不管怎樣，山本佑西畢竟是微生物學和病毒學方麵的專家，他在學術上的造詣和經驗是要遠遠超過鬆本武夫的。所以當他看了鬆本武夫的實驗數據的病毒樣本之後，立刻就想到了那幾種巧合下被打翻落入裝有紅色苔蘚的培養皿中的病毒之所以能夠融合，一定是那種紅色苔蘚中的某種成分起到了作用。
首先，病毒本身是沒有分解營養物質的器官的，它也不能製造營養物質，所以隻有靠侵入宿主的細胞後才能活下來。病毒入侵宿主細胞後不隻是合成蛋白質，它會把衣殼留在宿主細胞外麵，隻有遺傳物質進入宿主細胞內，然後進行複製，在宿主細胞內的細胞器裡合成衣殼，再經過遺傳物質和衣殼組成新的病毒體。
而那種紅的藻類的細胞正好為偶然間調入培養皿裡的那幾種病毒了這樣的條件。讓他們完成了重組和新生，創造了拉彌亞病毒。
作為病毒的宿主，紅色苔蘚在感染多種病毒合成的拉彌亞病病毒後變成了黃褐色的粘稠液體，同時也在為拉彌亞著養分。但是這種紅色的苔蘚是生長在八十多度的溫泉水附近的，由於生長環境的緣故，它在溫度降低後就會在幾小時內死亡，不能再為拉彌亞病毒繼續養分，失去了養分供給，這也導致了拉彌亞病毒失去活性，進入一種假死狀態。而假死狀態的拉彌亞病毒也是失去了自我保護的能力，所以人體的免疫係統才會很快的將其殺死。
不得不承認，山本佑西確實是這方麵的天才，在想清楚其中的道理後，他先是對這種紅色苔蘚進行了提純，去除掉其中無效的組織成分，使這種紅色的苔蘚變成了更加精純的液態，接著他又將提純後的紅色苔蘚溶液重新滴入帶有假死狀態的拉彌亞病毒的黃褐色液體。得到了新的，更加精純的營養物質供給後的拉彌亞病毒不但立刻從假死狀態中恢複活躍，還徹底解決了活躍時間短的問題。
得到這個研究結果，意味著山本佑西不僅可以向自己的上司石井四郎和關東軍司令部交差，甚至可能還因此成為日本學術界的英雄，他甚至開始期待憑借此項成果可以讓自己提前回到日本去與家人團聚。
但是他還沒來得及向上級彙報這一成果，就收到了日本宣布戰敗的消息。
一九四五年八月十日早晨，蘇聯派遣軍進入了中國東北，這個消息對於守衛在滿洲的日本關東軍部隊來說無疑是震驚的。眼看日軍的潰敗就在眼前，讓橫行一時的731部隊成了無頭蒼蠅。麵對蘇聯的威脅，731部隊的首要任務就是保護這個實驗部門的龐大秘密，不能讓任何人知道731部隊的真正研究內容。
然而，保守這個秘密就意味著要付出沉重的代價，作為31部隊的最高指揮官，石井四郎做出了一個極端的決定，就是要求所有涉及到731部隊的人員銷毀所有資料，炸毀研究基地，並且全部自殺。而這個命令所涉及的部隊，不僅僅是位於哈爾濱的731部隊，也包括了其他分布於中國各地的細菌武器研究部隊，自然也包括了鬆本武夫所在的3357部隊。
但是在命令下達以後，各支部隊內部掀起了驚濤駭浪般的抵製情緒，因為這些部隊裡很多成員都並非真正意義上的日本軍人，所以他們紛紛拒絕服從石井四郎的命令，要求攜帶家屬回到日本。因此，石井四郎也做出了妥協，要求離開的研究人員和家屬必須攜帶一顆氰化物毒藥，以防被抓後套出從事細菌武器研究的秘密，而且在回到日本後，更要嚴格遵守保密規定，決不能將這些事泄露出一絲一毫，並且不允許這些人在從事公職。
對於日本的戰敗，山本佑西並沒有表現出多少失望和懊惱，他是世家子弟，而且是獨子，所以即使不能夠繼續從事學術研究，他也有龐大的家族產業可以繼承，所以不管是載譽而歸還是潰敗撤軍，總之隻要能回到日本他就滿足了。
於是接到撤退命令以後，山本佑西命人用水泥和混凝土封閉了連接基地與水豐水庫大壩的出入口，銷毀了基地裡所有的研究記錄和病毒樣本。不過擔心回國後軍部有可能進行審查盤問，山本佑西還是留下了一小部分已經休眠了的拉彌亞病毒的樣本。
但是不知是出於什麼考慮，對於那些自己千辛萬苦提純出來的紅色苔蘚溶液，山本佑西並沒有舍得把它們一起銷毀，而是裝進了一個密封的鋁製罐子，為了有適合的溫度可以讓它長期存活，他還把罐子沉入了坑底泉眼下的溫泉水中。
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