皇太極見劫掠已是足夠，遂揮師向東轉進，進攻宣府鎮萬全左衛，斬殺守備常汝忠，殲滅明軍千餘人，而後從尚方堡出塞，班師回沈陽。
至此，後金第二次入關結束。
此次，後金共劫掠人口二十萬餘，牲畜三十多萬頭，錢財三百萬餘兩，自身損失幾乎不計。
而明軍卻是傷亡三萬多人，山西大同及宣府境內可謂是一片殘破。
就在後金軍在大明境內四處劫掠之時，陝西的陳奇瑜也陷入了剿賊困境。
自崇禎召洪承疇領兵進京勤王後，由於剿賊兵力的不足，包圍流賊的圈子也出現了漏洞。
儘管陳奇瑜一刻不敢停歇的追擊流賊，但奈何流賊的戰術撤退著實厲害，任憑陳奇瑜如何的追擊，流賊總能逃脫掉。
就這樣，陳奇瑜一邊追，流賊一邊逃。
在逃跑的過程中，李自成等流賊會合了闖王高迎祥，人馬再次擴大到二十餘萬人了。
這下，陳奇瑜徹底醒悟了過來。
他連忙停下了追擊，命河南、湖廣、四川、山西四省官軍進入陝西，合剿流賊。
在進剿的過程中，流賊的實力也在逐漸變得強大。
參與進剿的湖廣副總兵楊正芳及部將張士達由於輕兵冒進，在漢中被埋伏的流賊斬殺。
這兩位官軍將領的陣亡，使得進剿的四省官軍變的更加小心翼翼，再也不敢輕兵冒進。
這也給了高迎祥李自成等流賊逃脫的機會。
四省官軍圍剿，高迎祥李自成等流賊就是再自大，也不敢主動去與官軍正麵對陣。
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因此，麵對四省官軍的四麵包圍，高迎祥李自成等流賊不得不再次跑路了。
於是，高迎祥李自成等流賊遂分兵三路，一路往慶陽，一路進湖廣鄖陽，一路進河南。
流賊分散逃跑了，陳奇瑜徹底傻眼。
眼瞅著崇禎規定的剿賊期限已到，陳奇瑜隻好聽天事儘人命，儘著自己最後的職責，將流賊圍剿到底。
也許崇禎是被後金軍入寇的事情耽誤了，限定陳奇瑜剿賊的期限已是過去了十來日，仍不見紫禁城傳來旨意。
陳奇瑜不由的心中慶幸，難道陛下是要我戴罪立功。
可還未等陳奇瑜慶幸多久，八月二十日，崇禎皇帝終於來了旨意。
因陳奇瑜剿賊不力，招撫流賊複又反叛，局勢崩壞，其縱寇、玩寇及欺君三罪實難饒恕。
原本廷議是將陳奇瑜斬首問罪，後崇禎念其剿賊勞苦，便隻奪去五省總督之職，遣戍邊地。
另遊擊將軍唐通、神木道參將劉遷、靖邊道參將夏鎬、榆林衛指揮僉事李耀四人也被奪去官職，押入錦衣衛詔獄，加以審訊是否有通賊之嫌。
至於尤世祿、劉博源等將領，皆留職聽用，戴罪立功。
崇禎在這個時候撤下了陳奇瑜，卻沒有及時安排接任者。
這使得剿賊工作沒有了指揮，各省官軍隻得守住要地。
李自成等流賊也趁此時機，再次在河南、湖廣等地肆虐。
兩省巡撫無奈，求救的奏折如雪花般的飛入紫禁城。
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