皇太極一看我拿到了元朝的傳國玉璽，這可是一國之瑞，這就不能是汗了，得稱帝了，改國號為大清，改族名為滿洲，改年後為崇德，自己是大清的第一個皇帝。這個時候皇太極的目標就發生了變化從統一漠南蒙古，事實上這個已經完成了，就變成了對大明的戰爭。
對大明來說漠南蒙古歸順滿洲這邊的防守防線就被拉長了，由寧遠到寧夏就都是防守的前線了，其實這個時候明眼人都看得出來，明朝完蛋是遲早的事情。一下子並過來這麼多蒙古人，於是皇太極下令建立蒙八旗。皇太極的盟旗製度，掌握了蒙古的金融和稅收，充實了大清的軍費。就這個製度一直延續到了1949年之後，可見皇太極的製度是非常完善且有效的。
“文館俗稱書房，是後金國汗召集部分儒臣起草文書詔令的處所。早在努爾哈赤時期，即已有人從事類似的工作，但無正式機構。像創製滿文之額爾德尼，往來奉使於蒙古之希福，以及翻譯漢文典籍之達海，都因兼通滿、蒙或漢文而被努爾哈赤重用，並賜以“巴克式”之稱號，亦稱“榜什”（漢語文士之意）。皇太極於天聰三年四月，正式將文館的工作分作兩值（班），巴克什達海與筆帖式剛”“林、蘇開、顧爾馬渾、托布戚四人翻譯漢文書籍，巴克什庫爾纏同筆帖式吳巴什、查素喀、胡球、詹霸四人記注後金國朝事。從此文館成為一個正式的辦事機構。其授官為參將，遊擊者稱巴克什，次之稱筆帖式，其以儒生入館工作尚未授官者稱秀才，或稱相公，無定員。文館最初主要負責人是滿人，後來逐漸增加漢人。文館的設立，使文人參與後金政治並發揮了很重要的作用。文館的工作除了記錄後金每天的政治大事，翻譯漢文典籍、起草國書、政令而外，還兼管章奏出入，有明朝通政司的職能。後金內部的許多改革建議多半是由文館諸臣提出的。至於對明的戰守方略，文館諸臣提出的建議就更多了
由於文館的作用的重要性以及皇太極稱帝的需要，天聰十年（1636年），將原來掌管翻譯文書、記注國史、出納奏章、傳宣詔令、撰寫功臣敕書的“文館”改為內三院，即內國史院、內秘書院、內弘文院，分任職掌。內三院共設大學士四人（內秘書院二人），學士十五人。其行政機關與軍政征伐機關與組織這才進行了區分，改變了過去軍政不分、文武合一的格局，後金國家中央組織機構日趨完善。而內三院大學士也由單純辦理文書事務，開始在一定程度上能夠參與議政。如秘書院大學士範文程，範文程居清朝開國文臣之首，為皇太極心腹，以大學士參與議政決策，故內三院已隱然初具內閣的規模，且包含翰林院的職掌，如“進講”、“侍講”，編纂國史，撰擬祭告文等。
早在努爾哈赤時期，當時遼寧沈陽的生員，範仲淹的第十七世孫就投靠了後金。這個人是滿腹經綸才高八鬥學富五車，但是沒有得到努爾哈赤的重用，這個也正常，在後金剛剛創立時期，靠的是搶地盤得能打仗，需要像額亦都，費英東這樣的才行，有什麼事大家一討論，然後老汗王一做決定就行了，即使再有才華，人家不需要啊。但是皇太極是想做天下的主人的，他知道天下間漢人的人數是滿人的十倍不止，殺光他們是不可能的，所以隻要征服漢人的心才行，要不他們還得起來造反，於是非常重用範文程，其中代善選擇退出與皇太極平起平坐他也是聽了範文程的建議，後金的一些小貝勒也是跟著範先生學習的儒家思想。皇太極凡是遇到難題就找範先生商量，滿蒙漢為一體就是他提出來的。這個時候皇太極從偏安一隅的小國之主思想慢慢的轉變為了可以統一天下富有四海的萬乘之君。皇太極受到漢化的思想之後把這些又交給了他的後代們並且要求子孫代代都要學習，所以清朝的皇帝每個都是滿腹經綸完爆明朝的一眾文盲皇帝。
皇太極把後金的管理架構方式也進行了更改，仿照了明朝內閣製設置了六部二衙門，六部就是吏戶禮兵刑工，其中吏部是管官員的升官調離的，相當於今天的組織部，人事部。戶部是管錢的就是財政部，禮部是負責祭祀（這個在古代非常常見），科舉事務，兵部是負責國家軍隊的事務就是國防部，刑部是負責法律和監獄的事務類似最高人民法院，工部是國家的工程類型項目比如水利，交通，改造宮廷項目就是建設部，；六部的長官均為尚書大多是朝中的一品大員。二衙門就是理藩院負責民族事務類似於今天的外交部和都察院負責監察事務類似於中紀委。
“六部與都察院、理藩院合稱八衙門，是當時清王朝中央一級的最高行政機構，基本上是按照明王朝的模式建立的，但也保留了一些清王朝的民族特點，即所謂“參漢酌金”（寧完我奏語）。像理藩院，則是明王朝沒有的。清特彆重視爭取聯合其他少數民族的工作，這是中國曆史上其他王朝所不及的。”
清朝內閣的主要官員定為大學士滿、漢各一人，均為正一品；協辦大學士滿、漢各一人，均為從一品；學士滿六人，漢四人，均為從二品。內閣大學士自定為正一品後，遂成為有清一代最高的官員，猶如曆代的宰相，地位極為尊崇。每一大學士均有殿閣頭銜，如文華殿大學士、文淵閣大學士等，被尊稱為“中堂”。比如我們熟悉的那個和中堂和珅就是。
從這就能看出來皇太極對於明朝的老底掌握的非常的清楚，他的行政組織也是基本上仿效的明朝，但是又沒有都學比如明朝的特務機構他這邊就沒有，真是那句古話，擇其善者而從之，其不善者而改之。
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