裝著狄奧的轉變艙內芯繼續穿梭在源始能通道中，向著天外飛去。
狄奧變得越來越急躁，他一邊加速一邊讓宇宙中的星體變換位置，使宇宙的能量更加混亂，以便在源始能通道中設置陷阱，等超能生命飛近時對他突然襲擊。
吸附在轉變艙內芯表麵的夢行人芷熙終於無力再利用夢空間向內芯傳導指令，因為夢行人芷熙與她真身相隔的距離已經超出了極限，導致她的真身向她的夢行人輸送的能量越來越微弱。很快，夢行人芷熙連吸附內芯表麵的能量都快耗竭了。到那時，她不得不脫離內芯表麵，然後會遭到源始能通道的排斥，飄落在寂寥蒼穹，宇宙中的氣體或塵埃都會在頃刻之間使她湮滅。
夢行人芷熙終於消耗掉了最後一絲能量，她隻得絕望地放棄了。就在這時，她突然感到肩頭有輕微的觸碰。隨即，巨大的能量瞬間湧遍她的夢行之身！
夢行人芷熙轉頭看去，隻見身旁是一個年輕男子，渾身透著一種讓人無法擺脫的磁場，密封著少女心魄的那層薄蠟一下子就被融化了。
兩人眼神交彙，傳遞出心靈深處的共鳴，更是感到無比的安心和愉悅。
芷熙的腦中突然閃現出一個信息——庫矩星大宗主！
就是他，跟自己的源始能連接密碼完全吻合！但是，還沒能等到密碼對接的天然時刻降臨，兩人還未擦出愛欲的火花，美好未來就因宇宙毀滅而終止。
為了應對舊宇宙的消亡，大宗主製定了庫矩星基因大轉移計劃庫矩星滅亡的最後時刻，大宗主攜帶儲存庫矩星球全體生命信息的源體接片，先讓自己的原身毀滅，穿越大爆炸去往新宇宙，大宗主與芷熙將在新宇宙完成密碼對接，複製生命之源，使全體庫矩基因再次蘇醒，恢複原身，重建新世界！
他倆哪能料到，在庫矩星球滅亡的前夜，二宗主與掌管庫矩基因庫的科研人員林霍恩聯手，偷偷地在源體接片上輸入了阻止大宗主還原超能力、恢複原身的指令。為了預防芷熙排除障礙跟大宗主完成生命密碼對接，二宗主還封禁了源體接片內芷熙的密碼。
貌似二宗主和林霍恩如願以償了，在新宇宙，大宗主確實消失了，而二宗主和林霍恩真的率先在新宇宙蘇醒。
二宗主一蘇醒，就迫不及待地打開源體接片尋找芷熙的生命密碼。因為芷熙的生命密碼與大宗主完全一致，他想在自己身上複製大宗主的基因藍圖。可是，源體接片內根本沒有芷熙的生命密碼。
二宗主無法複製大宗主的基因藍圖，他想在新宇宙替代大宗主成為新庫矩星球之主的計劃落空！
二宗主隻能草草收場，他尋找到一個星球，然後在自己的能力範圍內解密出源體接片內的部分庫矩基因，將他們帶往那個星球，讓他們蘇醒並找到載體。源體接片內他無法解密的基因，全部被他封禁在宇宙的重疊時空。
二宗主不敢在那個星球公開稱神，他讓利令智昏的林霍恩成為擋箭牌。萬一哪天大宗主突然出現在這個宇宙，就由林霍恩先為他抵擋危險。
林霍恩中了圈套，等到他清醒過來，發現已經晚了。
誰也沒有想到，在庫矩星滅亡的前夜，芷熙的父親，庫矩星球修基會的長老白水欽，識破了二宗主的陰謀。可那時大宗主已經轉變為看不見的生命能量體，粉碎二宗主的陰謀已經來不及了。
危急之時，白水欽複製了庫矩星基因蘇醒程序，偷偷地在源體接片中移出他妻子和女兒的生命密碼，暗中設置另一條源始能通道，在實施庫矩星基因大轉移計劃的同時，白水欽成功地穿越到新宇宙。
遺憾的是，二宗主指使林霍恩暗中輸入的指令已經奏效，大宗主成為了新宇宙藍圖中看不見的生命能量體，而且他錯過了生命密碼對接的時間，除非宇宙中出現空白垠，否則沒有哪種能量能喚醒他。
白水欽根據他和妻子的基因藍圖，複製出新的庫矩基因生命之源。暗中製造二源基因分裂事件，神不知鬼不覺地在那個星球開創了三源人世界。
然而，由於他女兒在整個自然界除了消失的大宗主，無法找到跟她生命完全匹配的密碼，宇宙中不存在屬於他女兒生命的能量源。
白水欽開始了漫長的基因改造之路，在生命輪回中不停地為芷熙尋找可替代的能量源，但每次都隻能短暫地延長芷熙的生命。
直至有一天，白水欽終於測算出，自新宇宙誕生以來首個吻合度高達百分之九十九的源始能連接密碼即將出現，空白垠即將形成，這是激活大宗主生命密碼的最佳時機！
但是，如何讓它跟女兒的密碼對接呢？
白水欽在茫茫人海中鎖定穀曼和齊達，因為他倆具有全宇宙獨一無二的兩人意能可完全融合的異能。
可是難題又出來了，女兒的生命延續不到她和大宗主生命密碼對接的那一刻！因此，白水欽又把目光瞄準了昂星人科技……
一切都按原計劃展開，儘管半路殺出神原教和晶體人，還有黑色夢行人的乾擾以及狄奧連接空白垠之後的失控行為。最終空白垠還是激活了黑暗天體中的生命密碼，芷熙也排除萬難與大宗主相遇了！