儘管拉頓的實力實在難以令人恭維，其表現也著實令人大失所望，最終未能如願地拖住基多拉前進的步伐。然而，為了能夠徹底製服這隻頑強抵抗的拉頓，基多拉亦被迫無奈地降低了自身原本高高在上的飛行高度，致使它那無比巨大且沉重的身軀逐漸靠近波濤洶湧的海麵。就在此刻，一直在海中緊追不舍、苦苦尋覓著最佳攻擊時機的哥斯拉，猶如一頭蟄伏已久的猛虎般驟然發動襲擊！隻見它猛然躍出水麵，張開血盆大口死死咬住了基多拉其中的一顆腦袋，並憑借強大的力量硬生生地將基多拉整個兒拖拽進深邃無垠的大海之中。
倘若說廣袤無垠的天空乃是屬於基多拉的主戰場，那麼波瀾壯闊的海洋無疑便是哥斯拉稱雄稱霸之地。在這片熟悉得不能再熟悉的領域內戰鬥，哥斯拉如魚得水，充分發揮出自身得天獨厚的主場優勢，輕而易舉便成功咬斷了基多拉左側那顆猙獰可怖的頭顱。刹那間，猩紅的鮮血如同噴泉一般從傷口處噴湧而出，瞬間染紅了周圍一大片海域。
緊接著，這兩頭體型碩大無比的巨獸在茫茫大海深處展開了一場驚心動魄、生死攸關的激烈鏖戰。在被基多拉的引力光線照亮的海水中，它們相互糾纏廝打在一起，每一次撞擊都引發滔天巨浪，仿佛要將整個世界都吞噬殆儘。而在此過程當中，基多拉曾數次企圖掙脫束縛逃回天際之上，但每次都被早有防備的哥斯拉及時察覺並果斷出手阻攔，迫使它隻能繼續留在汪洋大海之中與哥斯拉決一死戰。
與此同時，在戰場的另一側，人類軍隊麵色凝重地搬出了他們精心研製多時、視為終極殺器的神秘武器——氧氣毀滅者。這一秘密武器凝聚了人類科技的精華與心血，其設計初衷便是要借助它來摧毀特定區域內的所有氧氣分子，進而殺死還是地球生物的泰坦巨獸。軍方希望用這個秘密武器將哥斯拉和基多拉這兩隻龐然大物置於死地。
帝王組織見狀大驚失色，深知此舉可能帶來無法預料的後果，於是匆忙上前試圖阻攔軍方的行動。然而，軍方早已下定決心，對帝王組織的勸告充耳不聞，毅然決然地按下了啟動按鈕，發射出了那威力驚人的氧氣毀滅者。
刹那間，隻見一道耀眼的光芒劃破天際，徑直墜入哥斯拉與基多拉激戰正酣的海水中。緊接著，一陣驚天動地的巨響傳來，仿佛整個世界都為之顫抖。伴隨著劇烈的衝擊波，大量的水花騰空而起，形成一片遮天蔽日的水霧。
當硝煙漸漸散去，人們驚恐地發現，原本波濤洶湧的海麵此刻變得異常平靜，無數條魚兒翻著肚皮漂浮在水麵上，顯然已經失去了生命跡象。而剛才還打得難解難分的哥斯拉和基多拉，此時竟也毫無聲息不知生死。
正當眾人皆以為這場驚心動魄的戰鬥以兩敗俱傷收場之時，突然間，原本風平浪靜的海麵再度掀起波瀾。隻見基多拉如同一道閃電般從海中猛然竄出，張開巨大的翅膀，向著天空疾馳而去。它那猙獰的麵容透露出無儘的憤怒與威嚴，仿佛在向世人宣告我才是這片天地的主宰！
氧氣毀滅者居然對基多拉無效，這時候帝王組織的飛行航母裡，一個工作人員從數據庫裡記錄的古老壁畫上找到了端倪。根據壁畫上記載，基多拉是從天上降臨的巨龍，也就是說，基多拉這貨壓根就不是地球本土物種，而是外來入侵的宇宙生物，其生理構造與地球生物有很大區彆，對於氧氣，根本沒有地球生物那麼需要，甚至基多拉的身體組織裡有沒有氧氣分子也要打個問號。怪不得氧氣毀滅者可以重創哥斯拉，而基多拉除了被哥斯拉咬掉一個頭，根本沒收到傷害。
這下完蛋了，原本還有哥斯拉可以對抗基多拉，可因為人類自己作死，沒有乾掉基多拉反而重創了哥斯拉，哥斯拉到現在都沒什麼反應，估計已經涼了。不過人類還沒有絕望，因為應龍在趕來的路上了，人類是知道應龍庇佑了骷髏島的，人類認為應龍是善良的泰坦巨獸，因為哥斯拉可能已經涼了，所以在人類心裡應龍是戰勝基多拉最後的希望了。
基多拉從海裡衝了出來，拖著受傷的身體飛到了拉頓沉睡的火山上，此時基多拉左邊被哥斯拉咬掉頭顱的脖子的斷麵創口已經被一層透明的白膜包裹。透過白膜可以看到裡麵有骨頭和血肉在快速再生。基多拉中間的頭顱用嘴咬住包裹在斷麵創口上的白膜，把它從創口上撕了下來。創口上先是一條舌頭伸出，接著是森白的下頜骨然後是上頜骨，緊接著就是血肉再生，最後是金黃色的鱗片重塑，一個新的頭顱在基多拉強悍的再生能力下快速再生。不過也許是再生的，這個新頭顱和另外兩個頭顱比有些呆頭呆腦。
很快，基多拉身上的傷就被它憑借自己強悍的再生能力恢複了。恢複了傷勢的基多拉，接下來的動作卻仿佛在進行什麼神秘的儀式一樣，隻見基多拉將自己的雙翼展開高舉，三個龍頭仰天發出清越悠揚的龍吟，伴隨著神秘的波動快速席卷全球。這是阿爾法級彆的泰坦巨獸的獨有技能——阿爾法召喚
位於世界各地的泰坦巨獸們似是在回應基多拉的龍吟，全部從沉睡中蘇醒，開始活動起來，向著基多拉的所在彙聚。此情此景仿佛一位王者召喚自己的臣民覲見一樣。
此時，帝王組織的飛行航母裡，顯示屏上許多形態不一定泰坦巨獸們開始橫穿城市。繁華的城市和其中的高樓大廈在泰坦巨獸們麵前，脆弱不堪，被輕易推倒踐踏。帝王組織所有人都知道是基多拉喚醒了地球上的泰坦巨獸們，但是所有人都在思考基多拉喚醒泰坦巨獸們的目的究竟是什麼。
洛亞說出了答案，“基多拉喚醒並且召喚泰坦巨獸的目的是重塑地球生態係統。基多拉畢竟是外來入侵者，對於地球環境肯定不適應，基多拉召喚泰坦巨獸的目的是為了改造重塑地球生態係統，使其更加適合基多拉生存。畢竟泰坦巨獸都有一定的環境改造能力。如斯庫拉可以緩解北極冰川融化，貝希摩斯可以促進植物生長……”
此時喚醒基多拉的恐怖分子和女博士也傻了，這可不符合他們的計劃，畢竟他們是打算一頭一頭的喚醒泰坦巨獸，保留緩衝時間的。
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