從終結穀開始流浪忍界！
小南完成複仇殺掉這名上忍，但這名上忍的死亡，在依舊有條不紊進行著的第二次忍界大戰中，卻絲毫不起波瀾。
在這樣殘酷的戰爭中，如這般死去的人太多太多。
又是幾年時間，第二次忍界大戰已經進入尾聲，無數的人物在這場戰爭中聲名鵲起。
木葉三忍，在那場和半藏的戰鬥之後，三人並沒有氣餒，而是不斷成長，幾年時間過後，三人已經距離自己的巔峰狀態越來越近，每一個人都認為是不小於五影級彆的高手。
自來也和大蛇丸在正麵戰場上光芒越發璀璨，已經成為木葉忍者部隊的一方領袖，直接指揮大量忍者，萬人之上。
綱手因為加藤斷和千手繩樹的死亡，不能再上前線進行直接戰鬥，但是坐鎮後方的綱手，同樣不可小覷，她掌控著支撐木葉村這個戰爭機器的醫療體係，並且和砂忍村的戰爭中，做出了千代所有毒的解毒劑。
木葉白牙旗木朔茂，在這場戰爭中，這顆白色的獠牙真正綻放出屬於自己的光芒，出手沒有一次失手，殺死過無數的砂忍村高手，是整個戰場的焦點。
砂忍村因為旗木朔茂，甚至專門頒布了一條遇見木葉白牙（旗木朔茂）可以放棄任務的命令。
但是砂忍村，也不可小覷。
三代風影，擅長磁遁砂鐵，被譽為是砂忍村曆史上最強的風影。
再加上兩位頂級傀儡師，千代顧問和海老藏顧問的全力出手，砂忍村和木葉村打了多年戰爭仍然不落下風。
戰場，是最磨煉人的地方，新生代同樣有著奪目的表現。
波風水門，目前在戰爭中已經能夠力敵上忍，接連打破認知，完成了多個被認為不可能完成的任務，被公認是天才一般的人物，甚至在戰爭之前，波風水門就有過力敵雲忍村多名精英忍者的戰績（玖辛奈追捕戰）
也正是因為在戰場上的優異表現，波風水門被三忍中的自來也收為親傳弟子，傾囊所授。
藥師野乃宇，在忍者學校畢業後，這名日後被稱為雲遊巫女的根部精英並沒有加入根部，而是直接投入了綱手的麾下，正值綱手患了恐血症，藥師野乃宇便主動請求成為綱手的助手。
綱手同意了，收藥師野乃宇為自己的親傳弟子，自知恐血症很難痊愈的綱手將所學的醫療忍術毫無保留地教給藥師野乃宇，隻期望藥師野乃宇能夠代替自己成為木葉醫療部未來的支柱。
幾年時間過後，藥師野乃宇已經成為木葉醫療體係的二把手，日常生活隻有兩件事，對木葉的醫療資源進行各種調度，以及照顧一個名叫加藤靜音的小女孩。
此外，宇智波一族少族長宇智波富嶽，日向一族雙子兄弟日向日足和日向日差，新一代豬鹿蝶奈良鹿久、秋道丁座和山中亥一，也都在戰場上發出耀眼的光芒。
無獨有偶，砂忍村也有幾個耀眼的天才。
掌握磁遁·砂金的少年羅砂，表現出了不遜色於波風水門的潛力，他比波風水門要大幾歲，如今的羅砂，已經能夠輕鬆應對多名上忍。
掌握砂遁的少女加硫羅，以及掌握灼遁的少女葉倉，同樣天賦驚人，小小年紀便已經能夠和上忍相抗衡。
戰爭繼續進行，重要的轉機往往就在刹那間到來。
這天，木葉白牙旗木朔茂斬殺了一對實力強大的傀儡師夫妻，他們是砂忍村傀儡部隊的副隊長，身份僅次於千代、海老藏和三代風影，他們也是千代的兒子，夫妻孕有一個少年，名叫蠍。
世界上經曆雙親喪失之痛的早熟孤兒再多一個，千代也徹底暴怒，放出多種未曾使用過的毒素，放出一尾人柱力分福和尚，放出數不儘的傀儡底牌，向木葉村展開瘋狂反撲，在瘋狂的攻勢下，哪怕木葉村有大蛇丸、自來也、旗木朔茂三名大將的領導，也隻能連連後退。
曆史傳承悠久的木葉建村家族——千手一族，秉承初代火影和二代火影的精神，由綱手父母作為領頭人，主動帶頭衝鋒，和整個砂忍村進行碰撞。
千手不敵，向村內求援。
三代火影猿飛日斬和根部首領誌村團藏經過了一番激烈的討論。
團藏思索再三後，認為千手一族的時代已經過去，所謂的家族應該成為曆史，不管是宇智波一族也好，還是千手一族也好，隻要仍然抱著腐朽的家族觀念，就應該讓其毀滅。
誌村團藏說服了猿飛日斬，最終木葉村，還是沒有派出更多忍者。
樹的枝乾越是向上，根部就越是深藏黑暗，有些事情，就是這樣。
一鼓作氣，再而衰，三而竭，被砂忍村強力衝擊後，木葉村部隊損失像滾雪球一樣越來越大，最終一場大戰，三代風影爆發禁術，使用出覆蓋整個戰場的砂鐵時界，一時之間，戰場宛若煉獄。
木葉村徹底不敵，此戰過後，千手一族損失慘重，綱手父母陣亡，無數千手忍者葬身異國他鄉。
千手一族，徹底淪為時代的配角，和幾年前剛剛被滅的漩渦一族一樣。
坐鎮木葉後方的綱手得知這個消息後憤怒不已，一氣之下罷工，帶著藥師野乃宇離開木葉，木葉的醫療體係幾乎癱瘓。
同時，作為木葉村最高戰力的漩渦水戶也拒絕再任何包括封印結界維護和參戰在內的援助，她所在的漩渦一族當初因為木葉村沒有伸出援手被滅，但是她沒有想到，猿飛日斬竟對千手一族也是如此狠心
氣急攻心，漩渦水戶病重在床，隻有漩渦一族幸存的名為漩渦玖辛奈的小女孩在漩渦水戶身旁陪伴著，綱手聽到消息後也立刻趕回木葉的千手族地內，守在漩渦水戶身旁。
正麵戰場上砂忍火力全開，尾獸玉和大型忍術不斷轟炸，木葉村節節敗退。
後備戰場上醫療體係癱瘓，偌大的醫療體係，沒有一個人再來指揮。
木葉忍村內九尾隨時可能破封而出，整個村子籠罩在一層危機的迷霧之下。
木葉村內憂外患，以三代火影猿飛日斬為代表的求和派意見占據上風，最終對砂忍村割地賠款簽訂停戰協議，第二次忍界大戰即將落下帷幕。
此時的木葉村內。
一個身穿黑白雙色長袍的身影帶著一個頭上帶著紫花的小女孩。
悄然出現。