被親兒子及眾多親信部將“軟禁”半天後才被重新迎請出來的耿繼茂得知總督李率泰被抓，巡撫許世昌願意追隨起兵後，縱是有再多怨怒，也不得不扛起長子為他打造的“總統天下兵馬上將軍”的重擔。
因為，此間事已經是騎虎難下，不反也反了！
起兵之後以何名義號召天下，又是否接受吳三桂冊封，耿氏父子意見卻截然相反。
耿繼茂認為以靖南藩的實力很難獨當一麵，尤其馬上要麵臨浙江和廣東清軍的反撲，因此必須得到吳三桂的支援才行。
如此，應接受吳三桂的冊封，表麵服從於吳三桂推奉的“朱三太子”，雙方結成聯盟共同“興明討虜”。
這個意見無疑是老成持重，也極為穩妥，更符合當前抗清形勢需要。
耿家隻要“姿態”放低，其於福建起事必然威脅清廷錢糧重地江浙，出於戰略考慮吳三桂肯定會在進軍湖南後分出一支兵馬向江西進軍，以側應保障耿家在江浙的行動。
同時也對廣東尚家起到牽製震懾作用。
若尚家敢發兵北上攻打耿家，吳三桂是可以從湖南直接發兵攻入廣東的。
雙方各自進展迅速的話，應當能於江西成功會師，就此奠定長江以南全麵易幟的大勢。
耿繼茂顯然是將來如何將來再說，眼下既然反了大夥就合起心來把清廷推翻再說。
因此不必計較誰當“老大”。
用民間的話說，這位與清廷有殺父之仇的靖南王隻要肉爛在漢人鍋裡，彆叫滿韃子吃了就行的意思。
福建巡撫許世昌雖然怕死，戰略眼光還是有的，深知當下形勢耿家雖然搶了先手占了先機，但戰略態勢相當不利，如果吳三桂不派兵支援，弄不好馬上就會被廣東平南王尚可喜所滅。
因此支持向吳三桂奉表，並建議耿繼茂可以為吳軍錢糧為條件請吳三桂分兵由湖南攻打廣東韶關，迫使廣東尚可喜不敢派兵北上入閩。
可耿精忠不知是不是受了那讖緯影響太深，還是真不將吳三桂放在眼裡，亦或覺得清廷這會虛弱的不堪一擊，輕輕鬆鬆就能將這座大廈推倒，故堅決反對其父向吳三桂奉表稱臣，也不願接受吳三桂推出來的“三太子政權”指揮。
認為隻要快速控製福建，憑借福建的八萬兵馬北上江浙定能橫掃一片。
屆時坐擁天下賦稅重地的耿家，端的就是第二個朱元璋，難道還怕他陳友諒吳三桂不成？
父子二人各執己見時，王府後院失火。
耿精忠的母親周氏聽說丈夫被兒子逼的造反，竟一氣之下跳了王府內的景觀湖，得虧仆人搶救及時，要不然耿精忠一起兵母親就死，實在是晦氣。
被救的周氏卻是不肯原諒兒子，精忠數次前來請罪均被其罵回，於屋中不吃不喝，任憑丈夫怎麼勸說也不為所動。
到底夫妻一場，耿繼茂見妻子如此也是心疼，又覺妻子說的對，他這一起兵燕京的兒孫恐怕多半要遭清廷毒手。
“父王切不可婦人之仁！今舉大事豈有臨陣退縮道理!”
耿精忠害怕父親被母親影響動搖，說隻要他們打的越凶，清廷就越不敢殺害二弟和三弟他們。
反之，則兄弟子侄必遭清廷毒手。
道理，耿繼茂也想的通，何況這會哪還容他再議，加之身體多病精力不濟，長歎之後將軍務都交由長子處置。
“交權”的唯一條件就是不能自立。
在總兵江元勳、曾養性等人勸說下，耿精忠隻好暫時打消自立念頭，同意與吳三桂結盟，但不願其父接受吳三桂的冊封，為了不得罪吳三桂，耿精忠思來想去自個為其父上了“總統天下兵馬上將軍”的尊號。
此尊號比吳三桂自封的“都招討天下兵馬大元帥”要低一格。
顯然是照顧吳三桂的“感情”。
耿繼茂旋以總統上將軍名義給“朱三太子”上表，請其早日嗣位，以正大局。
完全獲得大權的耿精忠在控製住福州城後，即封從叛將領曾養性、白顯忠、江元勳為左、中、右將軍；藩下將領徐萬耀、黃國瑞、林芳孫、廖廷雲、李似桂為都督；王府護衛夏季旺、呂應計、長史陳儀、陳斌等人各授總兵。
總督衙門、巡撫衙門、按察衙門、提學衙門、知府衙門等大大小小官員不肯降者皆捕入獄，降者留任。
又命即日起靖南藩下兵馬包括福州城中官民人等，一律蓄發易衣冠，改穿明朝服飾。
由大小衙門開始先行斷辮，繼而全城百姓皆被勒令斷辮易冠。
耿精忠親自於總督衙門坐鎮監督全城斷辮易冠，命人將城中九仙觀王天君的坐像改為立像，是謂漢人天君豈能為奴！
期間發生一事。
有人欲營救被囚在王府的李率泰。
多是李率泰的舊部曲，有漢人，也有蒙古人。
這幫人夜闖靖南王府，終因寡不敵眾大半被殺，餘者被擒。
其中有一蒙古人嘛尼已受耿繼茂授予的“散騎郎”一職，結果白天投降晚上卻帶人劫囚，氣的耿精忠大怒，命人將嘛尼處以磔刑，活活剮了六百來刀。
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待得知李率泰在獄中每天除被強迫喂半碗飯外什麼也不吃，且天天在牢房中罵耿家父子是逆賊小人。
擔心還有人想營救李率泰，耿精忠一氣之下親自帶人至牢中將李率泰拖到觀音山活埋。
總督衙門內被抓的李率泰親眷數十人亦一同被殺。
原王府長史陳儀奉耿精忠之命出使吳軍，剛走沒多久，廣西提督孫延齡、廣東提督楊遇明、總兵祖澤清等起兵響應吳三桂反清的消息就傳到了福州，這讓隨耿家父子起兵的文武百官均是精神大振，認為大勢已起，清廷離敗亡之期已是不遠。
福州城中一些躲起來不肯斷辮的官員和百姓知道此事後，也紛紛讓家人將其辮子給剪了。
耿精忠卻是有點後悔，因為廣東內亂的話，尚家就沒法對他構成威脅。
但仔細一想，楊遇明、祖澤清等人均是受吳三桂拉攏才起的兵，也就是沒有吳三桂的話這些人不會造反，如此，就算廣東平南藩覆沒，廣東也是心向吳三桂，哪裡有他自立的可能。
明白此關節後，耿精忠倒也棄了雜念，一門心思部署如何奪取福建全省，繼而如何拿下浙江。
這時又傳來一好消息，潮州總兵劉進忠願獻潮州於耿家。
劉進忠原是明朝總兵馬得功部下，順治二年在蕪湖投降清軍，後隨軍征討福建，歸耿繼茂定南藩下左跑鎮標副將。
幾年前耿家從廣東移鎮福建時，劉進忠被清廷調離耿藩出任潮州總兵，本質上也是削弱靖南藩羽翼的意思。