正當劉博源在榆林城發展的熱火朝天之時，遠在大明南方的湖廣之地，卻是掀起了一股波濤洶湧的暗潮。
而這股暗潮的源頭，就是被朝廷招降的流賊巨寇張獻忠。
時崇禎十二年初春之際，湖廣巡撫餘應桂上書熊文燦，聲言‘張賊必反’，建議‘可先未發圖之’。
然而，餘應桂的這封書信，卻是被張獻忠的哨騎截獲。
張獻忠在知曉了此事後，立即將書信謄抄，送到了鄖陽巡撫戴東旻處，請求戴東旻轉告於熊文燦。
熊文燦在收到書信之時，正值他兵敗於清軍之手。
為了安撫張獻忠不再造反，保住他五省總理的位置，熊文燦便上疏彈劾餘應桂破壞撫局。
崇禎皇帝收到彈劾奏折後，大怒之下將餘應桂逮捕入獄，隨後又發配遣戍邊地。
也正是此事，使得張獻忠更加的警惕，時刻防備朝廷的圍剿。
時值二月初，清軍北撤出塞之後，楊嗣昌才有精力將目光放在張獻忠的身上。
在三月時，楊嗣昌接到穀城縣令阮之鈿的上書，言明張獻忠在穀城大肆招兵買馬，修戈造器，掠奪富戶錢糧，頗有準備再度起事的可能。
四月間，房縣知縣郝景春也上書楊嗣昌，請求派出兵馬，徹底圍剿招降的小秦王白貴、托天王常國安、事反王楊友賢、關索王光恩等流賊。
兩名知縣的上書，使得楊嗣昌更加堅定了徹底剿滅流賊的決心。
四月下旬，楊嗣昌上奏崇禎皇帝，指出招降的張獻忠、白貴、常國安等流賊必然再度造反。
恰好此時整個九邊之地沒有任何的戰事，崇禎皇帝當即同意了楊嗣昌剿滅流賊的奏疏。
四月底，楊嗣昌與熊文燦在經過一番密謀之後，準備抽調大批軍隊秘密向鄖陽、襄陽地區集中，想以迅雷掩耳之勢殲滅穀城、房縣等地的流賊。
為了實現這個計劃，楊嗣昌與熊文燦一邊派人混進穀城與房縣之地，了解張獻忠與白貴等流賊的兵馬強弱，又一邊檄調入衛京師的甘肅鎮總兵柴時華、寧夏鎮總兵祖大弼及京營勁旅南下湖廣。
但是，柴時華與祖大弼卻以各種借口不肯南下。
楊嗣昌無奈，隻好上奏崇禎皇帝，請求派遣新上任的陝西三邊總督鄭崇儉出師關、洛，向鄖陽、襄陽地區移動。
隨後，楊嗣昌又命四川巡撫傅宗龍統領川兵逼近鄖陽，配合熊文燦麾下的總兵左良玉、張任學、陳洪範、龍在田等部，分路並進，包圍穀城，準備出其不意的偷襲張獻忠。
可就在楊嗣昌等人定下計謀，忙於調兵籌餉之時，張獻忠也早已探到了官軍的舉動。
於是，張獻忠決定先發製人，提前起事造反。
五月初九。
張獻忠率領流賊重新起事，輕而易舉的攻占了穀城，隨後打開倉庫，釋放囚犯。
穀城縣令阮之鈿被逼無奈之下，隻得服毒自殺。
張獻忠在攻占了穀城之後，立即在城內各處街道及牆麵張貼告示，宣布自己的起事，全都是因為熊文燦的逼迫，並公布了熊文燦及其他官員索賄的錢財數量及時間。
張獻忠的這番舉動，就是要徹底的揭露大明官場的腐敗與黑暗，也表明自己的起事是正義之舉。
隨後，張獻忠領兵西進，前往房縣，準備與白貴、常國安等流賊集聚。
而此時的房縣，白貴與常國安等流賊也已經起事，攻占了房縣。
至此，朝廷招撫流賊的局麵徹底破壞，且官軍偷襲流賊的計劃也宣告失敗。
五省總理熊文燦頓感大禍臨頭，立即向崇禎皇帝密疏自辯，但卻遭到了當朝言官的彈劾。