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《曖曖內含光》是一部帶有科幻色彩的愛情影片，同樣是一部討論愛情哲學的劇情片。
說它是愛情片，是因為它是以愛情，婚姻，家庭為主要內容的故事片。說它是科幻片，是因為它是以“修改記憶”這一尚未揭示的科學原理為基本依據，加以想象，在營造的幻想虛擬世界中展現某一戲劇事件的影片。
整部電影帶在科幻色彩的包裝下，在大的回環式結構下，運用時空混亂、情節破碎的非線性敘事結構將對愛情的探討層層推進，大致可以分為序幕、開端、發展、高潮、結局、尾聲六個部分。
非線性敘事結構，不同於三幕式和五幕式線性敘事結構，它打破和解除了電影的單一時間向度，使時間片段不再完整，甚至產生前後完全顛倒的效果。
而基於現實的因果關係情節、事件情節和動作被非現實的主觀心理邏輯取代。
這部電影最為人津津樂道的是其複雜破碎的敘事結構、古典超現實主義的攝影風格和影片色調的一些應用。
序幕——暗示背景
電影開頭的前十七分鐘，通過倒敘的方式把故事結尾的一部分放到了影片最開始，描述了張北和林秋再次相遇的過程，男女主角在命運的安排下都乘上了去往濱海的火車，張北對陌生的林秋心有好感，而女主也大方地主動和他搭訕。
開頭的序幕實際上暗示了兩人曾相識的背景。
接下來時交代背景——故事的開始
序幕之後，故事一轉，從張北自“空白讀檔公司”谘詢回來的那天夜晚，也就是他即將刪除記憶之前開始。在這一部分中，主要故事順序推進，並通過插敘交代已經做完手術的林秋全然不認識張北。
張北一怒之下找到“空白讀檔公司”的過程。這一部分的結構處理交代了張北同樣選擇去做記憶清除手術的背景原因，也為後續情節的發展做了鋪墊。
緊接著就是故事的發展階段——主要回溯張北和林秋的交往經曆
在解釋張北去谘詢記憶清除的原委之後，主要情節仍然順序推進，開始講述張北準備手術和手術進行的過程，同時又在清除記憶的過程中回溯兩人的交往經曆，包括戀愛過程中種種矛盾的產生，這個階段對愛情的多元刻畫層層深入，從而明確兩人愛情裂縫產生的原因。
在這個階段，次要人物關係例如博士李明誠和鐘雪、孫海平與鐘雪、劉傑和林秋的關係也浮現了出來。
另外，張北這一回憶過程和現實中的手術進程的相互交錯又是通過插敘來完成的。所以總結來說，這段順敘了張北手術過程，插敘了男女主角的戀愛回憶，而這些回憶又是以倒敘為邏輯講述的。
接下來就是故事的高·潮階段——雙層嵌套
現實中正在進行手術的張北處於第一層結構中，潛意識記憶中的張北屬於第二層結構，因為手術設備技術原因導致的失誤將張北從自己的潛意識拉回到現實，即又回到第一層結構。
張北不斷地在現實和潛意識的雙層結構裡相互轉換，即現實與回憶兩層結構相互插敘，層層相套，一步步渲染張北在回憶自己與林秋的感情後想要中斷手術的悔恨之情，並通過回憶的推進將故事推向高潮，也為兩人的再次相遇做鋪墊。
最後階段就到了故事的結局——解決矛盾
張北意識刪除前的最後回憶是林秋讓他再次回到他們最初相遇的地方——濱海，此處照應開頭序幕部分的倒敘，解釋為什麼張北會無緣無故翹班去濱海。同時也暗示了後麵的結局，解釋兩人再次相遇後的發展和矛盾的解決。
兩人在火車相遇之後，又有了浪漫的冰上約會，張北開車送林秋回自己家的路上，林秋意外收到了一封來信，她在車內播放了信封中的錄音帶，錄音帶裡是林秋在“空白讀檔公司”裡傾吐對於張北的厭惡。
而很快張北也收到了同樣的信封，裡麵的錄音帶裡是他曾經對林秋的惡評。
林秋無法忍受錄音帶裡張北對她的羞辱，轉身離開，張北衝出房門追上她。林秋覺得即使重新相愛一次，對方依然會因為她的渾身缺點而覺得乏味和不自由。
但張北聳聳肩說了聲“好吧”，似乎他也早就有了這樣的預感，但仍然選擇執著去愛。
最後衝突得到了解決，整個故事的主題獲得升華。
尾聲——結尾是這樣的，老年的林秋重新回到“空白讀檔公司”，再一次要求抹去她對張北的記憶，然後鏡頭會告訴觀眾，根據記錄她已經做過好多次手術了……
（原版電影是改變之後的結尾也就是那段男主和女主在雪地裡嬉戲的鏡頭，這個鏡頭重複了三次，是一個模棱兩可的結局……）
這就是《曖曖內含光》整部電影的大概故事內容和結構形式！
整個劇組依然在拍攝張北臥室內助手三人組的戲份……
此時拍攝的是鐘雪來了張北的公寓之後，因為從外麵進來感覺寒冷想要找點酒，但臥室裡隻有孫海平和劉傑之前喝的啤酒。
所以，她說要去履行‘女主人‘的職責——去廚房其他地方找白酒。
“鐘雪不喜歡我，”劉傑皺著眉頭抱怨道，“從來沒有女人喜歡我。”
“也許，如果你不再偷她們的內褲，會有人喜歡的……”孫海平調侃了一句。
“我還沒跟你講事情的全部，平哥。”劉傑麵有愧色地承認了，正要繼續往下說結果鐘雪拿著找到的白酒和兩個小杯子進來了。
“真沒想到還真找到了。”鐘雪一邊倒酒一邊問，“哦，劉傑，你不喝的，對吧？”
“我……好吧……”
鐘雪不管不顧，隻給孫海平和自己每人倒了一杯，遞給孫海平一杯，舉起自己的那杯酒，說了一句祝酒詞
“‘祝福那些健忘的人吧，因為他們戰勝了自己過去的錯誤。’”
兩人很曖昧的開始乾杯，孫海平有點受寵若驚……
這個喝酒的鏡頭前麵曾嚟已經ng了四五遍了，主要是喝酒以及吸引孫海平的眼神沒有到位，看來這一次很不錯，執行導演沒有喊停，那就是要繼續拍接下來的畫麵了……
“這是尼采在《善惡之彼岸》裡說的，你們覺得怎麼樣？我從《名人名言》中摘錄的……”
鐘雪說著瞟了一眼床上的張北。
“很好。”孫海平說。
“我一直想有機會讀給博士聽。”鐘雪自顧自的說道，眼眸中閃過幾絲迷戀。
曾嚟把這個情緒表演的非常到位，攝影師也給了她一個特寫鏡頭。
看了一眼鐘雪的神色，孫海平的臉色變陰鬱了“是句好名言。”
“《善惡之彼岸》是什麼？”劉傑很感興趣地問。
“尼采的一本哲學著作。”孫海平回答。
“哦哦，我聽過他，《名人名言》我也讀過，有這麼一句‘選擇你所喜歡的，愛你所選擇的。’這一句我很喜歡。”