小智等人沒想到他們又卷入了一場大危機中！
明明隻是因為沒有趕上一周一趟的長途汽車而被困在了清澈崖下，卻因為火箭隊的原因皮卡丘被抓走，緊接著又出現了新的火箭隊的精英成員！
那個黃頭發的漂亮女性隱藏在他們之中，沒想到居然是火箭隊的人！
朵米諾！
比起武藏小次郎喵喵更專業的，邪惡組織成員！
然後，小智等人就被打飛到了湖的邊緣。
火箭隊三人組則帶著皮卡丘飛到了湖中心的小島上！
小智無法冷靜，必須要去拯救皮卡丘！
就在這時……
周圍，無數戰鬥運輸機從清澈崖的四麵八方飛了起來，衝向清澈崖內部。
那火箭隊等人和皮卡丘所在的小島上！
……
“我必須去救皮卡丘！”小智說道。
他看向那湖中心的小島。
他知道，皮卡丘就在那裡！
他必須去！
“可是，我們要怎麼過去呢？”小霞看著這超大的湖泊，有些為難。
她自然而然地開始為小智考慮了。
調查清澈崖環境，住在清澈崖下的自然學家，露娜指著旁邊的大樹說道“或許，可以用來做獨木船。”
小智沒有猶豫，直接扔出兩顆精靈球“出來吧妙蛙種子，月桂葉，使出飛葉快刀！”
不得不說，小智的寶可夢藝術細胞都很強大，就像當初噴火龍可以用噴射火焰來完成冰船一樣，現在他們輕鬆地就做出了獨木船。
小智小剛小霞露娜以及醫學博士貝尼斯裡納全部上船，向著湖中小島劃去。
可就在這時……
那天空中，原本停留的運輸機，突然對小島發動了攻擊！
原本阪木的計劃是在清晨的時候開始發動攻擊，可因為凶介的原因，讓他以為聯盟已經到達了清澈崖附近，迫使他不得不加快了計劃的實施。
不再等待，直接進入正題！
導彈發射。
在夜空劃出明亮流星。
直指小島！
“皮卡丘！”小智心痛大喊道！
皮卡丘還在島上啊！
可是，他的力量卻無法阻止這一切的發生！
好在……
有其他的力量來阻止！
一層紫色的薄膜將湖中小島包裹住了。
那些導彈，在接觸到薄膜的時候發生爆炸，可卻連掀起一點波瀾都做不到。
“什麼情況？”小智的疑惑脫口而出。
可沒人能夠告訴他答案。
整個獨木船都停止在了水麵，每個人都忘記了劃船。
等到導彈爆炸的煙幕散去後，終於，一個人影出現在了小智等人的麵前！
不，那並非是人類。
那空中的，粉色的人型生物，應該是寶可夢。
未知的寶可夢！
它就這樣，飛在天空中。
小智能夠感覺到，那神秘的，未知的寶可夢，看了他一眼。
那眼中，有很多說不清道不明的東西。
當這隻寶可夢現身的時候，運輸機的攻擊也停止了。
它們慢慢地，圍了上來。
將那寶可夢，和湖中小島一起圍了起來。
神秘寶可夢警惕地看著周圍。
可不知為何，並未直接動手。
它的正前方，運輸機頂部突然打開來。
高台升起。
上麵，一個人影正抓著欄杆，看著它。
“夢幻二號。”阪木微笑地，親切地打著招呼。
夢幻二號？這是那隻寶可夢的名字嗎？為什麼這麼奇怪？下方的小智想著。
他們並沒有繼續往前劃船。
那紫色的薄膜，不僅擋住了導彈，同樣讓他們無法再靠近。