百花仙子在武家集住了下來，開始教授葉天行和武妙涵醫藥學。為了便於治療葉清源和教導葉天行，她搬到葉家居住，上官百合和武妙涵也隨她搬了過來，葉家的院子大，客房也多，倒是不愁住的地方。
研修醫藥學，先從識藥開始，而後識體，最後是醫術和煉丹。為此，明光將後花園開辟成一塊五畝大小的藥田，雖說藥田不大，但一些常見藥草基本都種齊全，以便葉天行二人辨識藥草。百花仙子還經常前往南荒古林，采集些珍稀高階藥草來，來加強二人的識藥能力。
至於識體，百花仙子身為得道之人，內在修為自是不凡，她從最初的五行經絡教起，葉天行將百花仙子所教與先前所學的《五行總訣》兩相印證，因此他學起來，如魚得水，自然事半功倍，獲益匪淺，從而極大地加深了他對自然萬物衍生變化的感悟能力，為進一步修習《五靈飛天訣》，打開了方便之門。
項鏈內所藏的《五靈飛天訣》，不知為何人所創。此訣蘊含天地衍生至理，共分《五靈衍生》和《築基訣要》兩部分。它強調天地萬物皆為五行之氣所化，修仙實際上就是人與天爭，而人的力量非常渺小，隻有將天地靈氣化為五靈之氣，才能將天地之力吸納入體，為人所用，從而擺脫生命法則的桎梏。可若想將天地靈氣煉化為可用的五靈之氣，首要就是體悟五靈衍生，在人的丹田內拓出五靈靈氣旋渦，積累五靈之氣，稱之為練氣，五靈靈氣旋渦盈滿液化即為築基成功，從而跨入先天境。此後即可通過吸收煉化天地靈氣溫養自身，延緩其衰竭，最終證得五靈大道而飛升，成仙成聖。
具體的道階劃分為練氣，也稱準備期；築基、金丹、元嬰、出竅、分神、合體、洞虛、大乘、渡劫，也稱人界修仙九大階；天仙、大羅金仙、位仙、仙聖，也稱仙界修仙四大階。魔修也相對應劃分為凝元、魔丹、魔嬰、化形、離識、合體、洞虛、大乘、渡劫、天魔、羅天真魔丶魔羅王和魔尊。
《五靈飛天訣》對五靈築基極為看重，認為它是修者在人界修行的至為關鍵的一步，是凡人踏上仙途的基石，為此特意在《五靈衍生》部分給出了一種《五靈吐納法》，並輔以內視術、斂氣術等小神通，以便在練氣階段，可通過五靈吐納之法吸收少量的天地靈氣，為築基打下基礎，而內視術則可以幫助修行者觀察體內的靈力循環，更好地體會天地靈氣轉化為五靈之氣的衍生變化。
然而，練氣畢竟屬於為五靈築基打基礎的階段，吐納一個周天，隻能吸收煉化少量的天地靈氣，進度較慢，但《五靈飛天訣》講求厚積薄發，前期緩慢而後勁十足。
《五靈吐納法》強調，人之呼吸不止，則吐納不止，師法自然。無定法，無程式，因人而異。須將練氣吐納融入日常生活，坐臥行走，無不為之。也就是要求呼吸吐納成為修者的一種本能行為，就像人在睡夢中也能呼吸一樣。同時，著重強調體悟“靜”之境，“靜”為學問之始，正所謂寧靜以致遠，心靜則氣歸，無靜則萬念叢生，功無所行。
一年後，葉天行已由初時的夜靜練功之“靜中取靜”，逐漸達到了於日常生活中呼吸吐納之“鬨中取靜”的境界，練功達到了不著相於言、聽、視、行、住、坐、臥等日常生活行為。
《五靈飛天訣》本質上是屬於築道基的大道法訣，所吸收煉化的天地靈氣是一種源自宇宙的奇異力量，煉化為五靈之氣後可藏在修煉者的經脈穴位內，成為蓄勢待發之無窮無儘的強大力量。為了充分發揮其能力，強調氣、體、心同修，為此它又特意給出了一種《五靈煉體術》，特彆強調要感悟生命法則，能調動天地靈氣，化自然萬物為我所用，能以天地之氣護身驅毒、生肌止血、延年益壽。
《五靈煉體術》將煉體階段劃分為後天境，也稱準備期；先天境、重生境、煉嬰境、通臂境、法相天地、渾然一體、八荒神勁、玄體境、轉靈境，也稱人界煉體九重境；仙體境、日月同輝、不死不滅、仙聖體，也稱仙界煉體四重境。每個境界又細分為四個層次氣與力合，意與氣合，心與意合，渾圓如一。都要經曆五個過程易筋，洗髓，淬骨，換血和脫胎。
葉天行先從後天境的氣與力合練起。氣與力合，強調氣與力的衍生，屬於著相的初級煉體階段，讓人一見即可知其為剛力。
時光荏苒，歲月如梭，葉天行已十五歲，已到束發之年。由於他平素練氣鍛體的緣故，他的身形長得魁梧，體魄強勁，乍看上去，已經看不到年少的痕跡，儼然一副少年老成的模樣，犀利而不失穩重，隻是微黑的臉龐上，一雙眸子炯炯有神，隱隱中還有幾分小葉子的影子。
這些年來，他跟隨百花仙子研修藥學，製藥煉丹，但在彆人眼中，他依然是是個普通學徒，因為他是五靈根的緣故，已經沒有人相信他能修仙。而事實上，他卻從未放棄過對於修仙的向往，他本就善於讀書自悟，再加上身邊有百花仙子這等高人點撥，竟被他很快入了門徑。隻能感歎萬事終究不過一個“悟”字，修仙亦是如此。
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但葉天行練氣最終還是受到了五靈根的限製，儘管他修煉的是頂級仙法，已達到全天候不著相的練氣境界，而且還在服用自己煉出的靈氣丹進行藥輔，但他也僅僅達到了練氣五層，和武妙涵等人比起來，還是慢了很多。武妙涵已達到練氣八層，武高飛和武高雄練氣七層，就連靈根不太好的武高誌也已達到了練氣五層。
葉天行未被身邊的同齡人拉開太多，得益於他那無與倫比的靈氣轉化能力。他是最完美品質的五靈根，就單一屬性來說，就連武妙涵都無法與他相比，限製他修煉進度的主因，是他每次吐納吸收的天地靈氣都要轉化為五種靈氣，因此，對每一種單屬性功法來說，他每次吐納的實際效果僅僅相當於有兩成收益。通過內視術，他早已弄清了這一點，並一直在研究相應的解決辦法。但有失必有得，五靈根也給他帶來了單靈根所沒有的回報，那就是他可以同修五種屬性功法，經過幾年的努力修煉，他已成功打通了五行經脈中的土屬性和木屬性經脈。
葉天行在修煉時還遇到了一件怪事，那就是在他打通土屬性經脈時，練氣出奇地順利，一個月內竟出現了三連跳，直接躍進到了練氣四層，而他打通木屬性經脈卻費了九牛二虎之力，用了四年多的時間，練氣等級也隻不過提升了一層。他一直弄不明白兩者差彆何以如此巨大。
修煉帶給葉天行的最大驚喜是項鏈的變化。在使用項鏈時，他意外發現項鏈內的空間竟然會隨著他的神識感應能力的提升而變大，目前已達到三十多丈，他這才意識到他得到的絕不是一般的仙寶！
但這件事葉天行沒有告訴任何人，他覺得爺爺說的有道理，有關項鏈的一切都成了他的絕密。而且，考慮到大家都認為五靈根不能修仙，為了不引起彆人的注意，他還用斂氣術將自己的境界收斂在了練氣二層。
在武家集的這些年，百花仙子全心全意教導葉天行識藥、識體、學藥和煉藥。葉天行的性子野，但學習能力毋庸置疑，所學藥術夯實牢固，深得百花仙子的喜愛，雖不能師徒相稱，但兩人情若師徒，抑或還有幾分師徒之外的情分。百花仙子念念不忘師父的囑托，她對葉天行，除了傳授藥術，自然也會關照他的生活細節。百花仙子很早就已經注意到他在練功了，也以為他隻是在強身健體，或者修煉一些低階道法。在她看來，他的修煉即使不能入道，可也不是歪門邪道，練練也無妨，所以她並未刻意詢問。
百花仙子眼見著葉天行一天天的長大成人，如今他的醫藥術已學有所成，隻是需要時間來磨礪，而且已能煉一些練氣期服用的低級丹藥，成丹率基本能達到了兩成，往後的生活，就看他自身的造化了。該是她離開的時候了，雖然心有不舍，但她深知小鳥總是要飛出巢去，總是要經曆過風雨，才能翱翔於藍天之上。於是，她給爺孫三人留下了三顆增壽丹，便帶著武妙涵返回了百花穀。
此時的武妙涵已經十六歲，原來的雙丫髻已換成了飛仙髻，正是豆蔻好年華。這些年，她除了隨百花仙子學習丹藥，還在修習《蓮花心經》，那是仙霞派嫡傳的仙級水屬性築道基法訣，水係的道法對於她來說最合適不過了，有《蓮花心經》的加持，她已經出落得冰清玉潔，出塵脫俗，頗有幾分仙女的氣息。
與葉天行分彆之時，武妙涵總覺得要和他說些什麼的，而她卻一改平常，竟不知該說些什麼，她的目光一直沒有離開他，她已經很久沒有扯過他那雙長耳朵了，她已經舍不得了。此去百花穀，不知何時才能再相見，一想到這，她就心下難過，淚水便蒙住了雙眼，然而葉天行似乎全沒注意到這些，在他的心裡，他隻是希望她好，永遠的好。
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