從原住民的視角看，紅月宇宙的曆史並不算長。
6500萬年前，包裹著“神印”的隕石撞擊地球，導致物種大滅絕。
101novel.com0萬年前，某個外星種族發現了適於自己生存的海洋星球和海底的黑色神印，後因屍變體爆發，外星人瀕臨滅絕，但他們為了防止神印禍害其他種族，將整個星球冰凍起來，紅月的聚合儀式被中斷。
公元2214年，阿特曼博士發現了隕石坑裡的神印，並對其進行研究，後因屍變體狂潮認為神印很危險，與試圖利用神印解決能源危機的聯盟政府發生衝突，被暗殺，然後被統一教當成殉道的先知。
公元2311年，聯盟政府和統一教的衝突越來越大，但政府科學家還是想辦法複製了幾個神印，因為無法解析黑色神印的元素，複製出來的神印用其他元素代替，通體呈現紅色，所以被稱為紅色神印。
考慮到研究的安全性和保密性，紅色神印被分彆安置到遠離地球的殖民星球上。
神盾七號上的紅色神印第一次激活，就爆發了屍變體災難，隻有紅色神印周圍的一小塊範圍可以阻止屍變體靠近（強製休眠），那片區域被稱為死亡空間。
軍方認為神盾七號的實驗結果是失敗，所有信息被封鎖，紅色神印和基地內的大量屍變體組合成被稱為“主腦”的有機結構體。
此外，神盾七號的意外發生時，軍方檢測到3顆紅色神印同時收到了原始神印的信號，他們順藤摸瓜找到了冰凍星球。
公元2314年，研究人員在冰凍星球發現了外星文明和大量紅色神印，他們錯誤地以為神印是外星人鑄造的，不小心關閉冰凍裝置，導致整個殖民地爆發屍變體狂潮。
察覺真相的保守派將軍帶頭執行五號預案，清除所有跟冰凍星球有關的資料和人員，以免冰凍機器的開關落入有心人手中，再次釋放紅月。
此後，地球再沒有收到該艦隊的消息。
但將軍的決斷隻為地球爭取了101novel.com0年。
之後，聯盟政府洗牌（為了區分，後稱聯合政府），統一教勢力越發壯大。
而納米機器人首次進入的時間，便是“和諧開采公司”（簡稱cec）派遣名下的行星裂解飛船“石村號”非法開采神盾七號不久。
沒錯，他們去挖紅色神印了。
就算有正常人察覺到殖民地發生大規模自殺事件和他們挖出來的紅色神印有關，也無法對抗飛船上的統一教成員。
所以石村號表麵非法采礦，實際是為了運輸紅色神印，所有人員都算合理損耗。
一番操作下來，睡了101novel.com0年的主腦醒了，開始控製屍變體襲擊人類。
殖民地失守，但還是有幸存者開著緊急航天器帶著屍變體進入了“石村號”。
後麵就是葫蘆娃救爺爺，挨個送了。
納米機器人在失去自己的醫療官主人後，又認其男友（遊戲真主角）為主，之後的劇情便轉為男主視角。
2508年，收到“石村號”求救信號的cec派遣小型搜救船“凱利昂號”前往救援，擔心女友的男主隨船出發。
經曆了一係列利用與背叛後，失去所有隊友的男主成功將紅色神印送回出生地，並殺死主腦，逃出石村號。
期間，還有一艘被派來處理石村號的勇氣號被屍變體襲擊，最後撞上石村號。
2509年，男主乘坐的救生艇被找到，他被送往泰坦空間站，接受所謂的治療，實際被關押在精神病房間，cec的人試圖讀取紅色神印留在他腦中的信息，用來製造12號神印。
同年，cec還派遣更大的醫療搜救船“奧班農號”去調查石村號事件，結果失聯。
三周後，軍方帶隊登上“奧班農號”，審訊完幾個幸存者後，將一切災難歸於某個幸存者發動的恐怖襲擊，真相就此掩埋。
2511年，聯合政府成功製造12號神印，並開始做實驗，不久，統一教就發動襲擊，導致實驗中的屍變體流入居民區。
被統一教成員放出的男主察覺真相後在聯合政府和統一教的共同追捕下成功破壞12號神印，但空間站也發生爆炸。
除了他和新女友，無人生還。
之後三年，兩人一直在躲避聯合政府和統一教的追捕，因為兩人對真相態度不同，最終分道揚鑣。
2514年，不怕死的聯合政府又在尤瑟爾星複製了新的紅色神印，這回他們至少知道給神印加個罩子，屏蔽它的電磁信號。
屏蔽站的研究人員意外發現了101novel.com0年前某個殖民地的研究資料，上麵記錄了紅色神印曾經收到原始神印的信號，以及如何定位信號源，找到原始神印。
統一教又雙叒來發動襲擊了。
幸存者最終找到隱居月球基地的男主，一起前往冰凍星球，統一教如影隨形，一路製造了很多麻煩。
冰凍機器被關，紅月繼續聚合。
雖然男主和最後的戰友設法殺死了完全體紅月，打算開船回地球警告其他人。可當他們趕到的時候，地球已經被紅月包圍了。
因為後麵沒有推出新作品，男主的故事姑且到這裡結束。
至於男主看到的是現實還是神印讓他產生的幻覺並不重要，隻要神印還在，就會不停往外發出電磁信號。
聯合政府試圖利用神印獲得無限能源，結果隻是在幫神印不斷複製自己。
統一教的行動宗旨就是幫助神印實現“完整歸一”的儀式，直到整個宇宙的生命都被紅月吞噬。
就算紅月最終因為沒有食物陷入沉睡，一旦有新的生命誕生，又會落入同樣的輪回。
這麼一分析，這個宇宙更像給神印喂食的箱庭了。
如果紅月宇宙的人可以抵抗無限能源的誘惑，神印也不是不能被摧毀，冰凍可以讓它失去活性，高溫則可以破壞一切，隻是在那之前，試圖破壞神印的人可能早被政府和統一教乾掉了。
畢竟神印可以與人產生精神鏈接，沒準就可以讀取彆人腦中的想法，但聯合政府能夠做出屏蔽站，肯定是找到隔絕神印汙染的辦法了。
最大的麻煩是，紅色神印完全摧毀後釋放的衝擊波，會讓電子設備暫時失靈。
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