與此同時，位於宇宙要塞的暗黑星上，京刺客正在謁見暗黑星的最高首領，並一同看到了由迪曼雙姝傳送來的4706臨死前的影像。
於是京刺客主動請纓，接下了消滅傳說中的阿尼拉人的任務。
然而此時，地球上的人們並不知道，迪曼軍團這一緊鑼密鼓的侵略安排，他們全都陷入了脫離地球滅頂之災後的一片歡天喜地之中。
小光、敏敏、阿離和小博更是成為了同學們眼中的救世大英雄，受到了無上的禮遇，甚至馬麗老師在他們麵前都成了小粉絲。
對此，作為知情者的苗條俊並沒有多說什麼！
雖然後續還有一場硬仗要打，但已經與地球人的大多數人沒有關係了！
小光和小博被捧上了天，不禁有些飄飄然，好在阿離還保持著理智，仍未忘記在4706臨終前“要找出精神控製所有迪曼人的幕後主使”的承諾。
可是在這宇宙茫茫之中，他們又要怎樣去找尋這個幕後主使呢？
正在眾人犯愁的時候，愛莉、雪諾和凱洛不期而至。
原來在過去的一段時間內，他們發揮了自己擅長間諜活動的特點，潛入了迪曼軍團前線基地的數據庫，發現了那個罪魁禍首的名字—傑羅。
他不僅是史上第一個迪曼人，更是一直存活了數十萬年，坐鎮在迪曼軍團的總部暗黑星，始終作為迪曼軍團的最高權力者，權傾天下。
同時，他的生命力、智慧和戰鬥能力都是宇宙中最強的，是令人難以置信的迪曼人終極最強集合體。
可就在愛莉等人想要繼續深入了解傑羅的資料時，他卻主動以迪曼全息影像的形式現身了，並向小光等人下達了毀滅地球的宣戰書！
而運用暗黑動力原理製成的終極毀滅兵器—迪曼爆破，此刻也已經接近完工。
此刻，地球保衛大戰一觸即發。
而此刻的萌學園這邊，也同樣不平靜！
按耐已久的司徒長老終於動手了，黑磁石再一次回到了暗黑大帝的手中！
重新得到黑磁石的暗黑大帝力量大增，一直囚禁他的五星封印，也因此有了一絲鬆動！
而更糟糕的是智之星，也在此時隕落了。
雖然智之星隕落並不代表謎亞星的死亡，但這對如今的萌學園而言仍是一個不小的打擊！
而且謎亞星的失蹤，也代表著原本不全的萌騎士又少了一員大將！
還有萌學園裡竟出現了怪獸，還神秘人士頻繁出現在萌學園，他又會是誰呢？
難道是暗黑大帝的爪牙出現了？那他的出現又是否會讓萌學園再次陷入危機呢？
神秘的暗黑x檔案意外被哈利波波發現，隨著它流入到同學的手中，又會發生什麼不好的事情呢？
與此同時，消失已久的肯豆基長老再次回到了萌學園，烏克娜娜也得以與爺爺再次團聚。
隻是伴隨著暗黑x檔案一同出現的輪回血石，失去了暗黑x檔案的遮掩後，一直在向外釋放著邪惡力量，它又會在萌學園裡造成什麼影響呢？
不過位於下水道封印中的暗黑大帝，顯然已經察覺到了輪回血石的出現，並派出自己的手下意圖奪回輪回血石！
還有魔法預言書再次預言，下一任的智之星即將出現，那麼下一任的智之星又會是誰？
不久之後，萌學園裡來了一名來自人類世界的甜心女巫，這件事在萌學園裡引起了不小的騷動！
而恰巧此時暗黑x檔案又被打開了，難道kiki老師也是暗黑大帝身邊的人嗎？
由於沒有太多人注意到輪回血石的存在，它很快就回到了暗黑大帝的手裡！
與此同時，誇克族大長老竟宣布卸任，在請帕主任轉交一個救命錦囊給萌騎士後,便帶著暗黑x檔案消失不見了！
與此同時，一次意外讓眾人發現，木蘭花花的傳家寶竟然就是海地司！
不久之後，魔法預言書竟告知眾人智之星誕生，難道是謎亞星回來了嗎？
不過令人失望的是，謎亞星並沒有回來，而是哈利波波成為了新一任的智之星！
暗黑大帝在感應到海地司的出現後，立即派出暗黑軍團進入萌學園掠奪海地司!
為了不讓暗黑軍團的目的達成，熇炎毅然帶著海地司進入了反嗜鏡。
失去了海地司後，暗黑大帝又是否能順利複活?
雖然海地司已被熇炎帶入反噬鏡，但是暗黑軍團仍在萌學園肆虐，且外援遲遲未到！
帕主任察覺情況不妙，立即前往電話亭查看援兵何時到來，卻發現電話亭已被毒藤蔓鎖死！
幸好哈利波波及時修複了電話亭，令歐斯長老等人得以返回萌學園！
最後合眾人之力，再次封印了地下水道，取得了這次戰爭的勝利。
可是力量強大的海地司在進入反噬鏡後，卻破壞了時空封印的部分結界，不慎開啟了時空裂縫！
時空裂縫中竄出的暗黑氣息，連帶著影響到了日月潮汐，難道誇克族即將滅亡了嗎！
一時間萌學園人心惶惶，學生們開始紛紛出走！
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就連烏克娜娜，也在此時消失了！
麵對如此危局，長老會新派任的校長又要如何重振萌學園，又能否追查出隱藏在反噬鏡裡的秘密呢？
與此同時，身陷反噬鏡的謎亞星，身上的智之星圖騰，也詭異地變為了紅色！
無數解不開的種種謎團，以及麵對步步逼近的暗黑勢力，萌騎士們又能否順利進入反噬鏡，取得這一切的真相呢？
進入反噬鏡時所產生的強大力量，直接把哈利波波給衝散了！
艾瑞克和謎亞星在時空裂縫中，竟然遇到了熇炎老師，他們又能否順利重返萌學園？
與此同時，艾瑞克的幻之星圖騰也變成紅色，這又和時空裂縫有無關聯呢？
南萌轉學生艾格妮絲又是敵是友，新來的無言護理士對萌學園，又會造成怎麼樣的危機呢？
苗條俊知道萌學園在短時間內還會有不少風波，為了儘快讓暗黑大帝複活，他直接讓長老會派他擔任了新一屆的萌學園校長！
而此時，那位名為郭敬的有誌青年，他闖蕩江湖武林的故事仍在繼續！
被邪教追著的令狐聰和任瑩瑩,一下子就被認出了身份！
在知道任瑩瑩是任撼天的女兒後,一眾邪教徒便擺出陣式,想要把任瑩瑩與令狐聰困在中間！
眼見形勢不妙，任瑩瑩抽出環繞腰上的長鞭,揮打攻擊邪教手下！
而就在令狐聰一掌擊退一人的同時,其中一人的熒光棍也打中了令狐聰的手！
令狐聰痛得手上的長棍落地,東方邪教護法趁機揮掌,要打向令狐聰！
任瑩瑩見狀，急忙閃身上前,替令狐聰擋下！
而她的肩膀也被打中一掌,頓時身受重傷！
在她跌倒前,令狐聰也打退攻擊自己的人！