因為擔心宇智波帶土再次偷襲，自來也決定早點帶漩渦長門回木葉治療和解決他身上宇智波斑留下的暗手，而漩渦長門在答應自來也後，也希望早點治療。於是他讓小南安排好雨忍村的事務後便一起向木葉趕去。
因為擔心宇智波帶土會在路上偷襲，三人做了偽裝，偷偷的返回木葉村，一路上因為漩渦長門覺醒了神樂心眼，可以感知到他人的惡意，在加上輪回眼因此他們還是險險的躲過了白絕的監視，順利的到達了木葉村。因為自來也提前將情報傳回木葉，五代火影綱手，早早的便準備好了治療所需要的工作，並且為了清除宇智波斑留下的暗手，綱手查閱了初代火影千手柱間和二代所留下的關於宇智波斑的所有資料，沒找到方法後，最終也隻是想到了封印術可能成功。
綱手檢查了漩渦長門的身體後，便開始給他做手術，雖然漩渦一族擁有強大的恢複能力，但之前的傷太重了，而且因為輪回眼的拖累，傷勢一直沒有恢複，而且還在透支生命，此時丟失了一隻輪回眼後，身體的負擔減少，使得強大的恢複能力得以釋放，才恢複到現在這樣的狀態，但依舊處於虧損狀態，必須進行手術，在做手術前，以過往的經曆來看，讓漩渦長門並不是十分相信木葉，由其是木葉村的高層。漩渦長門清楚的知道輪回眼對忍者來說意味著什麼，他根本就不能保證在手術期間木葉的人不會對他出手。這讓他很是猶豫。
在木葉村中他隻相信自來也，此時的自來到在木葉村有著極高的地位，但漩渦長門知道他隻能代表他自己，並不能代表木葉村的所有人，有人會在手術時出手，這才是真實的忍界，忍者為了村子可以做出任何選擇都不奇怪，整個忍界從來都是自來也那樣的忍者稀少，為了目的不擇手段才是真實。
小南見漩渦長門抵觸手術，開口道“長門放心，五代火影一定會治好你的，很快你便可以說恢複正常了。”
“小南，我不是在擔心手術，而是我擔心木葉村的人會在我手術的時候出手，奪取輪回眼。有人會出手，一點也不奇怪。”漩渦長門看周圍沒有人，小聲的對小南說道。
“長門，自來也老師和五代火影綱手一定不會的。”小南急忙說道。她有些擔心長門會拒絕做手術。
“我相信自來也老師還有五代火影，但他們能代表了整個木葉村的忍者嗎？並不能，而且五代火影真的可以信任嗎？她自己不會對我們出手，但她是火影，隻要對木葉村有益的，她都會做，即使這件事兒於她的性格不符，但為了木葉她會毫不猶豫的去做。這就是影。”漩渦長門說道。
“可是，長門如果不能儘快恢複的話，我們會更加的危險。在宇智波帶土的攻擊下，我們沒有多少時間了。必須變強。”小南遲疑的說道。
漩渦長門仔細想了想，發現此時自己其實根本就沒有選擇，隻能做手術。好在有小南和自來也守護，手術期間並沒有發生什麼大的動亂，手術也非常的成功，之後的幾天，漩渦長門很快就恢複了正常。這讓小南異常的高興，同時也讓他們對此時的木葉有了一絲好印象。
但接下來對宇智波斑的暗手清除，就不是那麼簡單了，試了很多的半法，也沒有成功，最後不得用封印術暫時封印住，至於效果任如何就不知道了。
這讓漩渦長門有些被動，但這已經是最好的辦法了，隻能如此了。好在宇智波斑的後手看上去好像需要黑絕附身才能發動術式。這讓漩渦長門有一絲慶幸。不然他將幾乎沒有反抗的餘地。
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