翰林院相當於國立大學、乾部學院，是明代培養後備人才的地方。
負責修書撰史，起草詔書，為皇室成員侍讀，擔任科舉考官等。地位清貴，是成為閣老重臣以至地方官員的踏腳石。
無論政治地位高低，在各朝各代，翰林學士始終是社會中地位最高的士人群體，集中了當時知識分子中的精英，社會地位優越。
入選翰林院被稱為點翰林，是非常榮耀的事情。翰林學士不僅致力於文化學術事業的傳承，更踴躍參與政治，議論朝政。
由科舉至翰林，由翰林而朝臣是科舉時代士大夫的人生理想，是儒家學說中達則兼濟天下的表現。
然而，成為翰林學士的輝煌前景也使得大量知識分子投身科舉，造成了人才浪費。社會重文士輕技工，拖緩了科學技術的發展。
此外，翰林製度也使得文學界和思想界的主流處於皇帝的監管之下，對學術自由和知識分子的思想獨立起了壓抑作用，有利於皇帝進行專製統治。
國子監監生和翰林院學士示威鬨事，剛好讓朱由校找到科舉改革的理由。朱由校派新錦衣衛公安部采用強硬的手段進行鎮壓。
參與示威鬨事的大部分人被新錦衣衛公安部抓捕。
被抓捕的國子監監生和翰林院學士被剝奪功名，家庭三族成員30年內不得參加科舉。並按照軍隊整肅整編整訓條例的標準，嚴厲懲治。
新錦衣衛公安部趁機對進入北京大學學習的國子監監生和翰林院學士進行政審甄彆，例監全部清退。
其它監生和翰林院學士道德品質敗壞或有違法犯罪行為的予以開除，有功名的革除功名。家族成員三代內有重大違法犯罪的予以清退。
朱由校安排《中華時報》《內參》猛烈抨擊鬨事的和道德品質敗壞的以及違法犯罪的國子監監生和翰林院學士，並引用因貪腐查處的部分科舉官員為反麵教材，提出大明的科舉製度已經不適應大明的社會發展，不能滿足大明朝廷選取德才兼備人才的需求，大明的科舉製度改革勢在必行。
大明的科舉製以八股文取士，以四書五經為命題範圍。應試者在答題時必須根據古人的思想和規定的幾個注疏來闡釋發揮，不能任意表述自己的見解。
八股文又稱製義或製藝，形成過程很長，大約定型於明朝中葉成化年間。
八股文每篇由破題、承題、起講、入手、起股、中股、後股、束股等固定段落組成。八股文的唯一用途就是考科舉，此外絕無實用價值。
明朝的科舉考試分為童試、院試、鄉試、會試、殿試五級。
童試是明朝讀書士子的晉升之始，童試包括縣試、府試。通過縣、府試的稱為童生，表明已具備基本的文化知識和寫作能力。
院試每三年舉行兩次，由各省提學官主持。所有童生均可參加，通過院試的童生被稱為生員，俗稱秀才，算是有了功名，進入士大夫階層。
鄉試每三年一次，一般在八月舉行，故又稱秋闈。主持考試的正副主考官由皇帝欽派，當地的政府官員組成臨時機構配合。
中試者稱為舉人，俗稱孝廉。第一名稱解元，第二名稱為亞元。凡中試者均可參加次年在京師舉行的會試。
鄉試錄取舉人名額由中央規定，各省按人口多少分彆為幾十至一百多人不等，全國錄取總額為1000至1300人。
由於考取舉人即具備做官資格，鄉試可說是明朝科舉最重要也最艱巨的一關。
會試每三年舉行一次，於鄉試的第二年二月初九、十二、十五日舉行三場考試，故又稱春闈。
各省的舉人及國子監監生皆可應考，以往各屆會試中未中的舉人也可一同應試。皇帝任命正、副總裁、同考官主持會試。
會試取中者稱貢士，第一名稱會元。錄取名額不定，明代約300名左右，分南、北、中三地域按比例錄取。整個明代共計約人考中進士。
通過會試後的最後一道考驗是殿試，會試後一個月即三月十五日在紫禁城建極殿舉行，殿試一天，隻考策問。
殿試一律不黜落，隻排定名次。殿試結果填榜後，皇帝於皇極殿舉行大典，宣布殿試結果。