就在吳三桂政治上分崩離析，經濟上也陷入困境的時候，這個哥們真是死催的又走了一步臭棋，什麼呢，他眼看著自己這歲數越來越大，身體也是愈況愈下，還沒當個皇帝呢，於是就有了個稱帝的想法，當下屬知道他這個想法之後，那肯定就有拍馬屁的了。
於是就有下屬多次上書勸他稱帝，終於在康熙十七年，吳三桂在湖南衡州稱帝，改元昭武改國號為大周，封張氏為皇後，吳應熊的庶子吳世璠為太孫，看來是仿效朱元璋呢，就像當年立朱允炆為太孫一樣，並且在雲南，貴州，四川，湖南舉行鄉試，並且開始鑄造新幣，看起來是一片太平盛世的景象，其實這已經是強弩之末了。看來我們的古代文化，說起來就是四個字“爭當皇帝”。
就在你這邊浩浩蕩蕩的開始新生活的時候，前明的這些遺老遺少懵逼了，原來你是自己想當皇帝啊，根本就不是為了我們大明，你算那顆蔥啊，你來當皇帝，這樣他不但清朝打他，連前明和朝鮮的都視他為亂臣賊子，這下子連道義的製高點，吳三桂這都沒有了，於是他的政權成了人人得而誅之的偽政權，將天下的民心俱失。
三桂稱帝後，調集三路大軍攻打永興，以期奪回都城衡州之門戶。吳軍初戰殲滅清軍都統伊裡布所部後將永興城圍困。守將碩岱據城死守，力戰二十多天，揚威大將軍喇布不敢援，郴州守將穆占往救，被吳軍擊敗。八月，城牆塌了，但吳三桂卻於此時病死，說是因為最近老拉肚，最後就拉死了，享年六十七歲，這樣永興的問題就自己解決了，皇上都死了你們這還打什麼仗啊。
吳三桂死後，其孫吳世璠繼位，改元洪化。吳國貴提議棄雲南向北與清軍決一死戰，然而吳軍諸將以馬寶為首皆認為當以雲南為根基以圖轉機，因此吳世璠放棄衡州，退入貴陽，清軍趁勢追擊。嶽樂在湖南，傅宏烈、莽依圖、傅拉塔在廣西，陝西提督趙良棟、平涼提督王進寶等在四川皆連戰連捷，清軍對吳周呈合圍之勢。1679年（康熙十八年）初，清軍連克嶽州、衡州、常德、長沙，吳國貴戰死，夏國相南逃，清軍占領湖南。吳周在其他戰場上也是節節敗退，吳世琮死於廣西，王屏藩也在四川敗死，吳軍退入雲貴二省。1680年（康熙十九年），清軍將領趙良棟、彰泰、賚塔、蔡毓榮等多路大軍入黔直指雲南，吳世璠退守昆明，急調夏國相、胡國柱、馬寶等回師增援，吳世璠與郭壯圖等駐守五華山與清軍作最後一搏。圍城相持九個月後，清軍於次年（1681年）攻陷昆明，吳世璠兵敗自殺，三藩之亂至此平定。
吳三桂的失敗其實是有多方麵的因素的，最大的因素就是政治立場不定，他在反清的過程中，從忠於明朝對抗清朝，到最後自立為帝。這樣反複無常讓全天下人都看到了他自己最真實的嘴臉，也看出來這貨在政治上真是沒啥本事，其次就是戰略的失誤，他的軍隊表麵看起來很強大，他選擇進軍江南而不是陝西，最後又讓另一個反複無常的小人王輔臣結結實實的給坑了一把。最後就是經濟上的困境，長期的戰爭損耗導致農業受到了巨大的影響，糧食短缺，而且戰爭就是一個吞金獸，他不得不加重賦稅，導致了最後民生凋敝，還有最後尚之信和耿精忠兩位藩王的倒戈，使得他的軍隊在經濟上難以為繼。反觀清朝這邊無論是康熙的才能，還是軍事的因素包括政治的立場和外交的因素都是占上風的，所以他的失敗是一開始就注定了的。所以吳三桂是前半輩子為了清朝叛變了明朝，後半輩子又叛變了清朝，所以他的政治號召力和法統性基本沒有，就連後世對他的評價也不是很高。
清廷通過平三藩穩固了自身的統治，除台灣鄭經勢力仍奉明為正朔之外，餘皆一統於清朝版圖之內。此役，清廷除了充分使用滿洲旗兵外，也大量使用以漢人組成的綠營兵為主力來對應兵源與戰力的不足。至此，清朝徹底廢除藩鎮製度、並廢除參與作亂的察哈爾部，而由朝廷直接統轄，清廷的統治力大為增強。少年康熙皇帝在整個戰爭過程中臨危不亂、調度有方，正是這樣才有了後來的康熙大帝。康熙帝拒絕了群臣上尊號的請求，對清廷之前施政方麵的一些不當、不足之處進行了自省，並整飭吏治、推行了一係列緩和民族、社會矛盾和支持生產的政策。此外，康熙帝通過祭拜明陵、開博學鴻詞科等方式對漢人士人進行拉攏。這樣清廷的統治才日漸穩固。
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