這時黑暗的力量向他發出警告，那時的孤門並不知道莉子和他認識的當天晚上就已經被溝呂木真也殺死並做成了人偶。
並且被賦予了黑暗浮士德的力量，而在之後，莉子一直潛伏在孤門身邊，最終莉子為了保護孤門而為其擋下一擊。
失去了浮士德力量的支持，莉子真正的死去。
孤門悲痛欲絕，後來又被溝呂木真也一步步的拉向黑暗，最終被準哥所阻止。
黑暗梅菲斯特與奈克賽斯經常交戰，雙方實力不相上下。
後來準哥悲傷的回憶和恐懼竟再次被喚起，開始陷入苦戰。
且經過多番的戰鬥下，準哥的身體已破損不堪，加上其隨後被tlt捉拿進行實驗，身體情況更是雪上加霜。
黑暗梅菲斯特派出異生獸“庫土拉”，引誘奈克賽斯到終焉之地決戰。
被奈克賽斯多次營救的夜襲隊也終於對奈克瑟斯認同，更利用鉻金切斯特戰機的終極射線為奈克賽斯注入能量，
此時奈克賽斯燈滅瀕死，僅靠準殘留的意誌支撐起身，完全被梅菲斯特壓製。
奈克賽斯與黑暗梅菲斯特終在火光中雙雙消失。
在光芒之中孤門見到姬矢準，他便預言光會被某人繼承。
準哥消失後，異生獸依然繼續出現，這時藍色的奈克賽斯奧特曼站立於眾人眼前。
戰鬥過後，孤門在附近一帶搜查時，發現一個可疑的少年，於是便跟蹤他。
從傷勢上，孤門可以肯定這少年便是適能者。
孤門道明來意後，與少年千樹憐成為了好友，並承諾會保守秘密。
tlt亦對千樹憐起了疑心，派出p的野野宮瑞生跟蹤憐。
不過瑞生不但跟蹤失敗，還與憐成為了朋友，甚至開始愛上了他。
在孤門和瑞生追查下，發現憐與一個名為「普羅米修斯之子計劃」有關。
在預知者的說明下得知這是一個優質因子嬰兒的培育計劃，憐是從美國逃出來的。
作為「普羅米修斯之子計劃」的失敗作品，憐的身體日漸衰弱，但這次的異生獸卻有展開領域的能力。
使奈克賽斯不能展開「美塔領域」，迫於無奈在現實世界作戰。
梅嘎福拉什及伽魯貝洛斯都被打敗後，「未知之手」隻好利用過去所有異生獸合成最強異生獸依組麥儒。
這時候憐已與準一樣被tlt捉拿實驗到幾近死亡（幸被夜襲隊與吉良澤優所救）亦隻好稍作休整便冒死出戰。
奈克賽斯陷入苦戰，危急關頭下，幸好得到預知者鼓勵，令奈克賽斯再次站起來並打敗依組麥儒。
事後憐已疲倦得倒下，幸好補完藥物「拉斐爾」及時完成，憐才得以續命。
憐之後，下一個便是你想必你也清楚，但就在這時石堀光彥亦露出了真麵目。
想必你清楚他的所作所為而他這麼做的目的是令你心中充滿仇恨。
他把你給引到忘川激怒你讓你變成奈克賽斯時，立即被忘川侵蝕，黑暗紮基因此複活，而且因為你心中充滿仇恨變得更強。
而這時，孤門不顧一切的救下了你，在這個過程當中，他成功的繼承到了奈克瑟斯的力量在經過準哥，憐還有你的事。
使得他心中的那份光之力量達到了頂峰。
他成功的繼承了這份光芒變身成為了諾亞將黑暗紮基給消滅掉了。
而這便是他的事跡，他是一個克服了自己的恐懼，戰勝了自己的黑暗。
且擁有黑暗的力量但沒有陷入到黑暗當中雖然這個過程當中有著一些人為的乾擾。
但不可否認，他的確是變身成為了諾亞。
而且你要知道他的女朋友可是死了的，而她現在卻需要原諒她。
你覺得他心中會沒有黑暗嗎？那是不可能的，但你看他現在除了揍了一頓溝呂木以外。
還做了什麼其他的出格的事嗎？
因為他明白這一切的幕後黑手是黑暗紮基。
是他促成了這一切悲劇的發生。
雖然他也恨著黑暗紮基，想要乾掉黑暗紮基但。
他同樣的心中抱著守護自己所愛的事物和所愛的人的心情來仇恨這黑暗紮基，但你不同。
你心中充滿了負麵情緒也就是報仇的情緒，這就是你無法變成諾亞的關鍵要素。
且你已經深陷其中，就算你改了過來，也無法變身諾亞。
我能說的隻有這麼多。”
說完，林風拍了拍西條凪肩膀走了出去。
西條凪在這一刻，總算明白了自己為什麼沒有這個資格，也總算明白了孤門有這個資格。
知道自己無法親手報仇了，但自己的仇人還是會消失後。
他釋然了決定為人類的未來而戰，為了對抗異生獸西條凪跟著林風走了，出去準備進行訓練去了，為之後的危機做準備。
而在一處黑暗空間內，黑暗紮基看著麵前融合著地球上動物的異生獸細胞。笑得無比的張狂且邪惡。
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