隨著內廷人員大量減少，內廷二十四衙門的部門相繼合署辦公。
朱由校撤銷內廷二十四衙門編製，成立皇家辦公廳和皇家內務部，天啟元年正式執行。
皇家辦公廳對皇帝負責，下設秘書處、特勤處、人事處、財務處。曹化淳擔任辦公廳廳長、劉若愚擔任秘書處處長、程衝鬥擔任特勤處處長、王承恩擔任人事處處長、王冰溫擔任財務處處長。
司禮監、尚寶監、印綬監的部分職責合並至秘書處，秘書處負責協助皇帝處理政務、對外聯絡、管理玉璽、印綬等。
禦馬監、司設監、都知監的部分職責合並至特勤處，特勤處負責紫禁城安全保衛、皇帝及皇室成員安全保衛、皇帝出行安全保衛及禮儀、辦理皇帝交待的秘密任務和情偵事務。
特勤1師整編到特勤處，編製3個特勤隊，每隊4000人。其中一個為女子特勤隊。女子特勤隊負責內廷安保護衛。
特勤隊統一著文職人員的中裝，配置熱兵器，但熱兵器平時集中管理。平時在紫禁城執勤時，僅攜帶長刀、盾牌。緊急情況或出外勤任務時配帶熱兵器。
皇帝出行禮儀除了重大儀式時，采用隆重的鑾輿。其它時候禮儀簡化，乘坐外觀普通不醒目的四輪馬車。但四輪馬車內部為特製型號，安全措施升級，算是大明版的防彈馬車。
一般出行時，不清場不開道，幾輛外觀一樣普通的馬車同行。特勤處另外安排隱蔽的安保措施，儘量不擾民。皇帝隨意選擇乘坐的馬車，讓外界看不出皇帝坐在哪輛馬車裡，防止刺客精準刺殺。
人事處負責內廷工作人員選拔、任用、考核、晉升、獎懲等管理。財務處負責皇帝私人的資金財產、庫房、皇莊等產業管理。
內務部對皇後負責，下設財務處、文教處、物管處、膳食處、禦用處。
財務處負責內務部的往來資金、庫房管理。
鐘鼓司的部分職責合並至文教處，文教處負責皇室子女、後宮嬪妃的禮儀、修養、文化、藝術的教育學習以及內廷工作人員的教育培訓，定期組織文化藝體娛樂活動。
內官監、神官監、直殿監、浣衣局、混堂司的部分職責合並至物管處，物管處負責宮殿、房舍、市政設施的管理、維修維護以及清潔衛生。
尚膳監的職責合並至膳食處，膳食處負責皇帝以及內廷工作人員的飲食製作。後宮嬪妃、皇室成員均自備廚房自行開夥，廚師由膳食處派遣。
內廷工作人員除貼身伺候皇帝、後宮嬪妃、皇室成員的工作人員跟隨主子吃飯外，其它內廷工作人員全部至膳食處的集體食堂就餐，不允許自行開夥。
禦用監、尚衣監、兵仗局、針工局、巾帽局、內織染局、銀作局、惜薪司、寶鈔司、酒醋麵局、禦酒房、司苑局的部分職責合並至禦用處，禦用處負責對外采買、定製內廷所需的食材、衣物等日用百貨。
為杜絕浪費，禦用處在內廷建立禦用超市。後宮嬪妃、皇室成員、內廷工作人員無論需要什麼物資都可在禦用超市采買定製。但需要自掏腰包付費，價格按照成本價定價，明碼實價。
後宮嬪妃、皇室成員不包含各種賞賜，每人每年有最低600銀元的生活費，完全能夠滿足富足的日常生活開支。
西苑玉熙宮暫時作為皇家辦公廳、皇家內務部的辦公所在地。內廷整肅重組不僅解決了外派太監宮女亂政擾民、抹黑皇家的問題，還大大節約了皇室開支，為百官和天下樹立起節儉的榜樣。
紫禁城的保密製度也得以全麵貫徹執行，內部消息密不透風，皇室的安全將得到根本的保障。
皇家衛隊總參謀部、總政治部按照從重從嚴從快懲處軍隊違法犯罪的原則，按照兵在精而不在多，將在謀而不在勇的原則，編製出大明軍隊整肅整編整訓條例，經朱由校審查調整後，開始全麵頒布執行。
大明軍隊整肅整編整訓條例對於違法犯罪情節較輕的，十倍罰沒違法所得。簽訂認罪書後，予以釋放回家。
對於吃空餉、賣官鬻爵、貪汙腐敗、挪用盜取軍隊財物、玩忽職守、濫用職權、徇私舞弊，瀆職失職、虐待士兵、殘害忠良、禍害百姓、貪生怕死、避戰畏戰、臨陣脫逃的和其它違法亂紀的官兵。
情節嚴重的抄沒家產後，判決3年至101novel.com年有期徒刑，押送至礦場勞動改造。
情節特彆嚴重的抄沒家產後，判決無期徒刑，押送至礦場勞動改造。
瀆職失職造成軍隊巨大損失的、罪大惡極涉及人命和通敵賣國的，沒收全部家產，執行死刑。
朱由校作為21世紀的現代人，廢除了淩遲、腰斬、砍頭、槍斃這些血淋淋的死刑，采用絞刑，給罪犯留個全屍。
軍隊違法犯罪分子整肅後，對於沒有違法犯罪行為的官兵，16至24歲的基層士兵，根據自願原則，願意從軍的，經過甑選，編入皇家衛隊，進行整編整訓，享受皇家衛隊同等待遇。
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老弱病殘以及不願意繼續從軍的官兵，遣返原籍或就地安置為民。根據從軍年限，一次性發放不低於一年餉銀的退伍費。從軍年限每增加一年增加一個月餉銀的退伍費，不足一年按照一年計算。為獎勵這些人對大明朝廷的貢獻，特赦其軍戶改民戶。
其它人員全部整編為工程兵，軍戶改民戶，加入中華建築的建設大軍，為大明的基礎建設再立新功。待遇同中華建築民工。
百戶以上的軍官，年齡40歲以上的，予以轉業，由籍貫所在地相關單位安置工作。年齡60歲以上的，光榮退休，每月按照在職時工資標準的50發放退休金，直至終老。對於年齡超限，又特彆優秀、軍隊特彆需要的，經皇家衛隊總參謀部批準後留用。
四衛營和勇士營經過整肅，花名冊編製4800人，實際人數基本一致。
按照軍隊整肅整編整訓條例，約300名違法犯罪人員被嚴厲懲處，以鎮遠侯顧大禮、安遠侯柳祚昌、陽武侯薛濂、懷寧侯孫承蔭為首的約30人被判處絞刑。
通過四衛營和勇士營的整肅，抄沒家產現銀約1101novel.com萬銀元，房產、珠寶、古玩字畫等資產價值約60萬銀元，土地約5萬畝。大部分抄沒來自2名勳貴。
錦衣衛和東廠經過整肅，錦衣衛南鎮撫司全體錦衣衛以及外派的所有錦衣衛回京，花名冊編製約6萬人，實際人數約4萬人。
按照軍隊整肅整編整訓條例，約2萬名違法犯罪人員被嚴厲懲處，駱思恭、許浩然、周應乾、王應元、楊汝敏、許浚祥、楊光夔、侯昌國、王應元、張懋忠、陳居恭、萬邦孚、田爾耕、葉世、周顯祚、覃恩、王世盛、陳承順、陳煥章、史世載、邢元吉、沈光裕、徐本高、吳堯年、周顯祚、劉僑、崔應元、梁慈、李世忠、李不矜、許顯純、孫雲鶴、楊寰、趙泗洲、王鵬翀、喬可用、孫光、劉應襲、馬國瑊、齊昌國、梁清宏、吳邦輔等約4000人被判處絞刑。
錦衣衛和東廠一半官兵涉案，真是爛到根子裡去了。
大部分情節嚴重，巧取豪奪、貪贓枉法、草菅人命，觸目驚心，吃空餉與這些違法案件相比已經不值一提，必須處以極刑。
通過錦衣衛和東廠的整肅，抄沒家產現銀約1000萬銀元，房產、珠寶、古玩字畫等資產價值約500萬銀元，土地約101novel.com0萬畝。
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