隨著四代火影的犧牲，木葉村再次陷入了無火影的狀態。在這個關鍵時刻，日向日足和奈良鹿久等人提出了由下一代人擔任五代火影的建議。然而，轉侵小春卻堅決反對，認為戰爭尚未結束，目前木葉存在的年輕一輩的人員並不具備擔任火影的能力。
這時，團藏試圖自薦成為火影，但日斬搶先一步表示，在緊急時期，他願意再次擔任火影之職。團藏對此表示不滿，但轉侵小春直接回懟了他，使他無法再說話。同時，團藏對三代的憤怒也達到了極點。
三戰並未真正結束，目前木葉隻和砂忍有和平條約，岩隱和木葉的小規模戰爭尚未繼續。在水門在位時，木葉在戰場上逐漸展現出了巨大優勢，使土之國已經無力再戰，隻能搞些小動作。隨著水門離世的消息傳出，土之國更是蠢蠢欲動。猿飛日斬認識到持續的衝突隻會帶來更多的傷亡和破壞，因此他決定放棄戰爭勝利的賠款，並尋求和平解決戰爭的可能性。他打算向土之國展現木葉的誠意和決心，為雙方的和談創造條件。
當帶土來到雨之國時，他假冒了宇智波斑的身份，並試圖說服長門加入他的計劃。帶土以斑的身份出現，在長門麵前展現了他強大的力量和對世界的獨特理解，希望借此吸引長門。
然而，長門對帶土的說法感到荒唐。他有自己的好友彌彥，兩人共同經曆了許多困難，建立了深厚的友誼。彌彥的善良、堅韌和感染力深深地影響了長門，使他始終堅守自己的信念和道路。
麵對帶土的誘惑，長門堅定地拒絕了。他不僅對帶土的說法表示懷疑，甚至對帶土的身份和目的產生了警惕。長門清楚地知道，他與彌彥的友誼和共同經曆是他人生中最寶貴的東西，他不願意為了任何利益而背叛這份情誼。
在這個過程中，彌彥的感染力發揮了重要作用。他的存在和信念成為了長門堅守自我的力量源泉。而帶土也被彌彥的感染力驚訝，甚至一度懷疑自己的一切是錯誤的。
然而，團藏並不喜歡猿飛的和平方針，他打算破壞這次和談。於是，他來到雨之國襲擊雙方和談使者，並殺害雨之國的村民嫁禍給土之國。這時，他遇到了曉組織和輪回眼，打算消除這個未來可能的隱患。
在雨之國的一個角落，彌彥、長門和小南三人組被團藏和半藏逼入絕境。他們奮力抵抗，但麵對強大的敵人，他們的處境岌岌可危。就在這關鍵時刻，麵具男出現並阻攔了曉組織的增援，將增援部隊全部殺害。最終，彌彥在激戰中英勇犧牲，長門為了保護小南和擊退敵人，召喚出了存在月球的魔像的另一部分。這股強大的力量擊退了團藏和半藏的聯合軍，為兩人爭取了一線生機。
在禰彥犧牲後，曉組織獲得了新生。長門深刻地認識到，沒有經曆過痛苦的人是無法真正體會到和平的價值的。他認為，大國往往無法理解小國對和平的渴望和心聲，因為大國通常沒有經曆過小國所經曆的苦難和困境。
為了紀念禰彥和實現他們的共同理想，長門采取了極端的手段，使用禰彥的身體製造出了天道佩恩。他希望讓禰彥永遠成為曉組織的首領，引領著組織繼續前行。同時，長門還以彌彥曾經的願望自稱為神。
為了實現他的目標，長門和帶土展開了合作。長門計劃拿到所有的尾獸，並製造出強大的兵器，讓所有人都在足以毀滅一切的力量下屈服。長門認為，隻有通過這種方式，才能真正實現世界的和平與穩定，而計劃時間還有問題帶土也沒有和長門現在就爭論尾獸的用處，他像斑一樣將長門視作自己的棋子。
因為封印魔像的另一部分再次丟失，月球上的羽村後人——大筒木分家，因為魔像的丟失而陷入了爭鬥中。他們互相指責，摩擦不斷升級。原本就存在的裂痕更加嚴重，甚至可能引發一場新的內戰。這場危機讓整個大筒木家族都陷入了前所未有的困境。
九尾之亂給木葉村帶來了沉重的打擊，無數的生命在這場災難中逝去，而戰爭也尚未平息，三代火影猿飛日斬在痛定思痛之後，做出了一個艱難的決定——隱瞞鳴人的身份，將其暫時寄養在家中，對外並沒有透露鳴人是水門夫婦的孩子。
這個決定對於猿飛日斬來說並不容易，他深知這樣做可能會給鳴人帶來不公平的待遇和誤解。然而，他考慮到這時村子的局勢和民眾的情緒，認為公開鳴人的身份可能會引發更大的混亂和不安。因此，他選擇了隱瞞真相，以保護鳴人和村子的穩定。
在鳴人被寄養在家中後，猿飛日斬找到了他的兒媳，也就是未來木葉丸的母親——綠菜，請求她暫時照顧鳴人。綠菜和新之助夫婦兩人是火影的直屬暗部精英忍者，她深知這個任務的艱巨性和重要性，但毅然決然地答應了下來。
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