魏允貞，字懋忠，號見泉，大名府南樂縣人，進士，與其弟允中、允孚並稱“南樂三魏”，曆任許州判官、右通政、右僉都禦史、山西巡撫、兵部右侍郎等職。
魏允貞，中進士，授職荊州推官，大學士張居正回家安葬，群吏爭先恐後趕去，隻有魏允貞一個人沒有去，而且還鞭打想要勸說他去吊唁的仆人。
魏允貞因為功績卓越被升為禦史，吏部尚書梁夢龍被罷官後，魏允貞上書“吏部的官職很重要，過去任命吏部官員，都在會同推薦選任之前，所以有關官吏都受到當政之人和司禮中官的影響，任用了一些不適合的官員。”皇帝接受了他的意見，特地任用清明的官員，朝廷內外感到信服。
魏允貞上疏陳明有關時弊的四事“自從張居正竊取權柄，吏、兵二部升遷、授職須先報告他，所以任用的都是與張居正有私交的人。陛下應當與輔臣好好考察吏、兵兩部的負責人，讓他們有自己管轄的事宜。使輔臣不要侵犯部臣的權力而謀取私利，部臣也不能乘輔臣的空隙自行其私，這樣官風自會整肅。此外，自從與俺答互市以後，邊備鬆弛。三軍的月餉，克扣一半以充市場賞賜，又克扣另一半給達官要人，士兵沒有隔夜的糧食，怎麼能抵禦邊寇呢？來自遼東的戰功，更是到了令人驚異的程度。軍隊的聲譽日益振奮，而人口天天比過去有所減少。奏報失實，升遷出格，賞罰無章，何以能衛國？”奏疏上傳後，皇上采納了魏允貞的意見並把它下發到都察院。
張居正擔任首輔時期，對其子有私心，其他輔臣呂調陽兒子呂興周，張四維兒子張泰征、張甲征，申行時兒子申用懋，都相繼舉進士。甲征、用懋即將廷試，魏允貞的上疏剛好送上，張四維大怒，說“臣在政府做事，沒有什麼不應當聽說的。因為前人行私，就不讓臣過問吏、兵二部事，這不是製度。”因而為他兒子辯誣，而且乞求告老回鄉。申時行也上疏爭辯，皇上一同安慰挽留，責備魏允貞言詞過當，戶部員外郎李三才上奏認為魏允貞是對的，他倆一同被貶官調出京城。魏允貞得到許州判官，給事中、禦史周邦傑、趙卿等上疏申說救助，皇上一概不予接納。魏允貞雖然被貶，但從此輔臣當權時，其子沒有再登進士的，過了很久，逐級升到右通政使。
魏允貞以右僉都禦史巡撫山西。因為山西地瘠民貧，力主裁減幕府的每歲上供和州縣的冗費，用這樣節約的萬餘銀錢修治亭障，修建烽火台，購置器具、馬匹以換取糧食。又上奏請求免除平陽站每歲的定額銀八萬，用山西省郵傳節餘的費用來補充，雁門、平定軍因為逃避屯田糧稅而逃跑，魏允貞上奏免除兩軍的地租，下令恢複開墾。岢嵐互市，省撫賞給銀錢六萬。汾州有兩個郡王，管理人員與軍民雜處，知州職位太低不能製服，魏允貞奏請改為府。自從互市後，邊政廢弛，魏允貞看到了要害，修築邊牆萬餘丈，聲名大振，皇上數次嘉獎他的才能。
下詔讓宦官張忠在山西采礦，魏允貞上疏極力主張不可，皇上沒有答複他。不久，西河王知燧請求開鑿解州、安邑、絳縣的礦產，以儀賓督促有關事宜，指揮王守信請求開鑿平定、稷山各礦山，皇帝都批複同意。魏允貞恐怕老百姓受到更多的乾擾，請求命令讓張忠一個人管理，皇上也不同意。
三殿受災，皇上下詔懇求大臣講實話，魏允貞認為過錯在於輔臣，曆數趙誌皋、張位的罪行。並且說“這二個人在二月加了恩寵，過了一個月兩宮發生災亂。今年又加恩，三殿又受災，天意啊！”張位極力為自己辯解，請求罷官。皇上安慰，予以挽留，責備魏允貞是邊臣不當議論朝政，因為屢被推舉不被任用，遂放肆亂言，被停發俸祿五個月。不久，魏允貞上疏推舉被人忽視的賢明人士，請召回王家屏、陳有年、沈鯉、李世達、王汝訓和小官史孟麟、張棟、萬國欽、馬經綸、顧憲成、趙南星、鄒元標等，上疏被留在禁中，過了很久，他才按程序提拔為右副都禦史。
魏允貞上疏陳明時政的過失“從地方考察選取的各位臣僚，幾經論辯、推薦，皇上還是沒有輕意地授予一官。魯坤、馬堂、高淮、孫朝之輩，沒有做什麼事，更沒有推舉什麼人，但皇上讓他們擁有權力橫行朝中。生殺予奪，全由他們一句話。朝廷大臣所陳明的都是國家大計，一切擱置閣中，不予實行，更有甚者被嚴加責備。那些監稅之徒，都是無賴小人，為老百姓所不齒，卻早晨上奏，晚上得到批複，如聲音與回音一樣相隨。我百思不得其解。小官吏下鄉，民間仍被乾擾，更何況官役四出，如虎若狼，老百姓傾家蕩產、家破人亡。如吳寶秀、華鈺等人，慘到極點，可陛下沒有一點念及到他們。錢糧的出入，上下拖延，還有很多弊病。這些人大權在握，動輒數萬。有關官吏不敢過問，撫按也不敢上報。難道沒有吸民脂民膏而自己發財的嗎？可陛下也沒有一點察覺。黃金取於雲南，不滿足不停止索取。珍珠取自大海，不弄完不停止。錦緞取於蘇杭，不到極端奇巧不停止。元老聽任他們閒置，而正直的大臣幾乎全被永遠禁止參予朝政，陛下愛賢明的人士，還不如愛珠玉錦緞。”上疏奏上，然而皇上沒有理會。
張忠因開礦到山西，後來孫朝也來收稅，責備、哀求的呼聲來自四方，魏允貞每次予以裁定、抑製。恰好張忠打死太平典史武三傑，孫朝的使者逼死建雄縣丞李逢春，魏允貞上疏揭露他們的罪行，孫朝發怒，彈劾魏允貞違抗命令、肆意阻撓。皇上將魏允貞的奏疏留下，而把孫朝的奏疏下到部院，吏部尚書李戴、都禦史溫純等極力稱讚魏允貞的賢明，請求將魏允貞的奏疏下到部院進行評議，皇上把他們的意見都留下了。山西軍民數千人怕魏允貞離去，相繼到京城喊冤，兩京的禦史也連連上奏救援，皇上於是將兩個人都不問罪。張忠因為夏縣知縣袁應春對他不禮貌，彈劾，並要求貶他的官，魏允貞請求留任袁應春，皇上不答應。
魏允貞的父親年已九十多，魏允貞年年乞求侍養，奏章上了二十回，朝廷大臣認為皇上特使為害百姓，不是魏允貞不能製服，所以留任了他。魏允貞的要求更堅決，才允許他返回家鄉，官吏、百姓為他立祠。不久，朝廷的視察人員上奏魏允貞守邊疆的功勞，在家提升為兵部右侍郎，很快他就去世了，追封諡號為介肅。
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