裴仁基，字德本，蒲州河東縣人，隋朝時期將領，北周驃騎大將軍裴伯鳳之孫，上儀同三司裴定之子。驍勇善戰，善於騎射，開皇初年，起家左親衛，保衛皇宮安全。參加滅亡陳朝、攻打吐穀渾和靺鞨的戰爭，屢建戰功，授光祿大夫。奉命攻打瓦崗軍時，受到監察禦史蕭懷靜牽製，被迫投降李密，跟隨李密決戰王世充，兵敗被俘，擔任禮部尚書。王世充弑君稱帝後，聯合宇文儒童等謀刺王世充，事泄被殺。
裴仁基，年少時就很驍勇，善於騎馬射箭，擔任隋文帝楊堅的侍衛。在隋朝消滅陳朝的戰役中，裴仁基衝鋒陷陣，因功被授任為儀同，賜縑彩一千段。後來，裴仁基以儀同的身份兼任漢王楊諒王府的侍衛。
隋文帝去世，次子隋煬帝楊廣繼位，隋文帝第五子漢王楊諒，因不滿隋煬帝繼位，於是舉兵謀反，裴仁基苦苦勸諫楊諒不要謀反，楊諒大怒，把他關進牢裡。不久，楊諒謀反失敗，隋煬帝誇獎裴仁基，越級提拔他擔任護軍。
數年之後，裴仁基改任武賁郎將，跟隨將軍李景在黔安討伐反叛的蠻賊向思多，因戰功升任銀青光祿大夫，賜奴婢百人，絹五百匹。裴仁基又在張掖打敗吐穀渾，加授金紫光祿大夫，斬殺、俘虜進犯的靺鞨，被授任為左光祿大夫，跟隨隋煬帝征討高麗，升任光祿大夫。
隋煬帝巡幸江都，當時瓦崗寨首領李密占據洛口，朝廷命令裴仁基為河南道討捕大使，據守虎牢以抵抗李密。滎陽通守張須陀被李密所殺，裴仁基全部接收他的部下，每次與李密作戰，都殺死俘虜李密的不少人馬。
當時隋朝末年天下大亂，士兵有功也不被記錄獎賞，裴仁基見強敵在前，部隊疲勞，因此所得的軍用物資，全部賞賜給士卒。監軍禦史蕭懷靜反對這樣做，士卒們都怨恨蕭懷靜，蕭懷靜又屢次搜羅裴仁基的過失上奏彈劾他。在洛口倉城之戰時，裴仁基誤期未到，他聽說劉長恭等人被打敗，懼怕李密而不敢前進，就屯兵在百花穀，加固營壘自守，但又害怕被朝廷治罪。
李密知道裴仁基進退兩難的狼狽處境，就派人勸說他投降，並以厚利來誘惑他，賈閏甫勸裴仁基投降李密，裴仁基說“蕭禦史怎麼辦？”賈閏甫說“蕭君就象棲身在樹枝上的雞，如果他不知道隨機應變，就在於您的一刀了。”裴仁基采納了賈閏甫的建議，派他去向李密請降。李密大喜，任命賈閏甫為元帥府司兵參軍，兼任直記室事，派他回去向裴仁基複命，並帶給裴仁基書信，對他表示撫慰，接受他的歸附。裴仁基退回仍駐軍虎牢。蕭懷靜秘密上表奏報此事，裴仁基知道後，就殺死蕭懷靜，率領他的部眾以虎牢城向李密投降。李密封裴仁基為上柱國、河東郡公，裴仁基的兒子裴行儼驍勇善戰，李密也封他為上柱國、絳郡公。
李密派裴仁基與孟讓率兵二萬多人襲擊並攻取回洛倉，乘勝攻進洛陽，燒毀天津橋，縱兵大肆搶劫，洛陽隋軍乘混亂的機會出兵反攻，裴仁基等人大敗逃走，退保鞏縣。王世充與李密在石子河兩岸列陣，李密陣列南北長十餘裡，翟讓先和王世充交戰，不勝而退。王世充追擊翟讓，王伯當與裴仁基從旁橫斷隋軍的後路，李密統率中軍進擊王世充，王世充大敗，向西逃走。
王世充因洛陽糧儘，率領全部兵馬到偃師，與李密決戰。李密向諸將詢問計策，裴仁基回答說“王世充全部精銳部隊都帶來了，洛陽必定空虛，可以分派軍隊守住各重要通道，讓他無法東進，我們再挑選三萬精兵，沿黃河西進，以逼近洛陽。如果王世充退回，我們就按兵不動；如果王世充再次進軍，我們就又逼近洛陽。這樣，我方可以有充裕的體力，而敵方則疲於奔命。兵法上所說的對方出戰我退回，對方退回我出戰，多次挑戰使敵人疲勞，使用這策略迷惑敵人。”
李密說“裴公你隻知其一，不知其二。洛陽的軍隊有三方麵難以抵擋，器械精良是其一，為了決戰而來是其二，糧食吃完而戰是其三。我方按兵不動蓄積力量而尋求敵人的弱點，對方求戰而找不到機會，想走又無退路，不超過十天，王世充的人頭可以懸掛在我的軍旗之下。”單雄信等將領輕視王世充，都請求出戰，裴仁基苦苦勸阻而不能阻止。李密難以違背諸將們的請求，於是與王世充決戰，結果瓦崗軍大敗，裴仁基父子被王世充俘虜。
裴仁基父子被俘後，王世充因他們父子都是驍將，很是禮遇他們，把兄長的女兒嫁給裴行儼。王世充稱帝，任命裴仁基為禮部尚書，裴行儼為左輔大將軍，裴行儼每有攻戰，都所向披靡，號稱“萬人敵”。王世充忌憚裴行儼的威名，對他很有些防範和猜忌。裴仁基知道王世充的意思，心中很是不安。裴仁基與兒子裴行儼、尚書左丞宇文儒童、尚食直長陳謙、秘書丞崔德本等數十人謀反。裴仁基命陳謙在給王世充進食時，拿匕首劫持王世充，命裴行儼率兵在台階下接應。等大局已定，就複立越王楊侗為皇帝，並輔佐他。
事變將要開始時，將軍張童仁得知他們謀劃，便向王世充告發他們，王世充將裴仁基等人全部殺死，並滅他們的三族。洛陽平定之後，羅士信感念裴仁基的知遇之恩，於是自己出資將其收斂，安葬在洛陽的北邙山。武德年間，裴仁基被追贈為原州都督，賜諡號忠。
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