收到黃道周的求助信後，劉宗周心中憤慨難平，他深知西學之害，立刻找來弟子黃宗羲共商對策。
此時的黃宗羲年僅二十五歲，正值年輕氣盛。劉宗周稍作交代，他便開始思索應對之法，並著手尋找幫手。
應天府與明朝其他地方不同，這裡是反抗西方傳教士的大本營。
早在1616年，這裡就爆發過震驚內外的“應天府教案”事件（後人稱之為“南京教案”），期間所有教堂被拆，二十位在華耶穌會士遭到嚴懲。
黃宗羲個人威望本來就高，他十四歲便成為秀才，還是北宋大文豪黃庭堅的後人，更因上京救父被崇禎讚為“忠臣孤子”。
加上這裡又是應天府，於是乎很快就找到了不少同仇敵愾的士子。
遺憾的是，人數不少，可對西學了解的卻不多。
正在此時，一位前來應天府躲避民變的豪門貴公子方以智適時出現。
方以智，字密之，南直隸安慶府桐城人，其父方孔炤現任都察院右僉都禦史，巡撫湖廣。
起初，方以智並不願意參與此事，他認為西學與儒釋道都有可取與不足之處，而他的誌向是實現中西合璧、儒釋道三教歸一。
但既已來到應天府，他勢必要融入當地的士子圈子，加上其性格開朗，喜好交友，在多位朋友的邀請下，便開始幫著黃宗羲出謀劃策。
此時的黃宗羲雖然也懂一些拉丁文，但他主要專注於曆法和數學領域。
在發現《幾何原本》中的勾股定理來自《周髀算經》後，更是對西學不屑一顧，因此沒有深入探究。
但方以智不同，他不僅從小在一堆大儒的教導中長大，擁有雄厚的漢學功底，而且還專門跑到順天府去找西洋傳教士畢方濟與湯若望學了很久的西洋之學。
於是，最強‘西學討伐團’就此誕生。
其中有擅長易學和六經的黃道周，擅長理學、心學的劉宗周，擅長史學、數學且能言善辯的黃宗羲和啥都懂的翻譯方以智。
這幾個人到了三山堂再次辯論的結果是，西學被駁斥得體無完膚，艾儒略帶著幾位傳教士奪門而逃。
原本大獲全勝理應適可而止，然而黃宗羲卻秉持著痛打落水狗的作風，將教堂內唯一身著僧侶道袍的瓜達盧佩神父圍困起來，還把年過六旬的老神父給揍了一頓。
後果很嚴重，圍觀的儒生被如狼似虎的張豹等人打得抱頭鼠竄，而這二十幾個辯論團主力軍被捆成了粽子，送到了馬尼拉。
起初，這些儒生或辱罵，或絕食，甚至以死相逼，然而此時祖天翰現身了。
祖天翰三兄弟曾在剿滅閹黨時，呈上了楊漣的血書，為坐實閹黨的罪責了關鍵證據，此事一度震驚京城。
正因如此，黃道周等人與祖天翰相識，並對冷秉三兄弟棄暗投明、尚存良知深感讚賞與感激。
這幾人原本認為祖天翰是為了躲避閹黨餘孽的迫害，才投身於西方天主教的陣營，於是便開始苦口婆心地勸說祖天翰改邪歸正。
可祖天翰卻告知他們，如今西方的廣袤土地已儘歸漢人所有，無論是自己還是遭他們毆打的瓜達盧佩神父，都是在為漢人的王效力。
至於這王是誰，以及祖天翰折返中原的目的究竟為何，他並未詳細說明。
黃道周等人在震驚、愕然之餘自然難以相信，但隨後祖天翰卻下令釋放了他們，還為他們安排了住所和生活費用。
為了驗證祖天翰所言虛實，他們婉拒了前往教會學校教授漢文的邀請，轉而在華人聚居之地開辦了紫陽、蕺山兩所書院。
他們在到處飄揚著勃更第十字旗的馬尼拉城中廣招門徒，在傳授漢學之際，持續揭露西方傳教士的偽善與險惡用心。
令黃道周等人驚詫不已的是，祖天翰非但沒有阻攔，反倒在內城大教堂旁為書院了更為寬敞的校舍，且每月按時送來米麵糧油與薪酬。