要知道幽靈族的戰艦體係都是由生物戰艦組成，嚴格說來母巢戰艦就是一個獨立的生命體，隻不過體型龐大了一點而已，所以現在母巢戰艦這種情況基本上隻有一個可能，那就是它生病了。
因此不管它這個病怎麼來的，隻要能搞清楚它生病的原因，大概率可以追根溯源的找到對付整個幽靈族戰艦體係的辦法，或者是哪怕隻找到針對母巢戰艦的病毒也是一個巨大的戰略優勢。
由於母巢戰艦會吞噬進入其中的所有生命體，所以派人登陸戰艦是行不通的了，不過母巢戰艦既然是生命體，那麼也不一定非得從體內來獲取它的身體組織，先從體表組織進行分析也是一種方式。
奧古斯特派出星門飛梭在母巢戰艦的表麵收集了各個部位的組織樣本，但是很可惜，從這些體表組織上並沒有找到什麼異常現象。
眼見在母巢戰艦外部沒有收獲，奧古斯特隻能繼續把目光投向戰艦內部，既然母巢會吞噬生命體，那就派非生命體進去執行任務好了，古人族在這方麵依然有著非常多的手段。
古人族在何歐若拉號上製造了一批智能機器人，然後將他們傳送進了母巢戰艦之內。
這些智能機器人進入戰艦後果然沒有遭遇母巢的絞殺，他們的程序裡都有母巢戰艦的詳細圖紙，於是就按照各自預設的程序前往戰艦的各個部位收集生物組織和下載飛船日誌。
等這些機器人完成任務之後，歐若拉號就將他們進行了回收。
通過讀取這艘母巢戰艦的日誌，奧古斯特終於知道它身上到底發生了什麼事情，原來這艘母巢戰艦真的是感染上了某種不明病毒。
一開始幽靈族並沒有察覺到太多的異常之處，直到戰艦上不斷有幽靈族失蹤才引起了幽靈女王的注意。
幽靈女王懷疑有古人族潛入了戰艦，於是組織了一次全麵排查，結果自然是一無所獲，而且在這個過程中依然持續有人員失蹤。
隱約感覺到不妙的幽靈女王乾脆和母巢戰艦建立了意識連接，這下她才發現了那些失蹤的幽靈族去了哪裡。
原來那些消失的幽靈族都被戰艦給吞噬了，他們要麼突然被拖入牆壁，要麼突然陷入地麵，最後的結果都是屍骨無存。
幽靈女王也因此陷入了迷茫之中，母巢需要吞噬生命體是正常現象，這麼龐大的身軀本來主要也是靠吞噬各類生命體才成長起來的。
但是母巢膨脹到一定程度就會主動停滯下來，現在這個體型是母巢最為合適的形態。
生物型戰艦的建造不同於人類的建造鋼鐵戰艦，雖然母巢的自主意識很弱，但是依然具有生物的本能，它們的體型極限並不由幽靈族決定，而是由母巢本身來決定的。
當母巢戰艦的形態穩定後就不再需要大規模的進食了，隻有在船身受到傷害之後才需要通過大規模的進食來恢複船身。
幽靈女王開始以為是母巢受到了未知襲擊而出現了損傷，但是通過全麵檢測發現並非如此，於是她竟然想到了另外一種可能性，那就是母巢再次發生了進化，否則它根本沒有理由突然開始大規模的進食。
這種念頭一旦升起來就不可遏製的占據了幽靈女王的心神，為了驗證自己的想法，同時也是為了避免繼續損失族人，於是她下令突襲了幾個其他部族的人類牧場，在捕獲了大量的人類之後，就讓自己的母巢戰艦駛向飛馬星係的邊緣。
這個幽靈女王覺得如果自己部族的母巢真的再次開啟了進化之路，那她的母巢戰艦必然會成為幽靈族最為強大存在，甚至自己也會成為所有幽靈族的女王。
但是母巢進化絕非一朝一夕可以完成的，這個過程中甚至有一段虛弱期，而一旦讓其他幽靈部族知道了這個情報，很有可能聯合起來剿滅自己的部族。
所以為了安全起見，這個幽靈女王選擇了前往飛馬星係的邊緣，從而達到避開所有人的耳目的目的，而她之前捕獵的那些人類應該足夠母巢完成這一次進化了。
然而事情的發展卻完全偏離了這個幽靈女王的預料，母巢戰艦在吞噬了大量的人類之後非但沒有開啟進化之路，反而逐漸出現了失控的跡象。
母巢戰艦竟然關閉了所有對外的出口，不論是小型戰艦還是幽靈戰機都無法飛出母巢，而且母巢也不再局限於吞噬人類了，它開始無差彆的吞噬所有生命體，包括那些幽靈戰艦和戰機。
這個時候幽靈女王終於察覺到了不對勁，她也試圖通過和母巢建立意識連接來阻止它的瘋狂行為，可惜母巢戰艦此時已經徹底失控，幽靈女王也影響不了它分毫。
幽靈女王自然不打算坐以待斃，她開始在戰艦係統中翻查母巢戰艦出現第一次異常吞噬之前的日誌，結果還真讓她發現了問題的根源。
原來這個幽靈部族之前發現了一個不在星門網絡之中的擁有智慧生命的星球，這種發現對於幽靈族而言是極為稀缺的資源，因為這意味著他們可以單獨享用這裡的人類牧場，不用擔心其他幽靈部族前來分一杯羹。
這個遊離於星門網絡之外的星球已經發展出了極為燦爛的文明，甚至都進入到了星際文明的時代，可惜他們卻在這個時候遇到幽靈族。
於是一場毀天滅地的災難降臨在這個文明頭上，幽靈族憑借其壓倒性的太空戰艦優勢將這個文明徹底摧毀，他們中的絕大多數人類自然也成了幽靈族的口糧。
但是這個文明畢竟已經跨入了星際文明的行列，在反抗幽靈族入侵的時候甚至都給母巢戰艦造成了一定的損傷。
在戰爭後期，為了能讓母巢戰艦儘快修複，幽靈女王讓母巢直接降落到那個星球的表麵，通過大規模進食來恢複船身。
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