第一次宇宙大戰與第二次宇宙大戰之間間隔50萬年。對於普通人來說遙不可及，但是對比整個宇宙文明來說卻非常短，第二次大戰距今整整一千萬年。帝國那時還沒有完全恢複元氣，因此第二次宇宙大戰的開端是由帝國內部引起。
在50萬年發展的過程中，在虛源感染下存活的生物經過萬年的發展，逐漸形成新的物種，並進一步發展為新的種族，並且大部分都有了悠長的壽命，不過大部分都沒有智慧，更像是野獸。
不過還是會有存在智慧的生物，進化者們在這裡自由地發展生物科技，各種生物被創造出來，其科技含量與帝國的科技平分秋色。
相比於帝國的暴力秩序統治，這裡推崇的是弱肉強食，實力為上，在擁有智慧的種族之間也是如此，他們自稱為妖族。
雖然他們整體實力遠遠比帝國強，由於內部沒有強勢的統一，因此也奈何不了對方，反之帝國如果全麵攻打，那麼他們就會異常團結。
當然帝國在五萬年的時間裡也不並是毫無建樹。他們提取了進化者體內的抗體，並製作成疫苗，通過特殊的方法讓疫苗長期存在，並且可以複製繁殖。在50萬年的時間裡傳遍了三分之二個星係團。每個有大氣的星球都有疫苗的存在，甚至連星空也有少部分的疫苗。
帝國內的人民起初對這種病毒感到害怕，稱所有被感染的生物為怪獸，怪獸……
在帝國的暗中指導下，人民對進化者們感到了極大的厭惡，甚至達到了神憎鬼厭的地步。自發地參軍打仗，甚至有一些人製造機甲，去屠殺怪獸，帝國也發出懸賞，隻要屠殺怪獸，就能獲得一定的報酬，越強大的怪獸，擊殺的報酬也就越大，有一些人根據怪獸身上的一些部位，用來做成武器或部件，也可用來做房子或修飾房子，也能當做收藏品，甚至一些肉還能做成美味，即使後來帝國分裂了，但是這種方法變成傳統傳了下來。
但是後來有人發現大部分的妖族擁有悠長的壽命，於是更加就引起人瘋狂了，無數人趨之若鶩。他們在一邊擊殺，一邊解剖研究，試圖尋找妖族長生的秘密。甚至當時的帝王也秘密抓捕敢死者進行研究，因為他們發現敢死者也和妖族一樣擁有悠長的壽命。
在帝王的授意下，成立了妖族基因組計劃部門，通過測定和繪製各個妖族的基因組，敢死者的基因組圖譜，與之前早就做好的各種族基因組圖譜進行對比。
經過了大約700年，帝國終於繪製出了另一組特殊的基因組圖譜，被稱為神族圖譜，後續的很多轉生研究都是以此為基礎上進行的，同時這也是轉生成巨人所必須的條件，同時這也是帝國分裂的開端。
一些人在轉化成神族之後，在力量和壽命增長的同時，野心也在不斷地增長，尤其是那批的趕死者們，他們不甘為帝國付出生命的代價後，最終淪落為實驗品。於是在某一年，他們聯合各地爆發了內戰。
他們先是引爆了提前埋藏在靠近妖族地盤的生命星球內的高濃度病毒虛源儲藏箱，使星球內的大部分生物感染變異，如同第一代病毒虛源所感初次感染星球的那樣，各個星球內的人頓時陷入了恐慌，各種行業陷入癱瘓，偽造成妖族要全麵進攻的假象。迫使帝國軍隊出兵。接下來他們趁著帝國的注意力在妖族身上時，聯合各地一些勢力發動武裝政變，攻入帝皇所在的帝皇宮星球，最後他們成功了，之後帝國分裂解體。
但是不巧的是妖族也趁機發起全麵戰爭，整個23的星係團如同被大火煮開了水，沸騰起來。有超過三分之二的星係團被妖族占領。但還是那句老話，瘦死的駱駝比馬大。最後各族團結聯合在一起。其中也出現了許多英雄豪傑。一步一個腳印，慢慢地奪回被妖族占領過的星空。最後雙方各占半個星係團，至此第二次宇宙大戰到此結束。
接下來無非就是群雄四起，舊勢力消亡新勢力誕生。人族和妖族之間也再在沒有發生過全麵戰爭，局部戰爭倒是不斷。
但是這場變革使他們的實力迅速擴大，他們的疆域從虛星昴星係團擴大到其他星係團。
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