邪間的神戰。
寶可夢演員介紹過了，接下來登場人類們有天命救世主小夜及其伴侶鳴依、走到哪哪裡出事的大場麵觸發器以小智和皮卡丘為首的小團體、和漩渦列島都npc們。反派不出意外的話隻有一個，就是那個沒腦子的想要對擁有神職的神明下手的吉爾露太了。
讓我們期待吧，即將來臨的神戰！
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