當增殖都市被行星哥斯拉徹底毀滅的詳細情報傳回飛船時，意味著第二次針對行星哥斯拉的作戰行動再次失敗了，重新返回地球的希望之光又一次黯淡下去。而晴生破壞增殖都市控製中心的行為更是激怒了飛船中的畢魯薩魯多文明派係，他們強烈要求將晴生從地球上逮捕回來接受審判。但地球人類派係始終持反對意見，並緊緊抓住畢魯薩魯多指揮強行控製納米金屬與地球人類同化的問題，要求畢魯薩魯多派係給地球人類一個交代。
雙方因此陷入激烈爭吵，互不相讓。最後，畢魯薩魯多派係終於撕下偽裝，切斷了飛船內的能量供應，企圖以這種方式迫使地球人類妥協，答應他們逮捕和審判晴生的要求。然而，畢魯薩魯多派係的這一行為卻激怒了地球人類，導致兩派關係徹底破裂。
在地球人類和畢魯薩魯多派係矛盾爆發時，飛船上不顯山不露水的第三個派係，艾克西夫人開始了秘密行動。他們開始利用地球人類與畢魯薩魯多派係間的矛盾，蠱惑飛船裡的地球人類，向地球人類宣揚自己的信仰，讓地球人類也開始信奉自己的神——虛空基多拉。
地球上的伏斯亞人村落裡，晴生等作戰部隊領導人正在接收飛船上的地球人類領導層發來的信息。地球人類領導層晴生等人告知了飛船上地球人類和畢魯薩魯多派係決裂的情況。並且告誡晴生暫時不要回飛船，安心留在地球。等待飛船裡的問題解決。
在晴生等作戰部隊領導人接收飛船信息時，作戰部隊的其他人因為兩次的針對行星哥斯拉作戰行動失敗，已經有了絕望的趨勢。他們開始打從心裡認為行星哥斯拉是不可戰勝的，而艾克西夫人梅德菲斯也趁此時機開始進行傳教活動。
梅德菲斯向作戰部隊宣揚，隻要信仰艾克西夫文明的神，當對神的信仰足夠虔誠時，神就會降臨，輕鬆抹殺行星哥斯拉。在絕望的時候，信仰就是最後的寄托，除了晴生等作戰部隊領導人，幾乎所有作戰部隊都成為了艾克西夫文明神的信徒。
晴生一直在暗中觀察著梅德菲斯的一舉一動，他終於發現了梅德菲斯的異常行為。在又一次傳教活動結束後，晴生果斷地攔住了正要離開的梅德菲斯，並語氣嚴肅地質問“梅德菲斯，你到底想要乾什麼？”
麵對晴生的質問，梅德菲斯麵不改色地回答道“晴生，我隻是想給這些人一個不算虛假的希望罷了。”
然而，晴生卻並不接受這個解釋，他進一步質疑道“希望？如果你們艾克西夫文明的神真的如此強大，那為什麼你們會在宇宙中四處流浪呢？”
梅德菲斯沉默片刻，然後緩緩說道“因為神的降臨需要特定的條件，而我們艾克西夫目前還無法滿足這些條件。”
聽到這裡，晴生雖然心中仍有疑慮，但還是選擇暫時相信梅德菲斯的話。見晴生不再追問，梅德菲斯轉身準備離開。就在梅德菲斯快要走遠時，晴生突然在他身後大聲喊道“梅德菲斯，我希望你不要做出任何危害人類的事情！因為我不想對你出手。”
梅德菲斯的腳步微微一滯，但很快便恢複正常，繼續頭也不回地離開了現場。
對於晴生來說，梅德菲斯是一個特殊的存在，晴生幼時險些在逃難隊伍裡摔倒，是梅德菲斯拉了晴生一把，晴生才能夠登上飛船。在晴生被關押期間，也是梅德菲斯的幫助才能完成消滅行星哥斯拉的分析報告的研究和發表。對晴生而言，梅德菲斯亦師亦友，如果梅德菲斯做了危害人類的事情，晴生也不知道自己能不能狠心對付梅德菲斯。
與此同時，一直默默潛伏的洛亞開始悄悄加速能量的積聚，同時謹慎地調整著自身的狀態。他深知，一場巨大的危機即將降臨——噬星者虛空基多拉即將到來。
洛亞並不確定自己是否能夠從這個強大的高維度掠食者身上撕下一塊肥肉完成一波肥，但他明白，麵對如此強大的敵人，必須要做好充分的準備，甚至需要考慮到失敗後可能麵臨的死亡。為此，洛亞特意將桔梗以及自己的人類身體和部分核心肉體隱藏在自己用水晶狀結晶偽裝製造的冰彗星裡送進宇宙之中，確保自己沒有任何後顧之憂。
這樣一來，無論最終的結果如何，他都可以從容應對。若他成功擊敗虛空基多拉，他便會將桔梗和自己的核心血肉從宇宙帶回；而即便不幸失敗，他仍可借助這最後的後手獲得重生的機會，再次卷土重來。
隨著時間慢慢過去，飛船上的地球人類和畢魯薩魯多派係的關係越來越緊張，開始信奉艾克西夫文明的神的人類越來越多。地球上的作戰部隊也是一樣，已經失去希望的他們，全心全意的信仰著艾克西夫文明的神，以此獲得精神寄托。
這一天，作戰部隊的眾人跟隨梅德菲斯進行新一日的禱告活動，梅德菲斯操作著自己手中綠色水晶狀三棱柱祭器，祭器裡淩亂的金色符文重新組合，構成了一個金色的三螺旋結構。同時，禱告中的作戰部隊眾人恍惚之間看見了一片金色空間，空間裡一道不見首尾，大小樣貌難以名狀的三首巨龍黑影從自己的眼前劃過。在這道黑影麵前，所有人都感覺到了自己的渺小。
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現實裡，被火盆裡火光照亮的地麵上，三道脖子很長的龍首影子從火盆影子裡伸了出來在地麵上緩緩遊動，就像是真的有三條龍在火盆裡麵一樣，然而現實的火盆裡什麼都沒有，讓人毛骨悚然。
一道龍首黑影從一個作戰部隊隊員的手臂影子處劃過，然而，這個隊員的身體卻如同失去生命般倒下，他的手臂竟然也不翼而飛，隻在肩膀上留有一個藍色創口。
這一切發生得太突然了，其他隊員們還沒有反應過來。接著，另外兩道龍首黑影開始在每個人影子的不同部位劃過，所有人都一個接一個的倒下，他們身上也缺失了不同部位。有的人失去了胳膊，有的人失去了半個腦袋，有的人失去了腿，還有人的胸膛被掏了個洞……場麵極其血腥和恐怖。
其中一個隊員察覺到了不對勁，他想睜開眼睛看看發生了什麼事情，但就在這時，從他眼睛的倒影裡，可以看到一個龍首張開了深淵巨口朝他而來。
飛船上，嚴峻的派係矛盾讓所有地球人類開始信奉艾克西夫文明的神。一個蒼老的艾克西夫人雙手高高托舉著梅德菲斯同款祭器，並且帶領地球人類念誦莊用來召喚虛空基多拉的肅穆頌詞:“降臨吧，基多拉，為我等降下榮光的終焉。”
所有地球人類都單手握拳高舉，齊齊念誦:“降臨吧，基多拉，為我等降下榮光的終焉。”
“降臨吧，基多拉，為我等降下榮光的終焉。”
“降臨吧，基多拉，為我等降下榮光的終焉。”
……
隨著召喚虛空基多拉的頌詞不斷被念誦，太空裡一個黑洞瞬間成型。
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