外部的矛盾算是解決了，這回皇太極該處理內部事務了。
他首先要解決的就是權力問題，這一有啥事四個人一商量太麻煩了，但是他們都是旗主貝勒，後麵都有實力，所以皇太極需要削減他們的實力。皇太極是很有心計的一個人，他說不能光咱們四個商量把那些小的也提上來，我們一起商量，讓這些小的也立軍功，其中就有多爾袞，於是他利用小的打擊這三大貝勒，一點點他的實力變強了，剩下的那三個的實力變弱了。
於是他開始行動了，但是不是隨時都有機會的，還有一句話就是機會是給有準備的人準備的，他第一個要削弱的就是阿敏貝勒的力量，因為這個阿敏當時領鑲藍旗，兵力已經超過了皇太極，是實力最強的一個。這個機會在皇太極繼位第四年，天聰四年來到了，後金入侵關內，占領了河北的遵化，灤州，遷安和永平四個城池，皇太極讓二貝勒阿敏去鎮守。第二年明朝的孫傳宗來打阿敏，阿敏估摸著自己可能乾不過，於是腳底抹油溜之大吉了，臨走的時候還把四城的人民屠戮殆儘。
這下可好了，不但永平四城再度回到了明朝手中，而皇太極好不容易建立的印象讓阿敏來個消耗殆儘，老百姓都說與其束手被殺，不如力戰而死，想想隻有蠻夷之邦才會去屠城，所以以後後金將非常不順利。皇太極知道他會惹禍沒想到他居然把天給捅破了。於是召集眾貝勒共議阿敏之罪，在朝堂上這段就能看得出來皇太極對阿敏已經是早就想動手了，
皇太極“阿敏，我問你你知道你犯了什麼罪嗎？”
阿敏“我知道，我丟了永平四城。”
皇太極“還有呢？”
阿敏“這是我唯一的錯，我知道你看我不順眼，但是彆想給我安罪名。”
皇太極“好，前年你去攻打朝鮮，是不是想自立稱王？”
皇太極說到這的時候特意看了下下麵其他的貝勒，大家都用驚恐的表情，心想這次阿敏是廢了，皇太極不會放過他的。
阿敏“少跟我扯之前的，你不是沒讓嗎？”
皇太極“好，不說之前的就說這次，我沒有治你城丟了的錯，我問的是你城丟了之後你乾嘛了？”
阿敏“啥也沒乾。”
皇太極“你是不好意思說嗎？好那我來說，你丟了城池之後，你乾的是屠城，擄財，搶女人，對吧。”
阿敏:“對，這都是之前老汗王在的時候我們每打下一個城必須要做的，不能將資源留給那些南方蠻子。”
皇太極“好，我問你，永平四城是你打的嗎？是我用真情感化的，永平四城的百姓是看了我出的安民告示才好不容易歸降的，你倒好，你這麼做，你告訴我以後還誰還敢向我投降，明明不用流血的城池，可以輕易招降的城池，我們都得打了，因為我後金的軍隊都是野蠻人，投降也是給你殺掉。無形中，我們會有多少將士要死在這上麵，你說說你還不知罪嗎？”
這個時候的阿敏遠沒有當時的囂張氣焰了，他也是平常驕橫跋扈慣了，得罪了不少人，沒人替他說話，最後旗主貝勒們列舉阿敏十六大罪狀，認為他其罪當誅，但是皇太極沒有殺他，隻是判他個終身監禁，這樣阿敏就退出了南麵而坐，而金鑾殿上就剩下了三把椅子了。
接下來輪到了莽古爾泰，天聰五年，皇太極率領後金軍跟明朝對陣大淩河，莽古爾泰率領正藍旗與明朝對抗，漸漸敗下陣來於是想讓鑲藍旗進行支援。沒想到皇太極說你們所部兵馬常常不聽號令，貽誤戰機。這句話一下子就讓莽古爾泰就火了，兩個人就吵起來於是什麼陳芝麻爛穀子的事情都記起來了。莽古爾泰說你就是看我正藍旗不順眼，你整死了阿敏還要整死我嗎？於是越說越上頭，手就握在了刀把上了，皇太極一看更是火上澆油說了一句，你本來就是靠殺你親媽向咱爹邀寵的小人。這句話說完莽古爾泰就要拔刀，但是弟弟給他直接推出去了，刀雖然沒有拔出來，但是露刃了，這就足以治罪，君前露刃，於是皇太極將他和碩貝勒的頭銜降為了多羅貝勒，罰銀萬輛，至此莽古爾泰也被皇太極壓下去了一頭，不能平起平坐了，而且這個時候也能看出來皇太極可以控製著局麵了，要不我要弄你你不同意，他要是控製不了局麵可能自己的位置都不保。
大貝勒代善一看這架勢，看來我弄不過老四，還是算了吧，於是自己請辭放棄跟皇太極平起平坐的權力，說之前蒙大汗器重與您南麵而坐，但是我轉念一想，既然已經尊您為大汗，怎麼能跟您平起平坐呢，這得多大臉啊，你就應該你獨居正座，方顯威嚴。皇太極一番謙讓之後，當然這都是客氣話，才同意了建議，然而，代善這件事情還沒有了結，從這點上就能看出來，皇太極是不會給對手任何的機會的，因為代善雖然退出來了四大貝勒，但是威望還在，這也是一個潛在的威脅。
1635年，皇太極召集貝勒大臣舉行會議，就代善私自設宴給對皇太極心懷怨恨的姐姐哈達公主這件事情，斥責代善對自己的不敬之罪，並且又將其他罪名一一羅列。並宣稱自己準備退了，你們看著選擇一個其他的賢君來重整我後金的基業吧。
一方麵他在看眾位貝勒對他的忠心程度，一方麵也在看代善到底對於汗位到底是個什麼態度，後來他發現眾位貝勒呼籲要定代善的罪，並且剝奪了他和碩貝勒的名號，其實皇太極根本就是借題發揮，發現大家對自己還是很忠心的，特彆是大哥代善也沒有想奪皇位的意思，於是便對代善僅是罰了俸祿這點意思的處罰。
自此，對他威脅的三大貝勒的勢力全部清除，其他的貝勒的勢力跟他皇太極又是不能抗衡的，這個時候的他才是真正的後金的主人，他的文治武功治國才能才開始真正沒有阻礙，顯示的的淋漓儘致了。
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