遼東地區軍隊經過整肅，遼東鎮、遼東都司花名冊編製約人，各地援遼軍約16萬人，總計花名冊編製約243萬人，實際人數約17萬人。
按照軍隊整肅整編整訓條列，約名違法犯罪人員被嚴厲懲處，原遼東總兵李如柏、李如楨，遼東總兵李光榮，宣府鎮援遼總兵劉孔胤，薊鎮援遼總兵李秉誠、朱萬良、薑弼，遼東都司指揮使張昌胤、遼東參議李乃蘭、開原道僉事韓原善，寧前道僉事王化貞，遼海道僉事閻鳴泰、海蓋道僉事康應乾、金複道僉事胡嘉模、廣寧兵備副使張鳳翼、監軍張國儒、梁之垣，遼東參將孫得功、鮑承先、李懷忠、陳官定、安雲龍、熊錦、李應詔、楊應宗、李養棟，守備石廷柱、劉澤清、郎紹貞，嚴正中、顧大訓、馬雄、孫譚、李茂春、劉定邦、王朝彥、麻承宗、劉世勳、尚誌弘、毛鳳文、王牧民、劉世勳、陳一元、張良策、高出、韓初命、張慎言、何光先、張士彥、黃進、馬光遠、王世選、陸國誌、石天柱等約1700人被判處絞刑。
抄沒家產現銀約850萬銀元，房產、珠寶、古玩字畫等資產價值約450萬銀元，土地約170萬畝。
按照軍隊整肅整編整訓條例，各地援遼、遼東鎮、遼東都司以及奴兒乾都司及其衛所裁撤編製。軍產軍資由皇家衛隊接管，被挪用侵吞的軍產軍資進行追討。
剩下約15萬人，其中約4萬老弱病殘以及不願意繼續從軍的官兵，發放退伍費遣返原籍或就地安置為民。
甑選整編1個師名青壯，進行為期半年的封閉軍事訓練和文化學習。其它10萬人整編為工程部隊加入中華建築民工大軍。
薊鎮援遼總兵李懷信、山海關援遼總兵柴國柱以及趙率教調入皇家軍事大學擔任教官。
甘肅援遼總兵祁秉忠、侯世祿，山海關援遼總兵劉渠、山西援遼總兵楊宗業，陝西援遼總兵梁仲善以及賀世賢、何可綱、尤世功、尤世威、尤世祿、馬科、曹文詔、鄧祖禹、陳於王、黃得功、徐國全等遼東地區優秀官兵推薦到皇家軍事大學進行半年的封閉進修學習。
遼東地區成立皇家衛隊東北軍區，總部沈陽，由皇家衛隊總參謀部直接管轄指揮。熊廷弼擔任東北軍區總指揮，康實忠擔任政治委員，伍實君擔任參謀長。
東北軍區暫編101novel.com個師24萬人，負責遼東防務，首要任務防禦女真。戰略目標劍指整個東北，收複遼東都司、奴兒乾都司、朵顏三衛失地，進而征服東西伯利亞、朝鮮半島、日本。
東北軍區當前的主要軍事任務為維護轄區的穩定，積極開展全軍大練兵，進行嚴格的軍事訓練，為未來的大戰厲兵秣馬。
對外采取穩健的防禦戰略，實行收縮防禦戰略，集中兵力駐守遼陽、沈陽、廣寧、奉集堡、虎皮驛等戰略要地。
嚴格執行隻許據城防守，不許進攻的命令。未經命令，擅自出戰者，殺無赦。兩年內，遼東地區以守為主，能夠守住遼沈就是大功。
通過遼東軍隊的整肅，徹查泰昌皇帝發放的300萬銀元遼餉的實際支付情況，掌握貪沒證據，配合查處京城參與貪腐遼餉的官員。
北直隸、遼東、山西、西北四地軍隊花名冊編製總計約154萬人，實際人數約91萬人。違法犯罪人員約91萬人，遣返原籍或就地安置為民的官兵約24萬人，工程部隊整編49萬人，皇家衛隊整編6個師人。
抄沒家產現銀約4550萬銀元，房產、珠寶、古玩字畫等資產價值約2400萬銀元，土地約910萬畝。
李如柏字子貞，出生於1553年，李成梁第二子。憑借父蔭，起家錦衣千戶。曆任鐵嶺衛都指揮僉事、密雲遊擊、黃花嶺參將、薊鎮副總兵、遼東總兵。
參加薩爾滸之戰，兵敗逃回北京。天啟元年被彈劾，無法承受世人非議自殺。
李如楨，出生於1556年，李成梁第三子。憑借父蔭，成為錦衣衛指揮使，執掌南、北鎮撫司。薩爾滸之戰後，遼東危在旦夕，李如楨被舉薦為遼東總兵。鐵嶺失陷後被罷官。
王化貞字肖乾，萬曆41年進士，曆任戶部主事、右參議、遼東巡撫，東林黨重要成員。因為黨爭，王化貞被推到遼東巡撫任上，造成廣寧兵敗。
閻鳴泰出生於1572年，萬曆26年進士。曆任戶部主事、遼東參政、僉事、山東參政、遼東監軍、參議、山東按察使司副使、兼右僉都禦史、遼東巡撫。
天啟5年，擔任兵部右侍郎，署協理京營戎政、整飭薊鎮等處邊備。天啟6年，擔任順天巡撫、薊遼總督，並任兵部尚書、授太子太保、太子太傅、太子太師。天啟7年，授少師。
閻鳴泰實無才略，工諂佞，以虛詞罔上而已。閻鳴泰由魏忠賢再起，專事諂諛。每陳邊事，必頌功德，於薊、遼建生祠，多至七所。
張鳳翼萬曆41年進士。曆任戶部主事、廣寧兵備副使。天啟初，起右參政，飭遵化兵備。天啟6年，巡撫保定。
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天啟7年任右都禦史兼兵部右侍郎。崇禎3年代劉策總督薊、遼、保定軍務，進太子少保、兵部尚書。崇禎9年，女真兵臨京城，日服大黃自儘。