博物館總建築麵積67萬平方米，地下一層，地上五層，有展館、藏品保藏係統、教育服務設施、業務科研設施以及安防、公共服務、綜合管理係統等；
展館分為曆史館、自然館、藝術館和臨展館四大部分。
運用“寶盒”的設計理念，采用鋼筋混凝土核心筒承載巨型鋼桁架懸吊結構體係，博物館的造型仿佛一件雕通的寶盒，這一設計意念源於南粵省象牙球，博物館的空間組織就像象牙球鏤空的工藝，內部功能層層相扣，展廳、回廊、中庭與整體結構緊密結合，由內向外逐層展開，大麵積的綠地草坡沿博物館向西逐漸減緩形成清晰的主入口廣場，並與中央林蔭大道融為一體。
中庭高度從觀眾入口大廳直達頂層，自然光線由頂部玻璃天窗鋪撒而下，作為主要公共空間，四周通過坡道、樓梯、扶梯等聯絡上下層走廊，引導觀眾進入各展廳，同時走廊設置了不同的活動廳漂浮於中庭上空，在活動廳上設鋼橋連接，成為空間的活躍因素；為了延續“寶盒”的透雕構思，走廊也通過打孔金屬板和中庭空間隔斷，若隱若現之中層次感得到了加強。
曆史文化陳列”展廳麵積4000多平方米，共展出文物一千五百多件套，照片三百多張。作為博物館三大基本陳列之一，該展覽通過文物、圖片、油畫、雕塑、模型、多媒體、複原場景等豐富的展陳手段，全方位多角度地向觀眾展示了從南粵源流、揚帆世界、繼往開來和粵海烽火。
自然資源展覽”展館近4000平方米，共有地質地貌、礦產、寶玉石、中草藥、陸生野生動物、海洋生物、古生物等7個主題展
展品中一級文物11件、二級文物28件、三級文物27件，珍貴文物占比非常之高，其中的舒像座菩薩像、力士像、優填王像可謂是難得一見，展覽的重點展品是8件海外回流的國寶級文物
而夜明珠就是在自然資源展區
一個四周加裝了厚厚的玻璃。裡麵是一個的展台，放在幾塊夜明珠，然後在夜明珠上方旋著黑塊石頭。
劉亮通過望氣術，明顯感到一種不一樣的氣息。
幾次的望氣術，讓劉亮對各種具有特色物質的氣息有不同的記錄體。
世界萬物每一種不同的物體都是由各種物質組成，而每一種物質都有它獨特揮發的特性，就像不同的顏色有不同的波長和頻率，紫外線，可見光，紅外線，這組成了不同的色域
而望氣術就是感知不同物體所透出的不同氣味和氣息，
風的產生就是大氣壓的影響使得空氣流動，我們都能感受到這股氣息。
而一些製止的物體也會散發出一種氣息飄散在空中，就拿人來說，不同的人體溫和體氣味都不一樣，我們通過鼻子感知，即為嗅覺。
而望氣術不是聽過嗅覺，也不是視覺，而是觸覺，就像風吹在我們身上的感覺。
望氣術的核心就是通過人體運氣產生一種類似掃描儀的或者雷達的發射器和接受器，功力越強發射的越遠頻率越高，將接受到的氣息通過人體神經傳輸給我們的中樞神經到大腦。
當劉亮還感知到那些夜明珠產生的特殊氣息後，越靠近夜明珠氣息越大。
而單獨區分開的夜明珠和玄石就不會有這種很強大的氣息。
當劉亮來到夜明珠展台，透過玻璃，看到一個發出淡綠色的光
當劉亮運氣術，居然能讓夜明珠在那轉動，而夜明珠散發的氣息劉亮居然可以吸收。
這就是夜明珠靈石。
在劉亮的腦海裡就是這個詞。
而吸收靈氣的夜明珠靈石當暗下來後過一會又會發出淡綠色的光。
也就是說這個夜明珠靈石吸取日月精華後又能發出夜明珠該有的熒光。
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