在武鬥島上經過長時間的訓練，天宇一行人終於踏上歸途。臨走之前，小剛還是忍不住誘惑。在天宇的幫助下，收服了一隻天王資質的可可多拉。
在前往下一站之前，一行人要先回一趟卡那茲市的得文公司，去那裡將小智之前獲得的化石進行複活。之後眾人要去往凱那市，參加那裡的華麗大賽。
但不幸的是，一行人在回程的路上坐到了火箭隊的船，他們還想趁機搶走天宇他們的神奇寶貝。最後的結果可想而知，受到了皮神的十萬伏特直接飛走。
火箭隊飛走後，天宇一行人又遇到新的麻煩，這艘船沒有燃料了，天宇也沒有帶水係神奇寶貝。這種情況下隻能讓這艘船自己漂泊，看能不能遇到其他人，最後還真誤打誤撞碰到了一艘荒廢的觸礁船。
看到荒廢的觸礁船，小遙的探險精神再次被觸發，一行人便上船尋找，看有沒有能用得上的工具。經過工具沒找到，倒是在船上遇到了一個叫裕己的青年，據說來這裡是為了調查這艘船。
曾經他也是這艘船的一員，因為在這艘船上和自己的沼躍魚走散了，回到這裡就是為了尋找自己的沼躍魚。眾人聽後也決定幫裕己尋找沼躍魚，可惜船太大了，眾人隻能分頭尋找。
隻不過分頭行動後，有好幾個人都逐漸失蹤了，隻不過其他人都還沒有察覺。
船上也有很多的野生神奇寶貝，經過一段時間的摸索，天宇還真碰到了一隻巨沼怪。
精靈巨沼怪
屬性水、地麵
招式水炮、泥巴射擊。。。
等級49
特性激流
資質準天王
一隻資質還算不錯的巨沼怪，但他貌似心情很不好，一見天宇就使出了泥巴射擊。天宇側身躲開後，試圖用常磐之力和他講道理，但他貌似對人類的意見很大，再次使出了泥巴射擊。
眼看講道理不行，天宇也隻好先用暴力手段讓他冷靜一點。
“上吧，尼多王。”
天宇的尼多王目前有67級，也是即將突破天王級的一員，戰力上絲毫不亞於巨沼怪。
巨沼怪也察覺到尼多王的強大，但也絲毫不懼，先是使出水炮攻擊，尼多王用急凍光線反擊。威力上天宇這邊更強，巨沼怪被凍住後，天宇讓尼多王使出大晴天，炎熱的環境讓巨沼怪苦不堪言。
巨沼怪還試圖反抗，繼續用處泥巴射擊，被天宇在大晴天下彙集的陽光烈焰一發解決。
失去戰鬥能力後，天宇正在糾結這隻巨沼怪該怎麼處理，身後聽到了裕己的阻攔聲。
經過雙方確認，得知這隻巨沼怪就是當初裕己丟失的那隻。隻不過巨沼怪誤以為自己是被裕己拋棄了，因此痛恨人類，所以才在這裡攻擊天宇他們。
好在裕己及時解釋清楚，他一直以為當時的他在自己身邊才逃離的，他從來沒有想過要拋棄巨沼怪。經過裕己的解釋，加上他給的證明，巨沼怪漸漸相信了對方，與裕己重歸於好。
之後在巨沼怪的帶領下，眾人找到了被抓的小遙、小勝及火箭隊三人組，救走他們後，火箭隊還想搶神奇寶貝，被巨沼怪一發水炮帶走。之後在裕己的幫助下，眾人安全回到了卡那茲市。
回到卡那茲市後，眾人和裕己告彆後來到了得文公司，小智將之前獲得的化石交給茲伏奇社長。在茲伏奇社長旗下的研究團隊幫助下，小遙手中的化石順利複活。
經過化石複活出來的神奇寶貝是一隻如同花朵一樣美麗的神奇寶貝，觸手百合。隻不過令天宇沒想到的事，這隻觸手百合外表是綠色的，是一隻閃光觸手百合。