姚啟勝感覺到戰爭在所難免，因為他知道談來的總沒有打來的實在。於是重新開始建造戰船編練新的福建水師。期間，招降活動從未停止，他把漳州衛改為修來館。用來專門招降鄭家投降的官兵，這次招降啊，規模更大，條件也更加優厚。他說，對投誠的這個官員啊，保留原職或按照原銜兒補官，士兵賞銀101novel.com兩到50兩不等，招撫政策作用非常明顯，據統計姚啟聖為了妥善的安排投誠的官兵，自掏腰包給他們安置費，僅僅是捐了的銀兩就有將近一萬兩。
到了康熙19年，也就公元一六八零年，姚啟勝率領新的福建水師在金門，廈門大敗鄭軍。鄭軍水師大將朱天貴率兩萬多人，艦船300多艘，投降了清朝。這麼一來鄭經在大陸最後一塊兒地盤失守，狼狽逃回台灣。沿海島嶼都被清軍占領。從此之後，鄭經沉迷酒色，不問政事。看來就是徹底失望了啊，知道自己沒戲了，這才讓長子鄭克臧監國主政，結果幾個月之後呢，鄭經病死在了台灣。
他的兩個兒子，鄭克臧跟鄭克塽為了爭權奪位，又開始自相殘殺。這就是老子帶的好楷模，從他那邊就開始自相殘殺。鄭克塽的嶽父權臣馮錫範當場殺死了鄭克臧，擁立年僅12歲的鄭京次子也就是鄭克塽襲延平郡王爵，史稱東寧之變，但是當殺死鄭經指定的繼承人之後，台灣也是人心渙散。並且在不久又爆發了饑荒，其實馮錫範立幼主的目的就是把權力呀掌握在自己手中。不久終結了三藩之亂的康熙，得到了這個閩浙總督姚啟勝的密報。聽聞這個台灣，現在是主少國疑，覺得現在是收複台灣的大好時機。所以呢，下達了最新的招撫條件，大清不駐軍，我們不在你那駐軍，你們不用剃發，不用改衣冠，也不用登岸，就你們不用上大陸來，等於你明鄭子孫誓守台灣，你稱臣就行。這是康熙曆次招撫政策當中最優厚的一次結果。鄭家這會兒死催的了。麵對如此優厚的條件，依然不肯降清。康熙也就下定決心，攻台。
清廷當時討論如何解決明鄭問題，很多人反對武力攻台，而康熙帝認為時機已到，便作出支持征台的決策，準備攻台，要徹底解決台灣的勢力曾經被李光地，姚啟勝大力舉薦的施琅也被派遣到廈門備戰。施郎被派到廈門之後，一到任啊，就立刻上書，要求專征台灣。專征的意思是什麼呢？就打仗的事兒，我一個人說了算。當然了除了打仗其他的事情他也不管。
朝廷收到施琅的折子。同意了他的要求，所以到了康熙22年公元一六八三年的七月，福建水師提督施琅率領官兵兩萬餘人，大型戰船300多艘，中小戰船230多艘，以遊擊藍理為先鋒。分三路向澎湖進擊，遊擊藍理率七船衝鎮擊沉焚毀鄭軍艦船數艘。一開始，清軍攻勢，比較順利。後來潮流方向發生了變化，清軍互相衝撞，陣型就散了架，鄭軍開始反攻，施琅的旗艦衝入敵陣救出來了好幾艘船，但是，在這次戰鬥當中，施郎的右眼被火銃打傷，還好沒打瞎傍晚，雙方休戰三天之後，6月22號清軍又發動了總攻，戰鬥打響之後，清軍借西南風優勢，又是三路進攻。以艦船數量的優勢分割包圍敵艦，從早晨打到下午，炮火弓箭，交攻猶如雨點兒，可見啊，這戰場上啊，硝煙彌漫，打得非常激烈。
先鋒藍理越戰越勇，脫光了膀子，指揮戰鬥。刹時間，被一枚炮彈啊！這當然不是整個的炮彈啊，是彈片兒擊中腹部，隨軍官兵，一看哎呀，不好遊擊大人腸子流出來了啊，眾弟兄趕緊過來給他塞回去，幫他包紮好，藍理又站起來指揮戰鬥，非常驍勇。就在腸子都出來的情況，他指揮又擊沉了兩艘戰艦，燒死無數人清軍士氣大振，康熙在戰後評價藍血戰破敵，功在首先！授予這個藍裡參將職務，後來呢，一路升到了福建陸路提督。當時明政的軍隊在劉國軒的指揮之下，也是奮勇作戰啊，雙方都殺紅了眼。
激戰當中，清軍總兵朱天貴戰死，這個人本來也是明鄭的降將，經過充分休整和準備的清軍向澎湖鄭軍發起總攻。經過9小時激戰，清軍取得全麵勝利，共斃傷鄭軍官兵一萬二千人，俘獲五千餘人。擊毀、繳獲鄭軍戰船150餘艘。鄭軍主將劉國軒乘小船從北麵的吼門逃往台灣。此役清軍陣亡329人，負傷1800餘人，整場決戰還是以清軍大獲全勝而告終。
這下基本上台灣的武裝力量不是清朝的對手了，此戰首功在施琅，但是姚啟聖起的作用也是很大，可見康熙在用人上師範非常懂得人儘其才的。
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