直樹不準備回密阿雷市，他準備往西去娑羅市。在大賽開始之前，他要按照約定去見一見可爾妮，並且和她一起特訓。可爾妮還沒有正式繼任道館館主，所以她今年同樣是要參加聯盟大賽的。
到達娑羅市之後，直樹卻從可可布爾口中得知了可爾妮已經去密阿雷市的消息，直樹不得不從娑羅市趕回密阿雷市。
密阿雷市就是這一屆卡洛斯聯盟大賽的舉辦地點，臨近大賽，原本人就多的密阿雷市已經是人潮洶湧了，隨處可見年輕的寶可夢訓練家，他們的目標無疑都是聯盟大賽。
直樹在寶可夢研究所遇到了過來找自己的可爾妮，許久未見的兩人慣例擁抱了一下，隨後就是慣例的對戰環節。
可爾妮已經完全掌握了和路卡利歐之間的超進化，兩人使用超級路卡利歐對戰了一場，對戰沒有分出勝負，以平手結束。現在是特訓的時候，不能讓寶可夢受傷，雙方都沒有使用全力對戰。
“密阿雷大賽的賽製是傳統的一對一，六選三的單打對戰，比賽采取淘汰製。直到4強才會采用六對六的全麵對戰。”
“在前期，能夠使用越少的寶可夢越好，這樣彆人就會沒辦法看透你們的實力，沒辦法針對你們。”
“當然，如果為了隱藏實力輸了的話可就不好了，對戰中可是絕對不可以鬆懈的。”
佐藤真正在給直樹和可爾妮說著聯盟大賽的各種規則和技巧，其本人從來沒有參加過聯盟大賽，但是對大賽卻十分的了解。
“今年的聯盟大賽的獎勵十分的豐厚，甚至有不少其它地區的訓練家都跑到了密阿雷市來參加，你們可要小心一些。”
沒錯，今年的冠軍獎勵之中就有超進化鑰石，這對很多寶可夢訓練家來說都有著致命的吸引力。這是超進化研究剛剛進入大眾視野的第一年，對戰的激烈程度可想而知。
“對了，小直，圖圖犬該還給你了，大賽報名隻能選擇六隻寶可夢，中途是不允許更換隊伍的，所以你要想好帶那些寶可夢上場才行。”
直樹愣了一下，這個問題他之前還沒有想過，他現在的寶可夢已經超過六隻了，選誰參賽也是一個需要思考的問題。
留下物攻手中的一隻吧，直樹根據隊伍的合理性隻能這樣選擇，那麼就是在烈咬陸鯊、噴火龍和路卡利歐之中選擇一隻不參加。
直樹和三隻寶可夢商量了一下，三者倒是十分的豁達，紛紛表示自己可以不參加，把機會讓給另外兩隻寶可夢。最終路卡利歐力排眾議，覺得自己不參加，它是隊伍中的大哥，應該把這種機會讓給小弟。烈咬陸鯊和噴火龍表情浮誇，納頭便拜，三兄弟抱在一起哭成一團。
“......”一旁的直樹一臉懵逼。不過寶可夢自己商量好了，直樹就按照它們的想法來了。
了解完規則之後，就是對戰特訓了，到報名開始、比賽正式開始之前，直樹和可爾妮的時間大概都會用來進行對戰訓練。
這此期間，瑅耶魯諾和多羅巴也加入了訓練的隊伍，他們兩人也收集完了八個徽章，準備參加今年的聯盟大賽。
根據他們說，卡魯穆也準備參加大賽，現在正在野外獨自特訓。
莎莉娜和莎娜並沒有參加聯盟大賽的想法，不過她們也都來到了密阿雷市，按照約定說的那樣過來給大家加油。
就在這段忙碌的時間中，密阿雷市出現了一起極為惡劣的搶奪寶可夢的事件。直樹被希特隆請求過來幫忙抓捕罪犯。
根據受害者的描述，犯人似乎是一個穿著籠罩全身的衣服的人。
直樹忽然想起了閃焰隊的那位行蹤不明的科學家庫瑟洛斯奇，在遊戲的劇情之中，二周目的時候這個家夥會在密阿雷市搞事情，弗拉達利失敗後，庫瑟洛斯奇回到弗拉達利研究所，繼續自己畢生追求的e戰鬥服的研究。
他招募了瑪琪艾兒作為自己研究的對象。由於瑪琪艾兒不能命令寶可夢進行對戰，庫瑟洛斯奇隻好將實驗方式改為通過遙控控製e戰鬥服行動。在此期間，身穿戰鬥服的瑪琪艾兒被稱為“艾絲普莉”。作為實驗的一環，庫瑟洛斯奇先是讓艾絲普莉潛入密阿雷美術館，對藝術品進行損毀，之後又讓艾絲普莉奪走一般市民的寶可夢。
因為直樹的緣故，庫瑟洛斯奇的計劃似乎提前了，直樹覺得自己還是親手去了結這件事情比較好。
再一次來到來到弗拉達利研究所，這裡已經被聯盟封閉了，直樹靠著沙奈朵的瞬間移動進入了其中。
打敗了潛伏在研究所內部的人，直樹來到了研究所的深處。
“為什麼e戰鬥服的遙控機能在那個時候出現了問題？”
“……我是不是不應該隻是催眠，也應該控製她的精神？但是這樣一來，對瑪琪艾兒的負擔就太重了……”
直樹走路的聲音使得自言自語的庫瑟洛斯奇回過頭來。
“哦哦！你是那個時候的！原來如此，妨礙實驗的就是你啊！我明白了！好！就用你來做實驗吧！隻要穿著e戰鬥服的艾絲普莉能夠擊敗你，就能證明我高超的科學實力了！來，過來吧，艾絲普莉！戰鬥吧！和艾絲普莉戰鬥！”
黑暗中走出了一個穿著黑色戰鬥服的人，她的臉上戴著橙色的無臉麵具，從身材上可以看出她是一個十五六歲的女孩。
直樹記得這個女孩，在遊戲之中他完成過相關的劇情。
瑪琪艾兒從小失去了父母，無家可歸，在密阿雷市的小巷中和妙喵喵茸一起生活。之後在帥哥一個國際警察，帥哥是他的代號）調查的事件中被帥哥發現並成為了帥哥的助手，同時結識了主角。由於瑪琪艾兒沒有受過正規的教育，帥哥便在自己的事務所中教她讀書識字。在小巷中生活時，雖然瑪琪艾兒不懂讀書寫字，但卻能夠從來到密阿雷市觀光的外國人身上學會少許的外語，並能夠將其用於交談。密阿雷幫一眾在某次事件之後便仰慕著瑪琪艾兒，她和帥哥成為了這一集團改邪歸正的契機。
在帥哥偵探事務所生活期間，瑪琪艾兒漸漸覺得自己是帥哥的負擔，便瞞著帥哥及主角偷偷地去尋找兼職，希望能為帥哥出一份力。之後，瑪琪艾兒找到了庫瑟洛斯奇，後者正在招募擴展服的受驗者。瑪琪艾兒覺得這份“隻是睡覺的兼職”自己也能勝任，便自願參加了擴展服的測試，但隨即被希望能儘快取得成果的庫瑟洛斯奇利用擴展服的遙控機能控製，化名為艾絲普莉四處作惡。
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