遼東屯糧自給率持續下降，朝廷隻能以“民運”“開中”等方式向遼東輸入糧食。
然而關內至遼東路途遙遠且交通不便，運送糧食損耗較大，且民運之地的糧食產量有限，遼東糧餉缺口隻增不減。
於是隆慶年間，遼東督撫梁夢龍等地方官員以開墾荒地、減免賦稅的方式增加了糧食收入，一定程度上緩解了田少米貴、軍民逃亡等問題。
萬曆初期，巡撫張學顏、總兵李成梁等遼東軍政要員陸續嶄露頭角，糧餉不濟、士馬不足、將懦兵弱等弊政也都有逐漸得以改善。
萬曆二十年之前，遼東的農業生產逐漸恢複，大大減少了對外地運糧的需求。
隻是遼東雖然有所恢複，但發展能力依舊有限。
遼東甜水站至鴨綠江一帶山穀地曠土沃，為避役軍民聚集之所，農業生產規模得以迅速擴大。
然而，山海關以東至錦義一帶“逼近虜穴”，田畝荒蕪。
即便無種，僅有半數土地可供開墾，餘者“崗嶺包薄”不宜耕作，且旱澇災害頻發。
遼陽以北的蒲河、開原、鐵嶺一帶，軍事衝突不斷，軍民皆不敢種。
遼東僅金、複、海、蓋四衛之地，利用無遺。
麵對境內大量熟田被拋荒的境況，遼東都司一方麵加大對現有兵卒的盤剝，一方麵依靠中央補給恢複生產能力。
即便如此，遼東河西一帶災害頻發，本地糧餉短缺，邊軍饑困等現象仍比較突出。
在這樣的情況之下，未有突發事件，遼東依靠朝廷賑濟資源僅能支撐各項事務的基本運轉。
然而隨著萬曆二十年，壬辰戰爭的爆發，遼東地區與朝鮮物資交換規模急劇增長，邊境自由交易向官營市場轉化。
這一情況加劇了遼東政治的黑暗與官僚腐敗的加深。
萬曆後期，由於武官豪族兼並土地、繁重的賦稅與差役、頻發的自然災害等因素使遼東軍民生活境況進一步惡化。
遼東自然災害頻發，撫賞、邊備費用日增，糧料物資短缺，使軍民常生活在破產邊緣，逃民逃軍與日俱增。
而此時女真貴族不斷吸納逃亡的漢族人口，並與蒙古等部結為聯盟，滿族共同體逐漸形成並趁勢壯大。
女真在對朝鮮貿易中主動權日益提升，遼東地區大明與朝鮮貿易也逐步被女真掌控。
這就為女真人滲透大明官員提供了極大的便利。
同時由於大明朝廷經濟持續惡化，導致遼東士兵的軍餉無法及時發放。
萬曆四十四年1616年）九月，兵科給事中趙興邦上奏：九邊糧餉缺口巨大，薊密、永昌缺八十萬；遼東缺四十萬；狹西三邊缺七十七萬；宣大、山西缺九十一萬。
同年十月，宣府巡撫汪道亨上奏稱：該地缺糧已達四五月之久，導致軍士們被迫賣弓箭衣服或質押妻兒以維持生計，募兵大量逃散。同時，奸人勾引逃亡到建虜所在地，加上地震連旬、訛言繁興，土著之民欲移家關內，還有人密謀悖逆，形勢危急。又有薊鎮傳報夷婦滿旦因挾賞未遂糾合諸虜謀犯薊門。
同月，萬曆皇帝決定從以故孝定皇太後積儲中拿出三十萬兩銀，令戶部和兵部商議借八十萬兩，迅速送往宣鎮，以體現皇帝的憫恤。並要求閣臣將解決軍餉問題的經久長遠之計傳達給兩部商議執行，不得借口請撥軍餉誤邊事。
由此可見，對於邊地缺餉導致的投敵問題其實存在以久。
而大明君臣對此也並非一無所知。
撫順之戰後，撫臣李維翰和督臣汪可受都是在第一時間，請求撥發軍餉。
其奏報中稱：狡猾的敵虜設計攻陷邊城，要求地方官相機處置防剿事宜，緊急給發軍餉，對於調發應援之事讓兵部商議上奏。