朱載坖就不信了，自己手握五十萬兩巨資，還整不出來一支像樣的水師。朱載坖和俞大猷等人商量了起來，先拿出二十萬兩，十萬兩用於整頓船廠和修造各種快船，另外撥付十萬兩，用於直接用民間采購福船和廣船，充實浙直水師。
同時，針對浙直水師分散的現狀，朱載坖認為應當設立提督浙直等處水師軍務總兵官事兼領海盜、緝私這一職務，將浙直兩地的水師都集中起來使用。
快船、小船，用以近海防禦，遠洋福船、廣船用以遠海巡弋，防備倭寇。朱載坖的本意是集中浙直的水師，統一使用。
但是戚繼光和俞大猷都不同意這樣的做法。原因也很簡單，現在水師地位低下，儘管按照朱載坖的設置，這個提督浙直軍務，也是總兵，但是在戚繼光等人看來，這個水師提督的成色，是遠遠不如鎮守一地的總兵重。
同時，現在大明水師的任務還僅僅是在近海掃蕩倭寇，沒有遠洋作戰的需求，由於現在的通訊手段，提督兩地水師，根本沒有辦法作出迅速的反應。
這點確實是個問題，不過朱載坖要做的是將水師獨立成軍，加強水師的地位，所以朱載坖和兩位總兵商量了之後，決定在浙江和南直隸將所有的水師編為一協，稱為南直隸、浙江鎮左協，本來按照朝廷規定，一協的主官是副將，但是朱載坖為了加強水師的地位，水師左協都有由總兵兼任。
這樣的話，總兵的權力就大為增加了，除了總兵直轄的中軍和中協外，還將水師也直接納入鎮守總兵的管轄範圍。
同時朱載坖還要求俞大猷等人製造五十條萬石以上載重的沙船，用以運送軍糧等物。同時也是試辦漕糧海運的準備。
和兩位總兵談完之後，朱載坖回頭準備向嘉靖上密疏。
在密疏中，朱載坖詳細說明了自己最近的各種行為，同時將自己的看法對嘉靖闡述了一下。
朱載坖認為現在海禁還是必須的，原因也很簡單，即便是現在大明開放海禁，朝廷也無法從中獲利。大明現在的情況，連個商稅都征收不到，還談什麼關稅呢？所以一旦真的放開海禁，得利的絕對不會是朝廷，而是這些依靠走私賺取巨額利潤的黑心商人。
朱載坖所以建議，在朝廷沒有建立起可靠強大的水師之前，堅持海禁，同時與王直合作，通過王直由朝廷直接賺取貿易的巨額利潤，利用王直剿除倭寇，打擊其他的走私商人，給朝廷發展水師贏得時間。
對於王直其人，朱載坖認為他身上的商人氣息十分濃厚，現在看來還是可以利用的。隻要大明抓住機會發展水師，官軍水師對王直的船隊構成壓倒性優勢，王直絕對不敢起什麼異心，能夠為大明所用。
對於倭國，朱載坖也詳細向嘉靖闡述的自己的看法，倭寇出產黃金白銀和銅，這些都是大明現在所需要的，況且倭國物資匱乏，需要從大明進口茶葉、絲綢、布匹，這些生意，朝廷不做，這些走私商人也會去做，天予不取，反受其咎，與其如讓這些不法商人獲利，還不如由嘉靖把這個錢掙了呢。
同時為了向嘉靖重視水師，朱載坖向嘉靖詳細說明了水師的作用。首先當然是剿除倭寇，防止倭寇的襲擾，其次就是打擊走私，現在既然皇室要和王直做生意，那麼走私的商人就是侵奪皇室的利益，走私每少一兩，嘉靖就多掙一兩。還有就是製衡朝廷和王直，隻有朝廷的水師足夠強大，才能在和王直的談判中取得主動權。
朱載坖最後還提了漕運改海的事情，雖然一直有人認漕運是百萬漕工衣食所係，廢漕改海斷然不許。但是實際上，海運不但比漕運更加方便省錢，在大明也是使用過的。
元朝長期以來是利用海運來運輸軍隊與物資，這得益於元朝強大的艦船製造技術以及對製海權的牢牢把控。在太祖剿滅在遼東的北元殘餘勢力時，，明軍通過海運輸送了大量的軍隊與物資，漕運隻負責從農業發達的江浙湖廣等地區向遼東運輸糧草。
不少臣子們認為，海運時間長，風險大，而且易受天氣與潮水影響的弊端顯得越來越嚴重。除此之外，海運極易受到海盜賊寇的掠奪侵擾，為了保護運輸船隻，還要專門配備軍隊沿途護送，軍隊的開支又是一筆錢。
但是漕運的損耗和貪汙實在是過於龐大，而現在大明本身就要發展水師，反正錢已經花出去了，用於護航海運也沒什麼不可，海運的損耗肯定是漕運所不能比的，而且海運都是近海航行，風險其實很低，遠沒有這些大臣們說的那麼可怕，所以朱載坖請求嘉靖，製造用於海運的沙船，運輸漕糧。
同時此舉也是為了掩人耳目，皇室和王直做生意，是見不得光的。如果大量的貨物在東南交割，很難不被東南士紳們查知，一旦被他們得知，肯定會沸反盈天的鬨事，到時候被動的就是嘉靖和朱載坖了。
所以朱載坖建議，以試驗海運漕糧為名，將物資轉運到天津與王直交割，嘉靖對於天津的控製肯定是很強的，無論是錦衣衛還是東廠，都可以最大限度的保證消息不外泄。
朱載坖將給嘉靖的密疏寫好後，就通過錦衣衛的急遞送走了。
現在對於朱載坖來說，就是等待了。海瑞和趙貞吉的清丈田畝、裁汰僧人，其實並不需要朱載坖去做什麼，朱載坖隻是在蘇州坐擁重兵，為他們撐腰即可。
朱載坖現在主要是在等蔣洲回來，朱載坖覺得，王直肯定會親自前來的。作為一個頗為膽大的商人，這麼大的生意，王直不可能就這麼放過這個機會，他肯定會親自前來，探明虛實後再說，王直要是連這點膽量都沒有，也就不配做這個生意了。
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