天啟元年10月30日，大朝會。
朱由校拋出一份經過與內閣周密商討的行政改革方案，行政改革方案一經通報，立即引起朝堂震動。
大明全麵廢除地方三司製度，實行省、市、縣、鎮、村5級行政管理製度。府級城市更改為市，縣級城市依然為縣，州的稱謂全麵取消，根據級彆更改為市或縣。各地的自治政策、羈縻政策全麵取消，由朝廷進行直接統治管理。
全國行政區劃為北京市、天津市、上海市、香江市、遼東省、河北省、河南省、山東省、山西省、陝西省、甘寧省、雲南省、貴州省、四川省、湖北省、湖南省、江西省、江蘇省、安徽省、浙江省、福建省、廣東省、廣西省、海南省、台灣省，4個直轄市21個省。
北直隸行政區劃調整為北京市、天津市、河北省三個省級行政單位。
順天府更名為北京市，北京市下轄原順天府的大部分區域。北京市為中央直轄市，級彆為省級行政單位。
北直隸永平府以及河間府的靜海縣、順天府的東安縣、薊州、霸州、通州的武清縣、香河縣的寶坻縣合並成立天津市。天津市為中央直轄市，級彆為省級行政單位。
北直隸更名為河北省，省會真定，真定府更名為常山市。北直隸的大名府劃歸河南省，山西蔚州、淶源、靈丘、天鎮劃歸河北省。
南直隸下轄應天府、鳳陽府、淮安府、揚州府、蘇州府、鬆江府、常州府、鎮江府、廬州府、安慶府、太平府、池州府、寧國府、徽州府、滁州、徐州、和州、廣德州，18府97縣。相當於21世紀的江蘇、安徽、上海。
南直隸行政區劃調整為上海市、江蘇省、安徽省三個省級行政單位，行政區劃大體與與21世紀相近。
上海市下轄蘇州府、鬆江府、浙江嘉興府，上海市為中央直轄市，級彆為省級行政單位。江蘇省省會南京市，安徽省省會廬州市。
廣州府寶安縣更名為香江市，香江市為中央直轄市，級彆為省級行政單位。
廣東省欽北防地區劃歸廣西省，讓廣西省擁有出海口，成為沿海省份。
廣東省瓊州府成立海南省，海南省省會三亞市。
台灣島、澎湖列島雖然還沒有被大明實際控製，但先成立台灣省，省會基隆市，開始籌建政府班子，做好治理台灣省的準備。
湖廣地區調整為湖南省、湖北省，湖北省省會武昌，湖南省省會長沙。
陝西省行政區域以黃河為界，河套黃河以南地區、銀川、蘭州黃河以東地區均屬於陝西省行政區域。陝西寶雞更名為陳倉。
黃河以西寧夏地區、河西走廊地區、龍首山、合黎山、馬鬃山以北、巴彥卓爾以西、狼山西部阿拉善高原地區成立甘寧省。甘寧省省會張掖。
北京市、天津市、上海市、香江市、遼東省、河北省、山西省、陝西省、甘寧省、雲南省、廣西省、海南省、台灣省為特彆行政區，試行特彆的民政政策，由新錦衣衛進行全麵管理。
北京市作為大明的首都，建成為大明的政治中心、文化中心。
天津市、上海市、香江市分布於大明的北、中、南三地，可全麵覆蓋大明的海岸線。三地依托大型港口，定位為覆蓋南北的物流中心、經濟中心、金融中心，打造成國際化的超大城市。
原永平府開平中屯衛更名為唐山區，由天津市直管。
海南省三亞市定位為國際自由貿易港，全麵放開海禁。所有外國人可在三亞市可申請租用土地，建房建廠，建立辦事機構。在政府許可的年限內，擁有在三亞市的居留權，可自由進行貿易活動。外國商船、軍艦經批準可停靠三亞港。
海南省三亞市國際自由貿易港建立後，選擇合適時機取消澳門葡萄牙人的居住權，遷往三亞市居住，並開展自由貿易活動。
外國人以及外國商船進入內地需要持有三亞市海關頒發的護照和通行證，軍艦不得進入沿海港口。
遼東省、河北省、山西省、陝西省、甘寧省、雲南省、廣西省為軍事重鎮，台灣省為正在籌備收複的軍事重鎮。
北京市、天津市、上海市、香江市、遼東省、河北省、山西省、陝西省、甘寧省、雲南省、廣西省、海南省、台灣省13個特彆行政區的原有民政體係全部撤銷編製，所屬官吏由新錦衣衛以組織集中學習培訓的名義，進行整肅整編。
經甄彆審查，無違法犯罪行為的官吏，進行正式學習培訓，經考核合格後，安置到新錦衣衛各基層崗位工作。
南京六部等中央機構編製裁撤，取消南京留都的政治地位。
其它12個省全麵裁撤總督、巡撫、布政使、分守道、知府、知州、知縣職務。重新任命省長、副省長、市長、副市長、縣長、副縣長等民政主官。鎮村兩級的基層公務員由新錦衣衛安排人員擔任。
12個保留原民政管理體係的省份，官員經過打亂調整，權力被大大削弱。新錦衣衛通過履行國防部、公安部、國安部、司法部、監察部、宣傳部、文教部、民政部、衛生部、建設部的第一步職責，已經掌控了大部分基層政權。
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通過大明行政體製的改革，新錦衣逐步履行國土部、農業部、工業部、商務部、稅務部、人事部、財政部的第二步職責，逐漸掌控地方資源、人事、賦稅。為大明的賦稅改革、政治經濟改革奠定更加堅實的基礎。
北京中央機構精兵簡政，裁撤宗人府、太醫院、詹事府、國子監、翰林院、太常寺、光祿寺、太仆寺、鴻臚寺、六科給事中、大理寺、通政使司、工部、刑部、兵部。
太醫院分管的職責由北京醫學院接管。詹事府分管的職責以及通政使司的部分職責由皇家辦公廳接管。國子監、翰林院的職責由皇家北京大學和新錦衣衛教育部接管。太常寺、光祿寺、鴻臚寺的職責由禮部接管。
宗人府、六科給事中的職責以及通政使司的部分職責由都察院接管。大理寺、刑部的職責由新錦衣衛司法部接管，工部的職責由新錦衣衛建設部接管。太仆寺的職責以及兵部除車駕司之外的職責由皇家衛隊接管。
禮部內部改編為禮儀司、貢舉司、外交司、文史司。設置正二品尚書1名，從二品侍郎2名，各司正三品司長1名，從三品副司長2名。取消郎中、員外郎、主事等官銜稱謂，各司下設正四品處室、正五品科室編製。
處室主管為正四品處長1名，從四品副處長2名。科室主管為正五品科長1名，從五品副科長2名。科室辦事人員設置正六品科員、副六品科員兩個等級。
吏部、戶部參照此編製執行。
禮儀司負責日常官員行為規範、禮儀禮節、榮譽稱號、祭祀活動、慶典活動、宴會等。貢舉司負責教育、科舉以及秀才、舉人、進士的管理培養。外交司負責對番邦外國的接待交往。文史司負責製誥、史冊、文翰、修撰國史。
都察院內部改編為都察司、信訪司、宗人司，設置正二品院長1名，從二品副院長2名，各司正三品司長1名，從三品副司長2名。取消左右都禦史、左右副都禦史、左右僉都禦史、監察禦史等官銜稱謂。副司長以下編製參考禮部執行。都察院的官員對外統稱督察官。
都察司在全國各州縣成立辦事處，負責偵察糾察監察地方官吏的違法犯罪行為。發現涉嫌犯罪的官吏，可直接傳喚審問不超過72小時。一旦掌握證據，可立即移送新錦衣衛司法部進行複查並判決。
信訪司在全國各州縣成立辦事處，接受四方陳情建言、申訴冤滯、舉報等事。宗人司負責撰寫皇室宗譜，監察宗室人員行為規範，對違法犯罪人員進行審查。
原兵部車駕司掌管鹵簿、儀仗、禁衛、驛傳、廄牧之事。主要負責管理皇帝儀仗、車駕、安全護衛以及管理驛站係統。
皇帝儀仗、車駕、安全護衛由皇家辦公廳特勤處接管，飼養和放牧廄牧之事由皇家衛隊接管。
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