經過反複權衡利弊後，飛船最終做出了一個重大決策舉飛船上的剩餘文明之力派遣一支強大的部隊進入地球，目標明確——消滅哥斯拉！這個消息迅速傳遍整個飛船，引起了廣泛關注。就在這時，在人類下定決心要消滅的行星哥斯拉周圍，出現了一群神秘的家夥。
這些家夥們看起來像是蜻蜓，但卻擁有與人類體型相當的龐大身軀。它們的外貌猙獰可怖，全身覆蓋著堅硬且長滿尖刺的甲殼，尾巴末端還有一根鋒利無比的尖刺，可以輕易地刺穿並吸收生物體內的能量。這使得它們成為了一種極具威脅性的存在。
沒錯，這些小家夥是洛亞派遣出來的眼線，它們也不是蜻蜓而是蜻蜓的祖先——翔龍。洛亞從太空哥斯拉所在的平行宇宙出來後，為了獲取足夠聽話的手下效力就進入了翔龍的平行宇宙。翔龍是一種遠古生物，也是現代蜻蜓的祖先。這個平行宇宙的人類為了消滅本宇宙的哥斯拉（後文叫二號哥斯拉），研發出了黑洞炸彈，測試時不慎開啟了一個通往遠古時代的時空隧道，致使一隻已經滅絕的遠古翔龍來到現代世界。
遠古翔龍通過時空隧道來到現代世界後先是產下一個超翔龍卵和許多伴生翔龍卵，接著就回到了遠古時代召喚同伴降臨現代時空，結果時空隧道關閉，超翔龍卵和伴生的翔龍卵也就留在了現代孵化，最終翔龍們吸收了二號哥斯拉的能量，讓超翔龍成長為完全體大戰哥斯拉。超翔龍飛行速度非常快，如果不是洛亞吞噬了太空哥斯拉後覺醒了得自尼德霍格的時間零，恐怕也會被超翔龍利用極快的飛行速度耍的團團轉。
有洛亞對付超翔龍，超翔龍平行宇宙的人類自然沒有猶豫的用黑洞炸彈消滅了二號哥斯拉。洛亞吞噬了超翔龍後提高了自己在大氣層裡的飛行速度，同時有了製造屬於自己的翔龍的能力。洛亞可以得到這種能力，還要歸功於翔龍種群的獨特生存模式。
翔龍種族非常特殊，或許是遠古時代的殘酷生存環境。為了生存，翔龍不僅可以無性繁殖，還擁有個體即是種群的特性。首先翔龍種群會誕生一個最強的個體——超翔龍，整個翔龍種群會傾儘資源培養超翔龍。超翔龍的使命是維護繁衍種群，同時超翔龍可以命令種群裡所有的翔龍。一個種群隻能有一個超翔龍，如果一個種群誕生多個超翔龍，種群就會分裂成幾個。任何翔龍都可以產下超翔龍卵和翔龍卵，超翔龍隻能產下翔龍卵，就算產下超翔龍卵也是不能孵化的。
超翔龍作為翔龍種群中的特殊存在，其生命力之頑強令人驚歎不已。隻要一隻超翔龍不死，即便整個種群的翔龍都已滅絕，它仍可通過繁殖重新恢複種群規模。相反，如果種群中的超翔龍不幸死亡，那麼隻要還有其他翔龍存活，新的超翔龍便有可能誕生。這一獨特的生存模式使得翔龍種群在麵臨各種危機時具有強大的適應能力，並確保了種群的生存與延續。
洛亞成功吞噬超翔龍後，獲得了製造翔龍群的能力。然而，他並未直接創造出原始的翔龍群，而是選擇了一種更為巧妙的方式——將最猛勝、穆托等擁有明確種群等級製度且高級個體能夠驅使低級個體的類蟲種族基因融入其中，從而創造出一支可供自己驅使的改造翔龍群。
洛亞所派遣出來的翔龍群分為多個部分一部分負責監視那隻遊蕩的行星哥斯拉；另一部分則四處抓捕各種生物獲取樣本；而剩下的部分則分散開來，尋找飛船派遣出來消滅行星哥斯拉的部隊的蹤跡。
很快翔龍們就找到了人類的部隊，但卻沒有暴露，而是隱秘的觀察。降落地球的人類部隊分兵行動，一部分去考察地球環境，另一部分建立了營地。翔龍兵分兩路，分彆跟蹤觀察兩支隊伍。
在考察地球環境的隊伍裡有一個帶著鐐銬的人，通過翔龍的眼睛，洛亞回想起了他的身份，晴生。因為反對高層用登陸艇驅逐老年人節省資源而挾持登陸艇失敗後被捕。同時，也是發表然後擊敗行星哥斯拉的分析報告的人。還是艾克西夫人選定的召喚虛空基多拉的祭品。
晴生所在的考察隊伍開始對周圍的環境進行深入研究和分析。他們仔細觀察著周圍的植物，發現它們的物理性質非常奇特，類似於金屬，而且還源源不斷地釋放出強烈的電磁輻射。這種情況讓大家意識到，現在的生態環境與以前地球生態環境大相徑庭，根本不適合人類居住。然而，就在這時，他們有了一個驚人的發現——人類建築的遺跡竟然被地衣化石保留了下來！這一發現令所有人都震驚不已。
晴生激動得跪地痛哭流涕，他感激涕零，因為他知道，即使人類已經離開了地球，但地球並沒有忘記他們。接下來，考察隊伍決定對地衣化石進行碳十四檢測，以確定地球時間的流逝。經過一番努力，他們成功地得出了結論根據檢測結果，可以準確地推斷出地球時間已經過去了兩萬年，誤差在五十年左右。這個消息讓大家陷入了沉思，思考著人類離開地球後的漫長歲月裡，地球上發生了怎樣的變化。
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在環境考察隊伍收獲不小時，營地卻遭到了來自地球的猛獸襲擊。一群無比凶猛、類似已滅絕恐龍的黑色大型蜥蜴從樹林裡衝出，襲擊了人類的營地。儘管人類及時組織火力反擊並擊退擊殺了不少猛獸，但由於猝不及防，仍然遭受了嚴重的損失。
襲擊營地的這些蜥蜴身長十米左右，脖子瘦長，身體堅硬如鐵，人類的武器難以破防，好不容易才集火擊殺了幾隻其他蜥蜴見勢不妙就逃跑了。營地的幸存人員於是給這種蜥蜴命名黑鐵龍蜥。當環境考察隊伍歸來時，得知了營地被襲擊，於是立刻開始對黑鐵龍蜥進行研究，然而黑鐵龍蜥身體組織和植物組織的對比與研究給了人類一個沉重的打擊。原來，無論是動物還是植物，都具有明顯的行星哥斯拉特征，而空氣中的電子乾擾迷霧實際上正是植物花粉！這一發現讓人們意識到，他們所麵臨的挑戰比想象中的更為嚴峻。
負責分析的博士得出結論“看來兩萬年的時間，已經在地球上構建了一個以哥斯拉為，為哥斯拉服務的全新生態係統。”
指揮官看著眼前的景象，心中充滿了絕望和無奈。他轉身對著晴生說道“我們走吧，這顆星球已經被徹底摧毀了。”
然而，晴生卻堅定地搖了搖頭，他大聲反駁道“不！我們不能就這樣放棄！”
指揮官憤怒地咆哮起來“這裡還有什麼值得留戀的？地球的空氣充滿劇毒，野獸變得無比凶猛，這裡唯一比太空好的地方隻有擁有重力而已。根本不值得花費人力物力去奪回。”
晴生擦乾眼淚，眼神中閃爍著堅定的光芒。他緊緊握著拳頭，聲音中帶著無儘的悲傷與決心“但這是我們的家園！我們不能就這樣拋棄它！我們要為了那些死去的人而戰鬥！為了未來的希望而努力！”
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