森林中棲息著各種各樣的精靈，天水將這些精靈放了出來，交給水戶訓練，這既是對她指揮能力的鍛煉，也是提升精靈實力的絕佳機會。
三天時間悄然而過，天水和水戶的精靈已經發生了驚人的變化。皮卡丘因為缺少雷電石，依舊維持原樣，但其他精靈已經進化得麵目全非。
鐵殼昆進化成了凶猛的大針蜂；妙蛙種子蛻變成了穩重的妙蛙草；傑尼龜進化為強悍的卡咪龜；火恐龍則完成了進化，成為了威風凜凜的噴火龍。
最引人注目的是波波，它在短短三天內接連進化成了比比鳥和比雕，展現了驚人的成長速度。所有這些進化，離不開天水從係統商城中購買的能量方塊，無限製供應的效果。
不止如此，天水和水戶還在森林中找到了新夥伴——神秘的凱西和靈動的伊布。凱西原本不屬於這片森林，但它意外地使用瞬間移動來到這裡，恰好落入天水的視線中，天水毫不猶豫地將它收服。
而伊布的收服過程更為獨特，這隻伊布領地意識極強，起初頻繁地對天水他們的精靈發起挑釁，結果卻成為了他們提升經驗的對象。最終，伊布被天水的精靈打敗，索性在嘗到能量方塊的美味後，心甘情願地賴在天水身邊不走，水戶順水推舟地將它收服。
隨著新夥伴的加入，天水的隊伍變得更加龐大而強大，噴火龍作為第二隻進化到最終形態的精靈（第一隻是大針蜂），自然成為了隊伍的領袖，它不僅肩負起了協調精靈間關係的責任，更是在磨礪中逐漸展現出精靈老大哥的風範。
天水的心神忽然一動，感知到目標的出現，他立即站起身來，對水戶說道“我要等的目標出現了，你在這等我一下，我一會兒就回來，然後我們繼續旅行。”
水戶溫柔地叮囑“天水，一路小心，注意安全。”
天水微微一笑，給她一個放心的眼神，隨後發動飛雷神之陣，化作一縷黑影消失在夜幕中。
他來到常磐市，使用變身術將自己偽裝成一個毫不起眼的路人，順著琴裡心眼的感知，一路跟隨阪木的蹤跡，最終來到常磐市地下火箭隊的秘密基地。天水悄無聲息地潛入基地，正巧遇到火箭隊成員向阪木彙報情況。
但天水並無興趣聽取這些瑣事，他徑直潛入基地的倉庫，發現了大量進化石和其他稀有物資，毫不客氣地將它們統統收進個人空間，連一絲一毫都不願留下。
完成搜刮後，天水回到彙報的地方，正聽見阪木對手下的火箭隊成員大發雷霆“一群廢物，查了這麼久居然一無所獲！難道那個新人訓練家還能憑空出現不成？”
火箭隊成員們戰戰兢兢，大氣都不敢喘。阪木氣得懷中的貓老大縮成了一團。
然而，阪木的怒氣消散得很快，他揮了揮手，淡淡說道“算了，那個新人訓練家不用再繼續調查了，把他交給聯盟的調查員去頭疼吧。將常磐市的火箭隊分部轉移，避免被聯盟盯上。”
阪木的話讓火箭隊成員們如釋重負，他們紛紛離去，阪木獨自一人坐在椅子上，撫摸著貓老大，陷入了沉思。
天水覺得時機已到，決定對阪木展開行動。忽然間，貓老大發出低沉的警告聲，豎起毛發緊盯著天水的方向。阪木順著貓老大的目光看去，隻見天水從陰影中緩緩現身。
“你是誰？為何來此？”阪木依舊鎮定自若，目光冷靜如冰。
天水微微一笑，語氣中帶著幾分挑釁“在我回答你之前，你是否能告訴我，你到底是常磐道館的館主？還是火箭隊的幕後老大？”
阪木聞言一笑，迅速反應過來“常磐道館是你拆的，對不對？”
天水心中對阪木的敏銳思維感到佩服，但依舊淡定道“不愧是阪木，能這麼快猜出我的身份。”
阪木點點頭，不再兜圈子，直截了當地問道“你來找我，有什麼目的？”
天水看著阪木，意識到自己正不知不覺中被阪木牽著走。他決定不再繼續無意義的對話，於是果斷發動幻術，令阪木陷入沉睡。
“人造精靈實驗在哪裡進行的？現在已經進行到哪一步了？”天水的聲音低沉而充滿威懾。
阪木在幻術的控製下，機械地回答“人造精靈實驗在常磐市東南方向的一座小島上，實驗已經有了初步成果，但仍需觀察。”
天水得到了自己想要的答案，便施展幻術，抹去阪木和貓老大對這段記憶的印象。隨後，他再次發動飛雷神之陣，悄然離去。
在常磐市的大街上，天水打開了精靈寶可夢世界的地圖，確認好方向後，再次發動飛雷神之陣，直奔超夢所在的小島。
與此同時，在海上的某個不知名小島上，火箭隊的秘密基地正進行著緊張的實驗。幾名科學家在火箭隊成員的嚴密保護下，忙碌地籌備著實驗。玻璃容器中，身形修長的白色精靈靜靜地懸浮著，那正是天水期盼已久，想要捕捉的精靈——超夢。
此時的超夢處於半夢半醒的狀態，能感受到外界的一切，卻無法完全清醒。它的夢境中，總有一個粉色的身影在眼前一閃而過，超夢竭儘全力想要抓住它，卻每次都撲了個空。
“報告，實驗品出現精神異常波動。”一名年輕的實驗員緊張地彙報道。
“這是本月第六次出現這種情況了，最近頻率越來越高。”另一名中年科學家憂心忡忡地說道。
白發蒼蒼的實驗負責人目光銳利，沉聲道“清除實驗品的記憶，這是避免問題重現的唯一辦法。現在，準備開始。”
在火箭隊基地中，清除超夢記憶的操作即將開始，而天水也正快速接近這座小島……
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